注:mural細(xì)胞关霸,翻譯成“壁細(xì)胞”催首,但與本視頻中“B細(xì)胞”
發(fā)音相近,特此用mural細(xì)胞,以示與“B細(xì)胞”的區(qū)別
作者首先分析了2364個(gè)人前額葉皮層來(lái)的單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)窒舟,把這些數(shù)據(jù)做了聚類(lèi)
在聚類(lèi)后的數(shù)據(jù)中,排除掉了神經(jīng)性的細(xì)胞沿癞、神經(jīng)前體細(xì)胞躁绸、和紅細(xì)胞
剩下的細(xì)胞簇,再做UMAP圖枷莉,分成星型細(xì)胞娇昙、淋巴細(xì)胞、微膠質(zhì)細(xì)胞笤妙、少突膠質(zhì)細(xì)胞冒掌、周細(xì)胞和內(nèi)皮細(xì)胞
區(qū)分這些細(xì)胞噪裕,都是通過(guò)一系列經(jīng)典的marker基因的表達(dá)來(lái)做的
作者驚奇地發(fā)現(xiàn),有一小部分細(xì)胞股毫,這些細(xì)胞同時(shí)表達(dá)CD19膳音,和mural細(xì)胞的marker基因CD248
但這些細(xì)胞不表達(dá)B細(xì)胞的marker基因CD79A
這說(shuō)明,在大腦里皇拣,是有表達(dá)CD19基因的細(xì)胞的严蓖。而且這些細(xì)胞不表達(dá)B細(xì)胞的marker基因CD79A
說(shuō)明這些細(xì)胞既不是B細(xì)胞,也不是混合有B細(xì)胞的雙細(xì)胞氧急。
作者進(jìn)一步觀察到這些細(xì)胞還表達(dá)CD81基因颗胡,而CD81蛋白是CD19的伴侶蛋白
CD19本身是一個(gè)跨細(xì)胞膜的蛋白,它需要CD81蛋白的幫助吩坝,來(lái)完成跨膜動(dòng)作
作者還在細(xì)胞簇的表達(dá)中毒姨,看到了淋巴細(xì)胞簇,淋巴細(xì)胞簇表達(dá)CD3钉寝、CD7弧呐、IL2RG等marker基因
而周細(xì)胞表達(dá)的基因,與淋巴細(xì)胞簇表達(dá)的基因嵌纲,是互斥的
這個(gè)進(jìn)一步說(shuō)明了俘枫,在大腦中表達(dá)CD19的細(xì)胞,不是淋巴細(xì)胞逮走,而是周細(xì)胞
這是對(duì)周細(xì)胞中CD19表達(dá)水平的分析
CD19基因的表達(dá)量鸠蚪,在周細(xì)胞的所有基因的表達(dá)量中排序,排到前86%的位置
同時(shí)师溅,可以看到周細(xì)胞中其它幾個(gè)marker基因的表達(dá)水平茅信,CD248是前85%,RGS5是前96%墓臭,
PDFGFRB是前97%
也就是說(shuō)蘸鲸,在周細(xì)胞中,CD19的表達(dá)水平是較高的
作者找了更多的數(shù)據(jù)集來(lái)進(jìn)行分析
在一個(gè)人類(lèi)前腦的數(shù)據(jù)集中窿锉,mural細(xì)胞是表達(dá)CD19的酌摇,但不表達(dá)CD79A
作者在第三個(gè)數(shù)據(jù)集中,進(jìn)一步做分析榆综,
在周細(xì)胞中妙痹,有較多細(xì)胞是表達(dá)CD19的,但這些細(xì)胞不表達(dá)B細(xì)胞的marker基因CD79A
在內(nèi)皮細(xì)胞中鼻疮,有少量細(xì)胞是表達(dá)CD19的怯伊,但這些內(nèi)皮細(xì)胞都不表達(dá)CD79A
在La Manno的兩個(gè)數(shù)據(jù)集中,周細(xì)胞中的CD19表達(dá)量,分別是所有基因排名的前86%耿芹,和前71%
這也說(shuō)明CD19在mural細(xì)胞中崭篡、周細(xì)胞中的表達(dá)水平是較高的
為了評(píng)估在人腦mural細(xì)胞中的CD19的表達(dá),作者做了免疫組化吧秕。
樣本來(lái)自健康死亡的人琉闪,我估計(jì)是死于車(chē)禍之類(lèi)的人的大腦
用的抗體的編號(hào)是BT51E。這個(gè)抗體是識(shí)別CD19蛋白的C末端的砸彬,C末端是位于細(xì)胞質(zhì)這一面的
免疫組化的結(jié)果可以看圖颠毙,圖中在:海馬、島突砂碉、顳葉蛀蜜、腦橋、額葉增蹭、枕葉滴某、頂葉等位置,都發(fā)現(xiàn)了有染色
也就是圖中用黑色箭頭標(biāo)的這些位置
也就是說(shuō)在大腦的各個(gè)位置都有CD19的表達(dá)
為進(jìn)一步分析大腦在各個(gè)發(fā)育時(shí)期的CD19的表達(dá)滋迈,
作者找到了BICCN的數(shù)據(jù)集
BICCN數(shù)據(jù)集是BRAIN initiative Cell Census Network的縮寫(xiě)
作者找了來(lái)自101個(gè)樣本85萬(wàn)7千個(gè)細(xì)胞的數(shù)據(jù)霎奢,這些樣本都是不同發(fā)育時(shí)期的胚胎人類(lèi)大腦
作者把這85萬(wàn)個(gè)細(xì)胞的數(shù)據(jù)做了整合,整合出了885個(gè)元細(xì)胞
接著饼灿,對(duì)這些元細(xì)胞做聚類(lèi)分析幕侠,得到UMAP圖
這張UMAP圖是按元細(xì)胞的胎齡來(lái)標(biāo)的顏色,顏色越深碍彭,胎齡越大
這是按轉(zhuǎn)錄組相似性分出來(lái)的細(xì)胞簇橙依,不同的簇用不同的顏色進(jìn)行標(biāo)示
在元細(xì)胞中,我們可以清楚地看到硕旗,有CD19的表達(dá)。
同時(shí)女责,我們可以看到漆枚,這些元細(xì)胞中,有未分化的祖細(xì)胞marker基因PAX3的表達(dá)
和周細(xì)胞的幾個(gè)marker基因的平均表達(dá)水平
可以看到在mural元細(xì)胞簇中抵知,周細(xì)胞marker基因特異性高表達(dá)
也就是CD248這些基因在第6號(hào)的元細(xì)胞簇中特異性地高表達(dá)
在這張圖中墙基,橫座標(biāo)是周細(xì)胞marker基因的表達(dá)水平,縱座標(biāo)是CD19基因的表達(dá)水平
我們看到刷喜,CD19基因的表達(dá)水平残制,和周細(xì)胞marker基因的表達(dá)水平,有強(qiáng)相關(guān)性
作者還發(fā)現(xiàn)掖疮,在小膠質(zhì)細(xì)胞簇中初茶,CD19低表達(dá)
這三張圖,分別是三類(lèi)基因在胚胎各個(gè)階段的表達(dá)情況
從上到下浊闪,胚胎的胎齡越來(lái)越大恼布,
每個(gè)小柱子的高度螺戳,表示有多少個(gè)元細(xì)胞表達(dá)這個(gè)標(biāo)志基因
可以看到,胎齡15周之前折汞,沒(méi)有觀察到CD19的表達(dá)
并且倔幼,在這些細(xì)胞中, 沒(méi)有觀察到B細(xì)胞的marker基因的表達(dá)爽待。
這是marker基因表達(dá)的熱圖损同。
圖中分成兩塊,左邊這塊鸟款,是屬于神經(jīng)血管的元細(xì)胞
右邊這塊膏燃,是神經(jīng)血管之外的元細(xì)胞,
我們可以看到欠雌,神經(jīng)血管的元細(xì)胞的marker基因表達(dá)蹄梢,
與非神經(jīng)血管的元細(xì)胞的marker基因表達(dá),差異很大
這讓作者可以清楚地把兩群元細(xì)胞給分開(kāi)富俄。
而且禁炒,我們可以看到CD19在神經(jīng)血管的細(xì)胞中,有高表達(dá)
在別的細(xì)胞中霍比,CD19的表達(dá)量很低
進(jìn)一步的數(shù)據(jù)分析幕袱,可以看到,CD19不僅在周細(xì)胞中表達(dá)悠瞬,還在內(nèi)皮細(xì)胞中有表達(dá)
接著们豌,作者把非神經(jīng)元的細(xì)胞亞群,做成UMAP圖浅妆,
并且把這些細(xì)胞分別按細(xì)胞簇望迎、時(shí)間、空間凌外,做了區(qū)分
接著辩尊,作者做了各種細(xì)胞對(duì)應(yīng)marker基因的表達(dá)
可以看到CD19的表達(dá),與血管平滑肌細(xì)胞康辑、周細(xì)胞摄欲、皮細(xì)胞,是有交集的
這是從發(fā)育的時(shí)間軸上看各marker基因的表達(dá)疮薇。
橫軸是發(fā)育的時(shí)間軸胸墙,可以看到,15周胎齡之前CD19的表達(dá)很少按咒,20周之后迟隅,有CD19的表達(dá)
為了看不同年齡的人的大腦中CD19基因的表達(dá),
作者找了500個(gè)人類(lèi)大腦不同時(shí)期、不同大腦部位的樣本進(jìn)行分析
圖中藍(lán)色的點(diǎn)是出生之前的大腦樣本中CD19基因的表達(dá)情況玻淑,
棕色的點(diǎn)是出生之后嗽冒,一直到40歲,大腦樣本中的CD19基因的表達(dá)情況补履。
我們可以看到自始至終添坊,大腦一直都有CD19的表達(dá)。
同樣箫锤,我們可以看到贬蛙,CD248這個(gè)mural細(xì)胞的marker基因,也自始致終有表達(dá)
令作者吃驚的是谚攒,CD248, CSPG4, ANPEP, FOXS1, 和FN1這些基因的表達(dá)
與CD19的表達(dá)的相關(guān)性阳准,排在前1%
作者對(duì)與CD19表達(dá)相關(guān)性最高的200個(gè)基因做GO富集,
發(fā)現(xiàn)富集的條目是與神經(jīng)血管單元馏臭、血管生長(zhǎng)野蝇、對(duì)流體切變力的響應(yīng)、和多種細(xì)胞外間質(zhì)
這些條目是相關(guān)的
這提示括儒,CD19在成年人大腦中的表達(dá)绕沈,與mural細(xì)胞的豐富程度有關(guān),而與B細(xì)胞不太有關(guān)系
看各種細(xì)胞中含CD19和marker基因的含量
CD19和CSPG4在周細(xì)胞與內(nèi)皮細(xì)胞中表達(dá)較高帮寻。
B細(xì)胞中富集的CD22和CD74乍狐,在周細(xì)胞與內(nèi)皮細(xì)胞中表達(dá)較少
臨床上使用的針對(duì)CD19的CAR-T是針對(duì)CD19的第4個(gè)外顯子的。
另外固逗,跳過(guò)第2個(gè)外顯子的CD19的突變蛋白浅蚪,會(huì)缺乏向細(xì)胞表面的轉(zhuǎn)運(yùn),
因此烫罩,作者分析了大腦中表達(dá)的CD19的各個(gè)外顯子的表達(dá)水平
圖中惜傲,從左到右分成15段,每一段就是一段CD19的外顯子贝攒。
可以看到操漠,各個(gè)外顯子的表達(dá)均勻分布,包括外顯子2和外顯子4饿这,都是均勻分布的
作者為了了解小鼠mural細(xì)胞中是否有CD19的表達(dá),進(jìn)行了研究撞秋。
從健康的C57BL/6J小鼠中提取并分離了全腦长捧。
并通過(guò)流式細(xì)胞儀的分析,證明了有表達(dá)CD19的細(xì)胞存在吻贿,盡管表達(dá)CD19的細(xì)胞的數(shù)量較少串结。
相比于人類(lèi)大腦中的CD19的表達(dá)水平,小鼠大腦中的CD19的表達(dá)水平相對(duì)較低
作者針對(duì)小鼠和人類(lèi)的CD19分別做CAR-T細(xì)胞。
一共做了三種CAR-T細(xì)胞
CAR-T細(xì)胞的CAR分子設(shè)計(jì)中有兩個(gè)關(guān)注點(diǎn)
1肌割、左邊針對(duì)的目標(biāo)分子有兩種卧蜓,一種是針對(duì)小鼠的CD19,另一種是針對(duì)人類(lèi)的CD19
小鼠的就用字母m開(kāi)頭把敞,人類(lèi)的就用字母h開(kāi)頭
2弥奸、第三段基因片段,有兩種選擇奋早,分別是4-1BB和CD28
這樣盛霎,就有了三種CAR分子
然后,作者對(duì)兩種培養(yǎng)細(xì)胞耽装,用三種CAR-T做了CAR-T的裂解實(shí)驗(yàn)愤炸。
被裂解的兩種培養(yǎng)細(xì)胞,分別是人類(lèi)的掉奄、和小鼠的规个。
左邊的這是Nalm6細(xì)胞,是培養(yǎng)的人類(lèi)細(xì)胞姓建。
我們可以看到诞仓,是紅線(xiàn)的裂解率最高
也就是針對(duì)人類(lèi)CD19的CAR-T對(duì)Nalm6這種人類(lèi)的細(xì)胞的殺傷力最強(qiáng)
右邊的這是A20細(xì)胞,是培養(yǎng)的小鼠細(xì)胞
我們可以看到引瀑,是綠線(xiàn)的裂解率最高
也就是針對(duì)小鼠的CD19狂芋,并且用CD28作為CAR分子第三段的這種CAR-T,它的裂解率最高
接著憨栽,作者對(duì)特殊的NSG小鼠做CAR-T處理帜矾。
這種NSG小鼠的特點(diǎn)是它是免疫缺陷的,它沒(méi)有B細(xì)胞屑柔。
之所以選用這種小鼠
是因?yàn)楸卷?xiàng)研究屡萤,就是看針對(duì)CD19的CAR-T治療對(duì)B細(xì)胞之外的細(xì)胞、器官造成的傷害
那么NSG小鼠沒(méi)有B細(xì)胞掸宛,實(shí)驗(yàn)過(guò)程中就可以排除因?yàn)镃AR-T進(jìn)攻B細(xì)胞造成的傷害
所觀察到的傷害死陆,都排除了B細(xì)胞的影響
我們看圖,圖中是NSG小鼠在經(jīng)過(guò)CAR-T處理后唧瘾,大腦的切片染色結(jié)果
藍(lán)色是DAPI染色措译,是對(duì)細(xì)胞核的染色。
紅色是EBD染色饰序,體現(xiàn)的是血腦屏障的滲漏
圖片分兩排领虹,上面一排是大圖,下面一排是上面大圖中那些小白框內(nèi)的圖形放大后的效果求豫。
圖片分5列
最左邊的一列塌衰,是甘露醇(處理后的效果)
甘露醇是能夠讓血腦屏障的滲漏變高的一種化合物诉稍,在這里,相當(dāng)于一個(gè)檢測(cè)血腦屏障滲潳的陽(yáng)性對(duì)照
第二列最疆,沒(méi)有加T細(xì)胞處理杯巨,也就是陰性對(duì)照
第三列到第五列,是3種CAR-T細(xì)胞的處理結(jié)果
可以明顯地看到努酸,第五列的圖中服爷,紅顏色是較明顯的
也就是說(shuō),針對(duì)小鼠CD19的用CD28做基因第三段的CAR-T
較大程度地增加了小鼠血腦屏障的滲透性
這是對(duì)剛才圖像中EBD染色效果的熒光(強(qiáng)度)進(jìn)行定量分析的結(jié)果
可以看到mCD1928z這個(gè)CAR-T處理蚊逢,可以引起和甘露醇相近滲漏結(jié)果
另外层扶,mCD19BBz這個(gè)CAR-T處理,也會(huì)引起一定的滲漏結(jié)果
這是作者用另一個(gè)“有免疫功能的”小鼠做血腦屏障滲漏實(shí)驗(yàn)的結(jié)果烙荷。
我們可以看到镜会,在mCD1928z這個(gè)CAR-T處理的結(jié)果中,可以看到較強(qiáng)的紅顏色熒光
作者還用核磁共振技術(shù)终抽,來(lái)檢查了小鼠經(jīng)過(guò)CAR-T治療之后戳表,血腦屏障的滲漏
這張圖中,腦子部分滲漏的情況越重的昼伴,顏色標(biāo)得越偏紅
可以看到匾旭,甘露醇處理的腦子,顏色最紅
而余下的4個(gè)樣本中圃郊,是用mCD1928z這個(gè)CAR-T處理后的腦子价涝,顏色最紅
最右邊的圖,是對(duì)核磁共振檢測(cè)到的小鼠大腦的滲漏情況做一個(gè)定量的分析
圖中顯示持舆,mCD1928z這個(gè)樣本的滲漏色瘩,在各個(gè)實(shí)驗(yàn)樣本中是最高的
這是作者把CAR-T處理后四天的小鼠腦組織解離后,用熒光流式細(xì)胞儀來(lái)做檢測(cè)
看其中的表達(dá)CD19的細(xì)胞的數(shù)量
上面的圖逸寓,是檢測(cè)有CD45或CD41的細(xì)胞中居兆,同時(shí)有CD19表達(dá)的細(xì)胞
下面的圖,是檢測(cè)有CD13的細(xì)胞中竹伸,同時(shí)有表達(dá)CD19的細(xì)胞
我們可以看到泥栖,針對(duì)人的CAR-T和針對(duì)小鼠的CAR-T分別處理之后
針對(duì)人的這組剩下的有CD19表達(dá)的細(xì)胞的比例,都高于針對(duì)鼠的這一組勋篓。
量化的計(jì)算的結(jié)果吧享,也是這樣的結(jié)論
也就是說(shuō)針對(duì)鼠的CAR-T對(duì)表達(dá)鼠CD19的細(xì)胞殺滅功能是最強(qiáng)的
作者接著做了腦與肺的mural細(xì)胞表達(dá)分析
之所以要做肺的mural細(xì)胞表達(dá),是因?yàn)榉萎?dāng)中的周細(xì)胞與內(nèi)皮細(xì)胞特別多
作者想看這些細(xì)胞的基因表達(dá)與腦的mural細(xì)胞的表達(dá)有什么差異
以便為未來(lái)的CAR-T治療找到方向
經(jīng)過(guò)分析譬嚣,作者發(fā)現(xiàn)CD19在大腦中特異表達(dá)耙蔑,而在肺中幾乎沒(méi)有表達(dá)
而一些mural細(xì)胞的marker基因,如PDGFRB孤荣、RGS5甸陌、FOXS1和KCNJ8,在大腦和肺臟中都有表達(dá)
之前已經(jīng)有科學(xué)家提出了用針對(duì)兩種目標(biāo)抗原的盐股,
分別用“AND”或“NOT”方法來(lái)精選目標(biāo)細(xì)胞的CAR-T治療
所謂AND钱豁,就是要同時(shí)有對(duì)應(yīng)到兩種特定抗原的細(xì)胞,CAR-T才會(huì)啟動(dòng)殺滅功能
那NOT疯汁,就是有A目標(biāo)抗原牲尺,但沒(méi)有B目標(biāo)抗原的細(xì)胞,CAR-T才會(huì)啟動(dòng)殺滅功能
那么現(xiàn)在有了精細(xì)的各種細(xì)胞的marker基因幌蚊,也就為接下來(lái)的CAR-T研究提出了新的可行思路