????????腫瘤算柳,不僅僅是腫瘤細胞的事。腫瘤浸潤免疫細胞指免疫細胞侵入腫瘤組織姓言,通過直接殺傷或者分泌細胞因子等發(fā)揮對腫瘤細胞的調(diào)控功能瞬项,因此可以從實體瘤中分離出的浸潤的免疫細胞蔗蹋。腫瘤中免疫細胞的浸潤與臨床結(jié)果以及治療效果密切相關(guān),并且靶向腫瘤免疫浸潤細胞的藥物開發(fā)對于腫瘤的治療也有重要意義囱淋。因此猪杭,更加方便快捷地分析腫瘤組織中的浸潤免疫細胞的種類比例顯得尤為重要。
????????目前已報道的可以用于腫瘤浸潤免疫細胞評分的算法包括:xCell妥衣,CIBERSORT皂吮,EPIC,TIMER税手,MCP-counter和DeconRNASeq等蜂筹。這些算法均可以基于腫瘤組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的免疫細胞評分,但是所分析的免疫細胞相對較少芦倒。
三言兩語
1. 基于ssGSEA策略艺挪,結(jié)合已鑒定的各種免疫細胞特征基因,開發(fā)可以分析24種免疫細胞的ImmuCellAI算法并搭建了相應的網(wǎng)頁界面熙暴;
2. 基于ImmuCellAI的免疫細胞評分闺属,使用支持向量機算法進行腫瘤免疫檢查點抑制劑治療效果預測。
3. 基于ImmuCellAI周霉,對TCGA表達譜和生存數(shù)據(jù)進行整合分析掂器,構(gòu)建了不同腫瘤浸潤免疫細胞與生存的數(shù)據(jù)庫。
鏈接
ImmuCellAI http://bioinfo.life.hust.edu.cn/ImmuCellAI#!/
Reference
Miao, Y. R. et al. ImmuCellAI: A Unique Method for Comprehensive T-Cell Subsets Abundance Prediction and its Application in Cancer Immunotherapy. Adv Sci (Weinh) 7, 1902880 (2020).