漫畫開始舌菜，新一被灌藥變小慢味。
漫畫10-12話纷妆，兇手被逮捕后說(shuō)“是這個(gè)小鬼干的”盔几，因?yàn)樗勒呤窃谌厚R縣被發(fā)現(xiàn)的，組織也知道這件事掩幢，但當(dāng)時(shí)并沒(méi)有在意（如果大和敢助在此時(shí)遇上雪崩就有意思了）逊拍。
新版a藥研發(fā)出來(lái)后，組織需要解決明美這個(gè)隱患粒蜈，察覺(jué)到明美死期將至的貝姐把錄音帶交給明美顺献，讓她藏好并想辦法讓雪莉知道錄音帶的隱藏地點(diǎn)旗国。明美在聽完錄音帶后把里面的重要信息告訴了秀一枯怖，并讓秀一保護(hù)妹妹。
工藤夫婦在得知新一變小后想讓兒子到洛杉磯來(lái)能曾，在他們的保護(hù)下追查組織度硝，優(yōu)作考慮到新一可能不會(huì)跟他們走肿轨，扮成暗夜男爵嘗試給兒子提醒組織里有他的粉絲。
龍舌蘭被誤炸身亡后蕊程，組織聽說(shuō)小五郎曾提到他們組織的事椒袍，感覺(jué)事情有點(diǎn)微妙。
山村操出現(xiàn)沉睡推理的現(xiàn)象藻茂，組織察覺(jué)到沉睡的小五郎和柯南似乎有問(wèn)題驹暑，雪莉逃跑后開始懷疑a藥，于是鼓動(dòng)他觀察攝影沉睡的小五郎辨赐。
貝姐率先意識(shí)到新一變小了优俘，于是前往帝丹高中查看，剛好新一變回來(lái)掀序，疑惑的她就選擇變裝新出醫(yī)生帆焕，當(dāng)天便實(shí)施計(jì)劃。fbi救出新出醫(yī)生不恭，茱蒂前往帝丹高中監(jiān)視貝姐叶雹。貝姐也前往帝丹小學(xué)查看，只看到了柯南换吧。她知道是解藥研發(fā)出來(lái)了折晦。
公交車，茱蒂監(jiān)視貝姐式散，秀一尋找雪莉筋遭。貝姐看到灰原，懷疑她是變小的雪莉暴拄，于是故意啟動(dòng)炸彈想炸死灰原漓滔，但被柯南所救。秀一沒(méi)有發(fā)現(xiàn)灰原乖篷，但看到和小新一很像且智力驚人的柯南响驴，想到了短信，把這個(gè)情況匯報(bào)給詹姆斯撕蔼。為了柯南的安全豁鲤，貝姐偷走小五郎的檔案資料，讓fbi接近小五郎鲸沮，促使柯南和fbi接觸琳骡。
有人邀請(qǐng)服部去黃昏之館，知道烏丸有問(wèn)題的平藏讓靜華以學(xué)業(yè)為由推掉邀請(qǐng)讼溺。
柯南對(duì)琴酒失敗呆在儲(chǔ)物柜出來(lái)后楣号，秀一看到柯南和灰原在一起，懷疑兩人都是變小的。于是讓手下偷拍灰原炫狱，拍到柯南藻懒、灰原和有希子在一起的照片。秀一詢問(wèn)有希子柯南和她以及新一的關(guān)系视译，有希子反問(wèn)為什么要這么問(wèn)嬉荆，秀一講述明美短信的內(nèi)容，有希子擔(dān)心承認(rèn)后會(huì)導(dǎo)致組織發(fā)現(xiàn)秀一知道a藥的秘密酷含，于是沒(méi)有承認(rèn)柯南是新一鄙早，秀一也知道不該多問(wèn)就沒(méi)有繼續(xù)追究。
灰原得到錄音帶椅亚，知道解藥能摧毀組織的計(jì)劃蝶锋，明白貝姐只是為了解藥才來(lái)追殺她的。
滿月篇什往，擔(dān)心fbi臥底會(huì)壞事的秀一把fbi的計(jì)劃告訴有希子扳缕，有希子擔(dān)心新一便藏家里等新一過(guò)來(lái)。有希子把明美短信的內(nèi)容告訴柯南别威，為了驗(yàn)證貝姐對(duì)a藥的態(tài)度躯舔，柯南還策劃了賭命的計(jì)劃。秀一前往約定的地點(diǎn)省古，發(fā)現(xiàn)臥底果然壞事了粥庄，臥底得知秀一前往約定地點(diǎn)，于是匆忙將卡爾瓦多斯滅口豺妓。秀一因?yàn)椴荒鼙唤M織發(fā)現(xiàn)他知道a藥能變小惜互，于是匆忙離開讓茱蒂善后×帐茫柯南懷疑fbi有內(nèi)奸训堆。
水無(wú)為了弟弟尋找小五郎幫助，因?yàn)榍珊闲诱成狭烁`聽器白嘁。琴酒在發(fā)現(xiàn)竊聽器后匯報(bào)boss坑鱼，boss知道大概是柯南干的，為了不暴露他們已經(jīng)懷疑柯南絮缅，于是讓琴酒殺小五郎鲁沥，柯南肯定會(huì)前去救場(chǎng)，琴酒是多疑的人耕魄，一定會(huì)連柯南也殺害画恰，但貝姐阻攔了。組織懷疑貝姐可能知道自己的身份了吸奴。小五郎看到對(duì)面有人鬼鬼祟祟地離開允扇，然后看到水無(wú)的短信马靠，相信了水無(wú)的話“剑看到和水無(wú)長(zhǎng)得很像的瑛佑，認(rèn)為他是水無(wú)弟弟逞度，于是說(shuō)歡迎瑛佑來(lái)偵探事務(wù)所（不過(guò)后面看起來(lái)一點(diǎn)都不歡迎）额划，并對(duì)見過(guò)水無(wú)的事進(jìn)行隱瞞（漫畫552話）。但后來(lái)聽說(shuō)水無(wú)和瑛佑血型有點(diǎn)問(wèn)題档泽，以為自己搞錯(cuò)了俊戳，就不再關(guān)心瑛佑的情況，不過(guò)兩人這之后也沒(méi)再見過(guò)面馆匿。
茱蒂抑胎、秀一和詹姆斯對(duì)柯南感興趣，想與他聯(lián)手渐北。為了測(cè)試柯南的能力阿逃，茱蒂、詹姆斯放水讓柯南主導(dǎo)計(jì)劃赃蛛，秀一為了以防萬(wàn)一也進(jìn)行行動(dòng)策劃恃锉。
在瑛佑初登場(chǎng)時(shí)，山村操錄像沉睡小五郎只拍了開頭呕臂，但是大概率拍到瑛佑破托。組織因?yàn)殓拥男蘸蚦ia間諜一樣、長(zhǎng)相又和水無(wú)一樣而感到不妙歧蒋，于是派fbi內(nèi)奸前去日本土砂。內(nèi)奸已經(jīng)知道水無(wú)所在地，為了觀察fbi會(huì)不會(huì)確認(rèn)水無(wú)是臥底并把她送回組織谜洽，故意沒(méi)有把水無(wú)所在地告訴琴酒他們萝映。
由于內(nèi)奸作祟，楠田陸道發(fā)現(xiàn)自己暴露阐虚。詹姆斯和秀一懷疑那個(gè)“豬隊(duì)友”锌俱。夜里，柯南與秀一交流行動(dòng)計(jì)劃敌呈，以及fbi內(nèi)是否有內(nèi)奸的事贸宏，在確定大家都懷疑有內(nèi)奸后，秀一表示自己會(huì)去尋找內(nèi)奸并防止她破壞計(jì)劃磕洪，并把內(nèi)奸問(wèn)題告訴了詹姆斯和茱蒂吭练。茱蒂因?yàn)榭仿⊙哉撉昂蟛灰恢掳阉?dāng)內(nèi)奸了，結(jié)果因?yàn)榉恋K計(jì)劃進(jìn)行被卡梅隆打暈析显。內(nèi)奸趁機(jī)對(duì)茱蒂的手機(jī)動(dòng)了手腳來(lái)進(jìn)行竊聽和定位鲫咽，但被詹姆斯發(fā)現(xiàn)，隨后秀一和詹姆斯再次對(duì)茱蒂的手機(jī)動(dòng)了手腳。水無(wú)回組織后分尸，內(nèi)奸為了避免被發(fā)現(xiàn)馬上離開了锦聊，秀一在看到內(nèi)奸離開后先讓竊聽功能失靈，再說(shuō)出水無(wú)身份箩绍。最后要進(jìn)行假死計(jì)劃時(shí)孔庭，秀一故意讓內(nèi)奸聽到卡梅隆卷入案件的事，然后讓手機(jī)信號(hào)失靈材蛛，方便柯南換手機(jī)圆到，告訴詹姆斯計(jì)劃，讓詹姆斯到時(shí)候記得不要讓內(nèi)奸聽到水無(wú)身份卑吭，以及通知瑪麗和世良他的“死訊”芽淡，秀吉因?yàn)檫^(guò)繼到羽田家了，就算不知道秀一死亡也可以被認(rèn)為是斷了原來(lái)家庭的關(guān)系豆赏，加上還要打聽羽案的信息挣菲，因此秀一單獨(dú)告訴秀吉他假死的事，但沒(méi)有告訴他化裝成了什么人掷邦。詹姆斯在差不多秀一“死亡”的時(shí)間報(bào)警好讓琴酒能催水無(wú)快點(diǎn)離開己单。
在fbi得知秀一可能死亡后，詹姆斯誘導(dǎo)茱蒂用柯南的手機(jī)來(lái)驗(yàn)證身份耙饰，并一同前去驗(yàn)證指紋以保證內(nèi)奸不會(huì)聽到水無(wú)身份纹笼。貝姐根據(jù)內(nèi)奸提供的地址前往查看，認(rèn)為秀一真的死了苟跪。之后詹姆斯弄壞了茱蒂的手機(jī)廷痘。已經(jīng)懷疑柯南身份的組織借此機(jī)會(huì)獲取柯南指紋。
死羅神事件中件已，組織在警方驗(yàn)證假新一時(shí)獲得新一指紋笋额，確認(rèn)柯南的真實(shí)身份，并懷疑a藥解藥已經(jīng)研發(fā)出來(lái)篷扩。由于柯南是目前唯一的男性存活者兄猩，他們需要活捉柯南來(lái)做實(shí)驗(yàn)，但此時(shí)柯南已經(jīng)和fbi混在一起了鉴未，不可能像往常一樣直接行動(dòng)枢冤，如果弄不好被fbi追到組織據(jù)點(diǎn)就麻煩了，而且還得摧毀所有的解藥铜秆，于是暫時(shí)不行動(dòng)等待時(shí)機(jī)淹真。
安室透不相信秀一已死，決定出動(dòng)調(diào)查连茧，順便找到雪莉并保護(hù)起來(lái)核蘸。而rum因?yàn)樽约涸谟鸢赣眠^(guò)手指上涂膜的手法巍糯，對(duì)用指紋來(lái)驗(yàn)證死者身份來(lái)確認(rèn)死訊而感到懷疑，于是采用曾經(jīng)成功過(guò)的手法來(lái)驗(yàn)證秀一是否死亡客扎。確定fbi反應(yīng)看起來(lái)的確是認(rèn)為秀一已死祟峦，于是誘導(dǎo)柯南他們前去倫敦破案，并在同時(shí)讓貝姐和兩個(gè)跟班給瑪麗灌a藥♂阌悖瑪麗見到假務(wù)武通過(guò)詢問(wèn)羽案兇手判斷出對(duì)方身份宅楞，但為了不暴露工藤夫婦直到貝姐在女兒的問(wèn)題上漏出破綻才拆穿，貝姐通過(guò)謊稱組織要假扮務(wù)武潛入mi6來(lái)暗示mi6內(nèi)無(wú)組織內(nèi)奸疆偿、務(wù)武身份泄露是在其他地方。在跟班眼里搓幌，貝姐在行動(dòng)中看起來(lái)并沒(méi)有什么異常杆故，組織勉強(qiáng)打消疑慮，而貝姐親吻瑪麗的傳聞在組織散開溉愁，波本和伊織無(wú)我也知道此事处铛。有希子在倫敦想順便見見瑪麗，但瑪麗拒絕見面拐揭，還詢問(wèn)有希子柯南的事情撤蟆，有希子用親屬搪塞過(guò)去。瑪麗明白工藤夫婦知道新一變小堂污，工藤夫婦知道瑪麗變小家肯，將此事告訴務(wù)武。務(wù)武發(fā)現(xiàn)自己身邊出內(nèi)奸了盟猖，于是回到mi6（回來(lái)的時(shí)間不明讨衣，一般為了避免工藤夫婦暴露不會(huì)立即回去）。
隨后組織散播阿笠博士有錢的消息式镐，為了避免被懷疑消息是組織散播的反镇，故意說(shuō)錯(cuò)灰原的年齡，引誘不法分子綁架阿笠博士娘汞。隨后根據(jù)犯人口供得知有可疑男子疑似在保護(hù)灰原歹茶。
瑪麗發(fā)現(xiàn)組織已經(jīng)知道a藥的秘密，為了在組織發(fā)現(xiàn)自己知道解藥作用前拿到解藥你弦，不得不隱藏蹤跡惊豺，因?yàn)檎f(shuō)過(guò)世良會(huì)在她沒(méi)有回去后會(huì)離開倫敦，因此可以公開活動(dòng)禽作。世良提出住秀吉家扮叨，被瑪麗拒絕了。于是世良替瑪麗查看柯南擁有的裝備领迈，工藤優(yōu)作未解決事件中彻磁，世良偷偷調(diào)了柯南的鞋子碍沐，導(dǎo)致鞋子出力過(guò)大使柯南受傷，急著回去匯報(bào)鞋子和腰帶用處的世良看到柯南因?yàn)樽约菏軅则眩X(jué)得自己是個(gè)壞孩子累提。波本看到世良后很疑惑，因?yàn)槔碚撋犀旣悜?yīng)該是變小了磁浇，世良會(huì)來(lái)日本應(yīng)該是瑪麗死亡了斋陪。不過(guò)組織不知道波本認(rèn)識(shí)世良，不上報(bào)也沒(méi)事置吓。
少年偵探團(tuán)要去群馬縣露營(yíng)无虚，波本為了調(diào)查群馬縣一些他在意的東西而偷看視頻。這次露營(yíng)衍锚，山村操遇上世良友题，組織得知有個(gè)姓世良的疑似女性的偵探在柯南身邊，有點(diǎn)在意戴质。波本發(fā)現(xiàn)雪莉在群馬縣度宦，非常吃驚，因?yàn)槟腔旧鲜墙M織的地盤告匠。秀一見波本發(fā)現(xiàn)雪莉的蹤跡戈抄，于是讓有希子問(wèn)黑田是否有救助雪莉的計(jì)劃，黑田見有希子知道這個(gè)計(jì)劃后专，于是告訴波本這次計(jì)劃有人協(xié)助他划鸽。于是波本在向貝姐匯報(bào)世良身份后，把貝姐會(huì)襲擊世良的情報(bào)報(bào)給黑田戚哎，黑田將情報(bào)匯報(bào)給有希子漾稀，于是秀一率先救走世良。有希子根據(jù)在美國(guó)的調(diào)查和日本這邊的情報(bào)建瘫，懷疑貝姐的立場(chǎng)崭捍，于是向貝姐伸出援手，但以為有希子只是被卷進(jìn)來(lái)的貝姐拒絕了啰脚。秀一根據(jù)這次波本的行動(dòng)和公安的一致殷蛇，確定波本為公安，因?yàn)閯?wù)武這邊的情況需要合作橄浓，于是嘗試讓波本接近自己粒梦。
波本重新調(diào)查秀一，組織很在意荸实，也另派人跟著調(diào)查匀们。神社篇，波本根據(jù)柯南大驚失色的樣子推理出柯南有可能是假死計(jì)劃的策劃者准给，組織另派的人也發(fā)現(xiàn)了（這個(gè)人是嫌疑人老人泄朴，前面能雙手拿錢包后面卻沒(méi)有拐杖站不穩(wěn)重抖，很可疑，當(dāng)年還有人懷疑他是rum）祖灰。因?yàn)榻M織在醫(yī)院有臥底就沒(méi)有派人調(diào)查钟沛。而醫(yī)院里，柯南看到波本對(duì)零的反應(yīng)局扶，想到銀行搶劫案波本開槍的行為是反而容易暴露自己的恨统，懷疑他可能實(shí)際上是公安臥底（光一個(gè)零就判斷波本身份還是很奇怪的）。
另一方面三妈，組織組織實(shí)在是等不及山村操遲遲沒(méi)有成功錄像沉睡的小五郎畜埋，加上在意世良，波本又沒(méi)有匯報(bào)過(guò)瑪麗的情報(bào)畴蒲，于是把其他人變裝成山村操前去查看（嫌疑犯是京極真那集）悠鞍，因?yàn)樨惤懔?chǎng)有點(diǎn)問(wèn)題所以并沒(méi)有讓貝姐去變裝。此人看到世良的確像秀一饿凛，外貌中性狞玛，組織認(rèn)為波本因?yàn)闆](méi)有弄清世良性別而沒(méi)有上報(bào)软驰，不過(guò)心里還是有疙瘩涧窒。同時(shí)在此案中，世良見秀吉對(duì)柯南的推理能力很熟悉的樣子锭亏，一開始懷疑他是不是知道柯南身份纠吴，但后來(lái)秀吉回復(fù)柯南是熟人女兒的同學(xué)后放心了。而秀吉以為柯南是新一的熟人慧瘤，見世良已經(jīng)見到柯南了戴已，認(rèn)為她應(yīng)該通過(guò)柯南得到新一的聯(lián)系方式，于是問(wèn)她遇到魔法師了嗎（其實(shí)這里就可以看出秀吉不知道柯南身份锅减，知道的話不會(huì)在看到世良發(fā)送柯南照片后還問(wèn)這個(gè)問(wèn)題）糖儡。
緋色篇，警視廳內(nèi)奸在警察身上安裝竊聽器怔匣，導(dǎo)致貝姐安裝的被干擾握联。rum發(fā)現(xiàn)波本有強(qiáng)烈的愛(ài)國(guó)情懷，加上沒(méi)有匯報(bào)過(guò)世良情報(bào)每瞒，懷疑起了波本金闽。另一邊，秀一得知安室透對(duì)“零”很敏感剿骨，覺(jué)得可能那真的是他的外號(hào)代芜，于是讓有希子詢問(wèn)黑田，得到了其真名浓利〖繁樱柯南與秀一和父母商量后知道波本真的是公安钞速，回想當(dāng)時(shí)他對(duì)fbi的態(tài)度，認(rèn)為他是真的想把fbi趕走獨(dú)自行動(dòng)罚随，于是秀一還是得先隱瞞沖矢昴的身份玉工，并用安室透的真名牽制住他，讓他別沖動(dòng)淘菩，并把手槍給公安讓他們從其來(lái)源調(diào)查遵班。波本在折騰一番后沒(méi)有上報(bào)秀一的消息，rum更加懷疑他了潮改。
rum在發(fā)現(xiàn)波身份有問(wèn)題后狭郑，開始懷疑瑪麗其實(shí)已經(jīng)接觸柯南但波本故意沒(méi)有上報(bào)，a藥解藥的問(wèn)題還是有隱患汇在，加上他是no.3的私生子翰萨，其他人并不適合調(diào)查波本，于是決定親自上陣糕殉。她同時(shí)還懷疑水無(wú)亩鬼，也很在意還有沒(méi)有其他臥底，故意高調(diào)宣稱自己要出手阿蝶，如果紅方在針對(duì)rum行動(dòng)就可以順著這個(gè)線索找臥底雳锋。另外務(wù)武在這個(gè)時(shí)候差不多該回mi6了，她還要彌補(bǔ)羽案的失誤羡洁，散播自己出動(dòng)可以讓紅黑方一起rum特征的人玷过，借此找到務(wù)武。
