除了基本常用的Linux包（其中大多數(shù)已經(jīng)安裝好了），專(zhuān)門(mén)的生信軟件可以用
conda下載染厅、管理。于是本次簡(jiǎn)單學(xué)習(xí)一下Linux如何安裝軟件程序孤页。之后會(huì)整理下conda的使用技巧涩馆。
1、基礎(chǔ)知識(shí)
- 各種主流Linux發(fā)行版都采用了某種的包管理系統(tǒng)（package management system魂那，PMS）來(lái)控制軟件和庫(kù)的安裝；
- Linux開(kāi)發(fā)人員已將軟件打包成易于安裝的預(yù)編譯包鲜结，供用戶(hù)下載；
- 軟件包存儲(chǔ)在服務(wù)器上拗胜，可以利用本地Linux系統(tǒng)的PMS工具通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)訪問(wèn)，進(jìn)行搜索埂软、安裝纫事、更新軟件。這些服務(wù)器稱(chēng)為倉(cāng)庫(kù)（repository）儿礼；
- 關(guān)于軟件倉(cāng)庫(kù)庆寺，aptitude默認(rèn)的軟件倉(cāng)庫(kù)是安裝Linux發(fā)行版時(shí)配置好的，儲(chǔ)存在
/etc/apt/sources.list懦尝，很多情況下不需要增刪。
2琅轧、基于Debian的PMS
- 比如Ubuntu踊挠、Linux Mint 發(fā)行版
-
dpkg命令是基于Debian系PMS工具的核心，在這個(gè)PMS里還有apt-get,apt-cache,aptitude效床； -
dpkg是軟件包管理系統(tǒng)工具；aptitude是完整的軟件包管理系統(tǒng)憋沿； - 最常用的命令行工具是
aptitude沪猴，因?yàn)樗莂pt工具與dpkg的前端。（其實(shí)沒(méi)怎么明白......）
yum壶辜、urpm，zypper是基于Red Hat的發(fā)行版的PMS士复，這里就不過(guò)多介紹了，詳見(jiàn)p171
3便贵、管理軟件包
（1）查看系統(tǒng)已安裝軟件包的概況
aptitude
（2）顯示某個(gè)特定包的信息（無(wú)論是否安裝冗荸，會(huì)有提示的）,以mysql-client為例
aptitude show mysql-client
（3）顯示所有與某個(gè)軟件包相關(guān)的文件（比如bin文件）,需要使用dpkg命令
dpkg -L vim-common
（4）逆向查找某個(gè)特定文件屬于哪個(gè)軟件包
dpkg --search /user/bin/xxd
4、軟件包的“一生”
（1）先搜索有沒(méi)有該包盔粹，以wine為例程癌，會(huì)返回所有與wine或與wine相似名的包
aptitude search wine
- 關(guān)注一下返回結(jié)果的第一列字母：若為i 表已安裝；若為p/v 表軟件包可用进萄，但未安裝。
（2）安裝中鼠，需要root用戶(hù)權(quán)限才行
sudo aptitude install wine
- sudo命令允許暫時(shí)以root用戶(hù)身份運(yùn)行一個(gè)命令沿癞，當(dāng)然是需要密碼的。
（3）更新椎扬，由于包之間的依賴(lài)關(guān)系，最好一次全部更新晶府。如下命令將所有已安裝的包更新到軟件倉(cāng)庫(kù)中的最新版本，利于系統(tǒng)穩(wěn)定川陆。
aptitude safe-upgrade
（4）卸載蛮位，需要root權(quán)限；有兩種情況失仁，還以wine為例
- 刪除軟件包和相關(guān)的數(shù)據(jù)與配置文件（斬草除根）
sudo aptitude purge wine
- 僅刪除軟件~
sudo aptitude remove wine
這次學(xué)習(xí)的內(nèi)容比較簡(jiǎn)單，因?yàn)闂l件限制控轿，無(wú)法演練；而且還跳過(guò)一章關(guān)于文件系統(tǒng)的學(xué)習(xí)內(nèi)容茬射，小白表示算了算了，哈哈~ 如果今后有需要钟病，再回頭學(xué)習(xí)下吧。
