舊號無端被封，小號再發(fā)一次
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作用
- 用于對齊組織切片圖和網(wǎng)格點
-
ST analysis generates large amounts of image data; for each sample, a pair of high resolution (30k x 30k pixels) images is created, one bright field image with tissue and faintly visible spots, and one fluorescent image with highly visible array spots.
偽影
工作流程
image.png
啟動服務器服務
$ cd /opt/st_spot_detector/server
$ source venv/bin/activate
$ python -m app
打開瀏覽器輸入 IP:8080進入spot Detector界面
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上傳圖片
- Cy3 fluorescent image
- HE bright field image
-
Upload Image
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Image Alignment
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感覺他已經(jīng)幫我自動對齊了腔丧，就不做調(diào)整
Spot Adjustment
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- 通過單擊“選擇組織內(nèi)的斑點”按鈕來自動選擇組織邊界內(nèi)的斑點
- 單擊“添加斑點”按鈕并左鍵單擊應放置的位置來添加缺失的斑點
- change spots assignation by using the "Edit assignments" button
Export the spot values
-
Click on the "Data export" tab.
image.png
得到結果文件
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image.png
Data conversion and visualization
The script "adjust_matrix_coordinates.py" of the ST Pipeline package can be used to adjust the output of the ST Pipeline (matrix in TSV format)
這將生成一個新矩陣（new_stdata.tsv）糊探，然后括享，可以使用3x3仿射矩陣文件通過ST Viewer，ST Analysis或您自己的腳本將數(shù)據(jù)繪制到組織圖像（HE）上硝训。
