2019年6月20日20:44
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一砰识、linux系統(tǒng)的選擇：由于目的不是為了折騰系統(tǒng)相關(guān)的美化，所以選擇ubuntu和centos之一迟郎。
我是用的是ubuntu kylin，是ubuntu的中國(guó)定制版聪蘸，較為美觀宪肖。由于cpu是6200U表制，為雙核四線程64位處理器，所以下載了64位系統(tǒng)（https://www.ubuntukylin.com/downloads/）
也可以選擇32位系統(tǒng)控乾，這樣在配置MCScanX的時(shí)候么介，不用在.h文件頭添加#include<>其實(shí)還是要加。
二蜕衡、選擇并下載好系統(tǒng)iso文件之后壤短，裝備一個(gè)U盤(pán)，使用RUFUS（https://rufus.ie/）將iso文件燒錄進(jìn)去慨仿，也就是解壓久脯。
（建議不要分盤(pán)用一塊磁盤(pán)安裝或者使用win10中自帶的ubuntu bash 也可以親測(cè)可以。)<h4>不建議使用雙系統(tǒng)镰吆，對(duì)初學(xué)者非常不友好帘撰，不裝雙系統(tǒng)的同學(xué)直接跳到 三-①準(zhǔn)備部分
在win系統(tǒng)是uefi啟動(dòng)時(shí)，可直接將ISO解壓放在U盤(pán)的根目錄万皿，重啟按F12選擇啟動(dòng)器就可以進(jìn)入安裝摧找。
但是如果不是的話， 或者不知道自己是不是UEFI啟動(dòng)相寇，就將ISO文件燒錄進(jìn)去慰于。這一步將會(huì)把U盤(pán)上的資料完全刪除，要做好備份唤衫，U盤(pán)的容量至少為8G婆赠。
三-①? 雙系統(tǒng)部分
在磁盤(pán)中分配出一塊空間用于安裝linux，最少建議90G佳励。接著分配磁盤(pán)空間：
鍵盤(pán)按下win+x休里，選擇磁盤(pán)管理
壓縮卷操作不做贅述
我的磁盤(pán)1已經(jīng)裝好了ubuntu,所以已經(jīng)瓜分過(guò)分區(qū)。右鍵你想分配的磁盤(pán)赃承，選擇壓縮卷
會(huì)要求輸入要分配的空閑的磁盤(pán)的容量妙黍，按你的實(shí)際情況輸入，如90G也就是92160MB瞧剖。之后點(diǎn)擊壓縮會(huì)有一塊黑色的區(qū)域就是你分配給linux的磁盤(pán)拭嫁。
然后將U盤(pán)插在USB口上，然后參考這篇下面的blog：Windows 下安裝 Ubuntu 雙系統(tǒng)(更新)
需要注意的是對(duì)于空間的分配抓于，最少建議:
/boot ???????? 300MB
/? ? ? ? ? ? ? ? ?20480MB·
/home? ? ? ? ?61440MB·
Swap? ? ? ? ? 8192 MB
也就是說(shuō)最少也要90G做粤。充分理解步驟，最好記錄下來(lái)捉撮，或者用另一臺(tái)設(shè)備看帖子安裝怕品。
將電腦重啟，開(kāi)機(jī)按F12進(jìn)入bios中的選擇啟動(dòng)項(xiàng)為你的U盤(pán)巾遭，一般來(lái)說(shuō)就是U盤(pán)的名字或者型號(hào)肉康，看容量大小就知道了闯估。
然后根據(jù)blog安裝就可以了，要注意分區(qū)之后要把啟動(dòng)器安裝在/boot的磁盤(pán)分區(qū)中吼和！
這一步如果遇到了不會(huì)分區(qū)或者分區(qū)錯(cuò)誤想變更的話涨薪，可以右鍵進(jìn)行刪除，一定注意不要隨便點(diǎn)下一步纹安，一定要確定好尤辱，寧愿退回到上一步去重新分區(qū)也不要馬虎。好好看上面的blog厢岂。
三-②準(zhǔn)備部分
下載linux中MCScanX所需要的環(huán)境：
需要先在win10中下載好光督，保存到U盤(pán)中，當(dāng)然是在燒錄之后啦~
? Zlib庫(kù)文件（http://www.zlib.net）注意校驗(yàn)塔粒。
? libpng文件（http://www.libpng.org/pub/png/libpng.html）注意不要下載zip版本结借，/configure代碼會(huì)提出語(yǔ)法錯(cuò)誤
? 至于jdk在ubuntu中用apt命令安裝就可以了。
四卒茬、安裝好之后進(jìn)入桌面開(kāi)始配置環(huán)境
工具包括但不限于gedit? 船老、7z? 、axel? 圃酵、wget? 等柳畔。
java需要重新安裝 以及安裝中命令未找到的軟件包等。進(jìn)入系統(tǒng)之后之后要先更新軟件
? ? sudo apt update
? ? sudo apt upgrade
MCScanX需要在jdk和libpng的環(huán)境下運(yùn)行郭赐，而libpng又需要zlib薪韩。這就是為什么要下載那些東西。所以首先就是安裝zlib：
1. 將壓縮包解壓縮到一個(gè)同名文件夾中捌锭，進(jìn)入這個(gè)文件夾俘陷，右鍵打開(kāi)終端。
./configure
make
make install
2. 然后是安裝libpng观谦，命令也是一樣的拉盾，進(jìn)入libpng解壓好的文件夾打開(kāi)終端
./configure
? ? make
? ? make install
不可以報(bào)錯(cuò)，報(bào)錯(cuò)的話可以參考文章的最后豁状，有一些錯(cuò)誤解決方法捉偏。
然后開(kāi)始安裝 jdk,在任意位置打開(kāi)終端輸入
java
然后會(huì)顯示可用的java版本，等待你選擇安裝泻红，或者顯示出很多可用的java命令告私，都是有可能的，跟linux發(fā)行版不同有關(guān)承桥。不管怎么樣，咱們都是重新安裝根悼，那就根據(jù)屏幕提示使用
? ? sudo apt install xxxxxx
安裝1.8版本或者11版本凶异，然后安裝完之后對(duì)profile進(jìn)行配置
? ? sudo gedit /etc/profile
如果顯示gedit不是可用命令就先安裝gedit蜀撑，命令是：
? ? sudo apt install gedit
然后再
sudo gedit /etc/profile
會(huì)打開(kāi)一個(gè)對(duì)話框，然后再文件開(kāi)頭的 #include < xxx >下另起一行
粘貼下面的代碼：
export JAVA_HOME=/usr/share/java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar
其中
? ? java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201? ? ? 是javac的解壓目錄
然后保存退出剩彬，再打開(kāi)剛才的終端輸入
? ? source /etc/profile
現(xiàn)在在終端輸入
java
會(huì)顯示可用的命令酷麦，再試著輸入
javac
顯示可用的命令。
最后就是安裝MCScanX了!
哦喉恋？你不會(huì)忘記下載了吧沃饶。。沒(méi)關(guān)系轻黑，在linux中打開(kāi)瀏覽器糊肤，進(jìn)入MCScanx: Multiple Collinearity Scan toolkit下載后解壓到同名文件夾然后打開(kāi)終端：
直接? ? ?
make
?此處報(bào)錯(cuò)的話見(jiàn)文章最后解決辦法
就此就完成了，你可以試著運(yùn)行他給出的例子：
比如duplicate_gene_classifier氓鄙，在你data目錄下新建兩個(gè)空文件at.gff; at.blast馆揉，內(nèi)容點(diǎn)擊進(jìn)去復(fù)制保存到各自文件中，然后使用command中命令就可以出結(jié)果了抖拦，輸出文件是
at.gene_type升酣，也可以在目錄中找到
? 這是我運(yùn)行的結(jié)果：
MCScanX的使用注意事項(xiàng):
1. 輸入文件需要按照手冊(cè)規(guī)定建立文件名，必須在DATA目錄下
2.程序運(yùn)行命令需要在analyze文件夾下态罪，嚴(yán)格按照手冊(cè)規(guī)定的格式輸入
> 后記：在幫助別人安裝時(shí)噩茄，發(fā)現(xiàn)了一些坑，附在最后供參考查閱复颈。
一.安裝zlib時(shí)報(bào)錯(cuò)： ./configure 報(bào)錯(cuò)顯示too? harsh
>這是configure把werror當(dāng)成了error處理 兩個(gè)辦法：
>1.將too harsh字段的檢查刪去
> 2.
sudo apt-get install build-essential?
之后再
./configure?
二绩聘、javac命令找不到
> 1.重新裝java之后
> 2.改路徑 進(jìn)入配置文件：
sudo gedit /etc/profile
然后將?
export JAVA_HOME=/usr/share/java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin export
CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar
寫(xiě)入
其中java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201 是javac解壓目錄
三、libpng庫(kù)編譯錯(cuò)誤
一定要下載`.tar.xz`格式
zip`格式解壓文件中券膀，configure文件中存在語(yǔ)法錯(cuò)誤?
四君纫、MCScanX
不兼容64系統(tǒng)？是因?yàn)轭^文件沒(méi)把引用庫(kù)引用全芹彬，手動(dòng)添加? `#include <unistd.h>`?
到以下三個(gè)文件中?
?`msa.h,`
`dissect_multiple_alignment.h,`
`and detect_collinear_tandem_arrays.h`?
> 推薦用gedit打開(kāi)
> 命令為：`
gedit mas.h`
>?
>? ? （ps:其實(shí)我做教程的最初目的是幫助計(jì)算機(jī)小白安裝
>? ? 這里說(shuō)的絕對(duì)不是我的一個(gè)朋友（滑稽）蓄髓，我自己并不會(huì)生物工程，kira~）
