目前吁恍，WGBS（Whole genome bisulfite sequencing）仍是檢測(cè)全基因組DNA甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。下游分析中鸦采，鑒定差異甲基化區(qū)域（Differentially methylated region, DMR）是分析的核心咕幻，今天的推送將介紹利用metilene軟件鑒定差異甲基化區(qū)域。
Fig 1
官方教程
http://legacy.bioinf.uni-leipzig.de/Software/metilene/
軟件安裝,下載地址
http://legacy.bioinf.uni-leipzig.de/Software/metilene/Downloads/
按照Fig 1的命令下載解壓配置即可锣吼。
輸入文件
Fig 2
輸入文件一定是排序后的玄叠，該軟件內(nèi)置了metilene_input.pl腳本可以基于多個(gè)bedgraph文件生成后續(xù)需要的輸入文件读恃。這里的bedgraph文件包括四列，染色體編號(hào)-甲基化位點(diǎn)的前一個(gè)位點(diǎn)-甲基化位點(diǎn)-甲基化水平（Fig 2）疹吃，Tab分隔西雀。
第一步 生成合適的輸入文件?
Fig 3
運(yùn)行metilene_input.pl腳本（Fig 3）
--in1 指定第一組的bedgraph文件艇肴，T202_1/2/3為三個(gè)生物學(xué)重復(fù)
--in2 指定第一組的bedgraph文件，T43_1/2/3為三個(gè)生物學(xué)重復(fù)
--h1/2分別為第一二組的組名
Fig 4
運(yùn)行后生成metilene_T202_T43.input文件（Fig 4）
第二步 call DMR
Fig 5
call DMR（Fig 5）
-a 和-b指定組名
-d指定最小差異甲基化百分比，對(duì)于擬南芥CG-CHG-CHH一般為0.4/0.2/0.1
-t指定線程數(shù)
Fig 6
輸入文件為metilene_T202_T43.input帮哈，輸出文件為metilene_T202_T43.output（Fig 6）
Fig 7
metilene_T202_T43.output說(shuō)明見(jiàn)Fig 7.
第三步 對(duì)輸出結(jié)果進(jìn)一步篩選
Fig 8
對(duì)輸出結(jié)果進(jìn)一步篩選和過(guò)濾（Fig 8）
-q和-o指定輸入和輸出文件
-p指定P值咖刃，默認(rèn)為0.05
-c指定區(qū)間內(nèi)的甲基化位點(diǎn)最小個(gè)數(shù)
-d 指定最小差異甲基化百分比
Fig 9
同時(shí)也會(huì)輸出一些DMR基本信息統(tǒng)計(jì)（Fig 9）
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