qiime taxonomy出現(xiàn)CategoricalMetadataColumn does not support values with leading or trailing whites...

用silva V132進行物種分類,在進行過濾的時候可能會出現(xiàn)CategoricalMetadataColumn does not support values with leading or trailing whitespace characters之類的錯誤钩乍。實際原因是因為其中有空格導致程序報錯辞州,處理的方式如下:

參考來源:https://forum.qiime2.org/t/qiime-taxa-filter-table-leading-or-trailing-whitespace-characters/8678
qiime tools export \

? ? --input-path silva-132-99-taxonomy.qza \

? ? --output-path silva-132-99-taxonomy_spaces

qiime metadata tabulate \

? ? --m-input-file silva-132-99-taxonomy_spaces/taxonomy.tsv \

? ? --o-visualization taxonomy-as-metadata.qzv

qiime tools export \

? ? --input-path taxonomy-as-metadata.qzv \

? ? --output-path taxonomy-as-metadata

qiime tools import \

????–type ‘FeatureData[Taxonomy]’ \

????–input-path taxonomy-as-metadata/metadata.tsv \

????–output-path taxonomy-without-spaces.qza

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