什么是BSA-seq
- BSA（Bulked Sergeant Analysis），即分離體分組混合分析法笋庄，也稱為集群分離分析法或混合分組分析法破加，是從近等基因系分析法演變而來的。近等基因系（NIL）指一組遺傳背景相同或相近武学，只在個別染色體區(qū)段上存在差異的株系绳泉。BSA法克服了許多作物沒有或難以創(chuàng)建NIL的限制逊抡，其原理是從一個分離群體中選擇目標(biāo)性狀表型極端的10～20個單株，混合構(gòu)建2個DNA“池”圈纺，這兩個池應(yīng)在感興趣的性狀方面存在差異秦忿，除了感興趣基因所在的位點外麦射，所有的位點均隨機化蛾娶。換句話說，兩個DNA池間的差異相當(dāng)于兩近等基因系基因組之間的差異潜秋，僅在目標(biāo)區(qū)域不同蛔琅，而整個遺傳背景是相同的。對兩個池篩選標(biāo)記峻呛，多態(tài)性標(biāo)記可能表示與感興趣的某個基因或QTL連鎖罗售。在檢測兩個DNA池之間的多態(tài)性時辜窑，通常應(yīng)以雙親的DNA作對照，以利于對實驗結(jié)果的正確分析和判斷寨躁。
- BSA-seq相比于傳統(tǒng)的凝膠電泳技術(shù)穆碎，實現(xiàn)了標(biāo)記開發(fā)與基因分型的整合，同時能夠低成本且快速的完成基因的初定位工作职恳。
- 根據(jù)研究表型或群體類型的不同所禀，BSA-seq可分為：MutMap、QTL-seq放钦。
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根據(jù)技術(shù)的不同色徘，BSA-seq可分為基于重測序的BSA；基于轉(zhuǎn)錄組的BSA（BSR）操禀；基于簡化基因組測序的BSA（GBS-BSA）
BSA-seq原理
BSA-seq方案設(shè)計
1. 群體選擇
- 常見的分離群體包括F2代群體褂策、回交群體（BC）、重組自交系（RIL）颓屑、雙單倍體（DH）等均可以被用來進(jìn)行BSA性狀定位斤寂。
- 目前文獻(xiàn)報道的多為F2分離群體（因為構(gòu)建速度快）。
2. 性狀選擇
- 常規(guī)BSA-seq主要適用于質(zhì)量性狀單基因或數(shù)量性狀主效基因的定位揪惦；
- 數(shù)量性狀選擇極端個體時扬蕊，不要超過表型范圍的15%；
- 如果表型鑒定可能存在假陽性丹擎，盡量控制在10%以內(nèi)尾抑；如果無法控制，可選擇構(gòu)建單個混池測序蒂培。
3. 混池大小選擇
- 單個混池的數(shù)量最少10個再愈，否則，定位結(jié)果的假陽性會較高护戳；
- 在保障表型準(zhǔn)確性的前提下翎冲，混池越大，定位區(qū)間越邢被摹抗悍；
- 混池越大，需要的測序深度越高钳枕；
- 定位區(qū)間還會受到群體類型缴渊、基因組大小、候選基因所在區(qū)間的影響鱼炒。
4. 測序方法的選擇
- 小基因組物種衔沼，建議使用重測序，成本類似的情況下，獲得更多變異類型指蚁。
- 無參考基因組的物種菩佑，建議使用簡化基因組或轉(zhuǎn)錄組。
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大基因組且有參考基因組凝化，建議使用轉(zhuǎn)錄組稍坯。
測序方法選擇
5. 親本測序選擇
是否需要進(jìn)行親本測序？
- 使用參考基因組品系來源突變體研究時搓劫，可不測序親本劣光；其他情況建議進(jìn)行親本測序。
目的：
- 過濾親本雜合SNP位點糟把，提高定位結(jié)果的準(zhǔn)確性绢涡；
- 利用親本來源的SNP位點，可以避免假陽性結(jié)果遣疯。
