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TiED是一個人類增強子數(shù)據(jù)庫奢啥，對10種不同組織中的增強子表進行定量和分析漆枚，鑒定了增強子的組織特異性姓惑，網(wǎng)址如下
http://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED/
首先綜合H3K27ac, H3K4me1, H3K4me3和DHS的結果來識別增強子區(qū)域鸭限，從Roadmap和ENCODE下載chip_seq數(shù)據(jù)進行分析，將在DHS, H3K27ac, H3K4me1 peak 2kb范圍內(nèi)栈拖，含有較高H3K4me1修飾水平，較低H3K4me3水平的基因組區(qū)域作為候選的增強子區(qū)域没陡，然后過濾掉與蛋白編碼基因TSS位點上游1kb存在overlap的增強子涩哟，得到最終的增強子區(qū)域索赏。
對于增強子區(qū)域，提供了以下幾種注釋信息
SNP位點注釋
提供了增強子區(qū)域內(nèi)存在的SNP位點的注釋轉錄因子注釋
對潛在的調(diào)控增強子的轉錄因子進行注釋靶基因注釋
將增強子上下游100kb范圍內(nèi)的蛋白基因定義為該增強子可能的靶基因-
靶基因組織特異性注釋
根據(jù)GTEx項目提供的基因表達量信息贴彼，分析增強子的靶基因在下圖所示的10種組織中的表達情況潜腻，并計算組織特異性
根據(jù)靶基因的組織特異性，將增強子劃分為以下3類
specific enhancer
ubiquitous enhancer
-
other enhancer
其中specific ehhancer簡寫為TS enhancer, ubiquitous enhancer簡寫為UE enhancer器仗。
其次結合CAGE測序的結果來識別增強子對應的RNA,即eRNA. 如果CAGE測序的peak位于增強子區(qū)域融涣，說明該增強子轉錄產(chǎn)生了eRNA。
通過首頁的檢索框精钮，可以根據(jù)組織威鹿，轉錄因子，基因名稱或者基因組位置對數(shù)據(jù)庫進行檢索轨香。以Heart組織為例忽你，結果示意如下
增強子編號以enh前綴加數(shù)字編號開頭，提供了基因組區(qū)域臂容，eRNA注釋檀夹，組織特異性注釋等信息。點擊增強子編號策橘，可以查看以下幾種詳細信息
1. 轉錄因子
2. SNP
3. Tatget Gene
通過Browser菜單炸渡，可以查看某個組織內(nèi)的TF-enhancer-gene調(diào)控網(wǎng)絡，示意如下
該數(shù)據(jù)庫中的信息是免費下載的丽已，通過該數(shù)據(jù)庫蚌堵，除了增強子基因組區(qū)域的基本注釋外，還可以得到轉錄因子和增強子的調(diào)控關系沛婴，以及增強子和基因的調(diào)控關系吼畏。
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