最近在研發(fā)安全用藥相關(guān)產(chǎn)品抒线，查找了很多的數(shù)據(jù)庫熔掺，PharmGKB是史上唯一一個收集最完整的與藥物基因組相關(guān)的基因型和表型信息钙勃，并將這些信息系統(tǒng)地歸類的數(shù)據(jù)庫祖秒。
PharmGKB全稱是Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base痕囱，翻譯成漢語就是遺傳藥理學(xué)與藥物基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫田轧，網(wǎng)站把基因和藥物的關(guān)系分為兩個大的范疇：表型（包括：臨床結(jié)果（CO），藥效學(xué)和藥物反應(yīng)（PD）鞍恢，藥物動力學(xué)（PK）以及分子和細胞功能化驗（FA））傻粘； 基因型（GN）。研究中用到了Cleaver, Family Tree等工具帮掉。目前弦悉，該數(shù)據(jù)庫中包含有27007個基因與4654種藥物和4067種疾病的相互作用資料。該數(shù)據(jù)庫由美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）創(chuàng)建蟆炊。網(wǎng)址是：https://www.pharmgkb.org/稽莉。
PharmGKB網(wǎng)站的建立主要分為三個部分：
1.文獻數(shù)據(jù)提取：從最原始的藥物基因組學(xué)涩搓，藥物遺傳學(xué)及臨床醫(yī)生發(fā)表的相關(guān)文獻中提取數(shù)據(jù)污秆，形成網(wǎng)站的的藥物基因組學(xué)知識庫基礎(chǔ)劈猪。
2.基因-藥物數(shù)據(jù)提取，注釋：對gene-drug相關(guān)數(shù)據(jù)進行提取良拼，注釋战得，聚集和綜合分析，對藥物基因組相關(guān)知識進行進一步歸類庸推。
3.臨床注釋及實施：臨床注釋信息包括基因型與藥物基因組學(xué)描述常侦，評價等，臨床實施包括數(shù)據(jù)聯(lián)合應(yīng)用贬媒，個體化用藥及用藥指南等聋亡。
關(guān)于此網(wǎng)站的應(yīng)用，若只是平常的查詢工作掖蛤，包括：哪些藥物是明確需要基因檢測的杀捻；藥物與基因的信息；藥物劑量參考指南以及藥物相關(guān)代謝通路等蚓庭，我們可以直接在主頁上輸入基因致讥，藥物，疾病或突變名稱進行檢索器赞；若還需進行藥物遺傳學(xué)以及藥物基因組學(xué)研究設(shè)計垢袱，需進行用戶注冊，這樣可以訪問并下載原始數(shù)據(jù)以輔助后續(xù)的分析港柜。
通過檢索相關(guān)內(nèi)容请契，可以知道有哪些藥物是明確需要基因檢測的，
下面以羅格列酮（rosiglitazone）為例夏醉，對網(wǎng)站使用進行詳細說明：
1.輸入rosiglitazone后爽锥，搜索引擎會自動羅列藥物相關(guān)的構(gòu)型及說明。
2.看到搜索結(jié)果中包含劑量指導(dǎo)畔柔、藥物標(biāo)簽氯夷、臨床和變異注釋。
3.在劑量指導(dǎo)（PGx Prescribing Info）中靶擦，數(shù)據(jù)庫給出了相關(guān)的注釋和來源引證腮考，我們還可以找到相關(guān)的藥物認證標(biāo)簽，如FDA等機構(gòu)的認證信息玄捕，但我輸入的藥物暫時還沒有劑量指導(dǎo)信息踩蔚。
4.在clinical annotation中，包含了臨床證據(jù)級別枚粘，基因馅闽，變異位點，表型等信息。
相關(guān)的臨床注釋能提供關(guān)于病人基因型-藥物之間的關(guān)系捞蛋，且還包含了對表型的總結(jié)摘要孝冒。
5.變異注釋中柬姚，詳細的介紹了對應(yīng)的突變拟杉，PMID，藥物分子和其它相關(guān)信息量承，點入“Read Now”還可以看到相關(guān)的參考文獻搬设，這部分有些信息是需要注冊才能看的。
6.在Literature中給出對應(yīng)的文獻資料撕捍。
7.在pathways中拿穴，可以找到藥物參與的相關(guān)通路及描述。
8.在“Related to”目錄中忧风，數(shù)據(jù)庫非常智能的將藥物與其它相關(guān)信息聯(lián)系起來默色，比如羅格列酮有0個分子構(gòu)型，與8個基因狮腿、4種疾病相關(guān)腿宰。
以上是網(wǎng)站搜索結(jié)果的注釋，其余科研工作需要的信息阶捆，還需自行查找揖盘，自行學(xué)習(xí)匹涮，真是個神奇的數(shù)據(jù)庫。
