新鮮出爐的NAR文章：Cell Model Passports—a hub for clinical, genetic and functional datasets of preclinical cancer models Published: 27 September 2018 ，位于英國的sanger研究所的科研團(tuán)隊(duì)詳細(xì)整理了目前常見的科研細(xì)胞系的多種資料，并制作網(wǎng)站共所有科研人員查詢?yōu)g覽：cellmodelpassports.sanger.ac.uk, 可以說是非常貼心了辅鲸。
背景知識(shí)
細(xì)胞系一直都是抗癌藥物研發(fā)的重要材料，隨意舉例如下：
- the epidermal growth factor receptor (EGFR) inhibitor gefitinib for the treatment of non-small-cell lung cancer
- inhibitors of the protein kinase BRAF in melanoma
- anaplastic lymphoma kinase (ALK) inhibitors for ALK-fusion positive lung cancer
類似的成功案例數(shù)不勝數(shù)屉栓，而且在非癌癥領(lǐng)域應(yīng)用也不少。
相關(guān)的癌癥細(xì)胞系藥物數(shù)據(jù)庫也有不少耸袜，如下：
- Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC) project based at the Sanger Institute
- the Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)
- the National Cancer Institute-60 (NCI-60) cancer cell line screen
- the Cancer Therapeutic Response Portal (CTRP)
但是細(xì)胞系經(jīng)過了這么多年的使用和演化友多，有幾個(gè)不容忽視的缺陷：
- 不同細(xì)胞系交叉污染
- 細(xì)胞系稱呼太多
- 部分細(xì)胞系關(guān)鍵臨床信息丟失
- 培養(yǎng)條件不同導(dǎo)致遺傳漂變
所以迫切需要可信的人工整理，而且非常多的細(xì)胞系有了NGS組學(xué)信息堤框，但是卻分散在各大數(shù)據(jù)庫域滥，而且不適合非生物信息學(xué)研究者學(xué)習(xí)。
為了解決這些困難蜈抓，作者團(tuán)隊(duì)創(chuàng)建了：Cell Model Passports; cellmodelpassports.sanger.ac.uk.
網(wǎng)頁工具內(nèi)容介紹
內(nèi)容非常豐富启绰，包括 Over 1200 cancer cell line and organoid models catalogued.
- Detailed annotations including Tissue and Cancer Type
- Related and mis-identified models described
- Advanced filters support model selection
- Models mapped to external databases and resources
感興趣的朋友可以點(diǎn)擊 https://cellmodelpassports.sanger.ac.uk/passports 進(jìn)入一個(gè)個(gè)查看具體的細(xì)胞系詳情，界面如下:
主要收集整理了5大信息：
- mutations
- cnv
- expression
- methylation
- drugs
網(wǎng)頁工具使用介紹
工具主頁非常簡潔沟使，就是根據(jù)感興趣的細(xì)胞系名字進(jìn)行查詢委可，或者在前面的細(xì)胞系目錄進(jìn)行搜索進(jìn)入細(xì)胞系主頁，每個(gè)細(xì)胞系都有詳盡的介紹，如下：
而且也給出了5種細(xì)胞系相關(guān)數(shù)據(jù)的鏈接着倾，界面如下：
這些信息要能利用好拾酝，首先要細(xì)胞系相關(guān)背景知識(shí)足夠強(qiáng)。
（文章轉(zhuǎn)自jimmy的2018年閱讀文獻(xiàn)筆記）
生信基礎(chǔ)知識(shí)大全系列：生信基礎(chǔ)知識(shí)100講
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