項(xiàng)目目的

CIRI2和CIRCexplore,2聯(lián)合使用對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行circRNAs鑒定，并進(jìn)一步做下游的差異表達(dá)等分析。

項(xiàng)目流程

1·tophat皇忿，BWA用于map到參考基因組畴蹭。
2·CIRCexplorer2，CIRI2 用于circRNA的鑒定鳍烁。
3·DESeq2用于差異表達(dá)分析
4·BlastN 用于比較在線(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)（circbase）上的信息以獲得保守或者新鑒定circRNA
5·Targetscans 用于miRNA靶位點(diǎn)的預(yù)測(cè)叨襟。
6·Blast2go 用于GO富集分析

參考文章

circRNA_茶樹(shù)葉片
circRNA學(xué)習(xí)專(zhuān)題 – circRNA數(shù)據(jù)獲得方式的討論
CircTest

具體流程實(shí)現(xiàn)

使用CIRI2鑒定circRNA

#!/bin/sh
work_path=$(echo "/home/zhou/RNASEQ/CircularRNA-seq/rawdata/")
cd $work_path
sampledir=($(ls -d Sample*/))
#echo ${array[@]} 
for ((i=0;i<${#sampledir[@]};i++))
    do
        #進(jìn)入對(duì)應(yīng)樣本的目錄
        cd $work_path
        cd ${sampledir[$i]}
        
        #獲取文件名
        fastpinput1=$(ls *R1*fastq.gz)
        fastpinput2=$(ls *R2*fastq.gz)
        #echo $fastpinput1
        #echo $fastpinput2
        fastpoutput1=$(ls *R1*fastq.gz|sed 's/\.fastq\.gz/\_fastpedited\.fastq/g')
        fastpoutput2=$(ls *R2*fastq.gz|sed 's/\.fastq\.gz/\_fastpedited\.fastq/g')
        #echo $fastpoutput1
        #echo $fastpoutput2
        #fastp預(yù)處理
        fastp -w 16 --dont_overwrite -i $fastpinput1 -I $fastpinput2 -o $fastpoutput1 -O $fastpoutput2
        #bwa mem 比對(duì)
        index=$(echo "/home/zhou/RNASEQ/index/hg19.fa")
        gtf_anno=$(echo "/home/zhou/RNASEQ/index/hg19.gtf")
        outdir=$(echo "ciri_output")
        #echo $index
        #echo $outdir
        if [[ ! -d "$outdir" ]]; then
            mkdir ${outdir}
        fi
        rm ${outdir}/*
        name=$(echo ${fastpoutput1}|sed 's/\_[ACTG]*\_.*\.fastq//g')
        samplename=$(echo ${name}|sed 's/\/.*\///g')
        bwasamfile=$(echo "${outdir}/${samplename}.sam")
        echo $samplename
        SHELL_FOLDER=$(cd "$(dirname "$0")";pwd)
        #echo $SHELL_FOLDER
        bwa mem -T 19 -t 24 $index $fastpoutput1 $fastpoutput2   > $bwasamfile
        ciripath=$(echo "/home/zhou/Software/CIRI-full_v2.0/bin/CIRI_v2.0.6/CIRI2.pl")
        cirioutfile=$(echo "${outdir}/${samplename}.ciri")
        perl $ciripath -I $bwasamfile -O $cirioutfile -F $index -A $gtf_anno -T 20
    done

對(duì)每個(gè)樣本的ciri結(jié)果文件進(jìn)行合并

把ciri結(jié)果文件全部復(fù)制到一個(gè)文件夾下，然后通過(guò)腳本CircTest/merge_ciri.py把junction_reads.txt幔荒，non_junction_reads.txt 和 junction_reads_ratio.txt合并出來(lái)

#!/bin/sh
mergedir="CIRI2_merge"
if [[ ! -d "$mergedir" ]]; then
    
    mkdir $mergedir
fi
find ./ -name *ciri|xargs -n1 -i cp {} ./${mergedir}/
git clone https://github.com/dieterich-lab/CircTest.git
cp CircTest/merge_ciri.py ./${mergedir}/
python ./${mergedir}/merge_ciri.py ~/RNASEQ/CircularRNA-seq/rawdata/CIRI2_merge/

結(jié)果展示

image.png