從今天開始，我又要經(jīng)趁诨簦回到簡書記錄一些數(shù)據(jù)下載货抄，處理流程了。目前需要UKBB的GWAS朱转， 用的人很多蟹地，都是大文章，大手筆藤为。我沒有找到怎么下載的怪与。所以打算自己跟著幫助文檔學(xué)習(xí)一下，另外也記錄一下這個過程缅疟。
首先經(jīng)過嚴(yán)格的申請流程后分别，會得到下數(shù)據(jù)的批準(zhǔn)郵件遍愿。
獲取Accessing_UKB_data_v2.2.pdf幫助文檔，UKBB數(shù)據(jù)量龐大茎杂，并且記錄詳實(shí)错览，這就造成了用戶有很多文檔需要讀，快速找到信息過于繁瑣而難以實(shí)現(xiàn)煌往。
UKBB genotype數(shù)據(jù)處理流程：https://biobank.ndph.ox.ac.uk/showcase/showcase/docs/genotyping_sample_workflow.pdf
Genome-wide genetic data on 500,000 UK Biobank participants：wtchg_gene_paper.html
Cov-19GWAS數(shù)據(jù)文獻(xiàn)：https://biobank.ndph.ox.ac.uk/showcase/showcase/docs/c19link_phe_sgss.pdf
Citation:Watanabe, K.?et al.?A global overview of pleiotropy and genetic architecture in complex traits.?Nat. Genet.?51, 1339-1348 (2019).?PMID: 31427789
600 GWAS were performed in this project based on UK Biobank release 2 data under application ID 16406. Full summary statistics can be downloaded from the original source following the provided links.https://ctg.cncr.nl/documents/p1651/ukb2_sumstats.tar.gz
UKBBphenotype數(shù)據(jù)處理流程：https://github.com/Nealelab/UK_Biobank_GWAS/tree/master/imputed-v2-gwas
phenotype 處理工具：Millard LAC, Davies NM, Gaunt TR, Davey Smith G, Tilling K. PHESANT: a tool for performing automated phenome scans in UK Biobank. bioRxiv (2017)??https://github.com/astheeggeggs/PHESANT
另外倾哺，這里提供http://www.nealelab.is/uk-biobank
GWASimputedv3:https://docs.google.com/spreadsheets/d/1kvPoupSzsSFBNSztMzl04xMoSC3Kcx3CrjVf4yBmESU/edit?ts=5b5f17db#gid=113065058
GWAS ROUND1:https://docs.google.com/spreadsheets/d/1b3oGI2lUt57BcuHttWaZotQcI0-mBRPyZihz87Ms_No/edit#gid=275725118
首先針對UKB數(shù)據(jù)申請，你需要有一個Principal Investigator (PI) 刽脖，只有他才有群里進(jìn)入AMS系統(tǒng)羞海，普通用戶進(jìn)入首頁和登陸后從AMS進(jìn)入界面是不同的，可以看到showcase的差異曲管。一般而言却邓，一個項(xiàng)目組一個PI就可以，其他的設(shè)置為Collaborators即可院水。
申請郵件會被回復(fù)一個32位的MD5碼腊徙，UKBB所有數(shù)據(jù)均有MD5碼，以解密確保數(shù)據(jù)安全檬某。另外附件中會有一個 k56789r23456.key的文件撬腾，這個至關(guān)重要，可以通過密匙獲取數(shù)據(jù)恢恼。每個申請用戶都不同民傻，不可私下共享。
UKBB數(shù)據(jù)有主要數(shù)據(jù)集场斑，另外有大量的圖數(shù)據(jù)漓踢，最后是基因數(shù)據(jù)。此外還有醫(yī)院住院數(shù)據(jù)漏隐，和返回?cái)?shù)據(jù)喧半。
作為UKBB用戶，可以直接通過AMS系統(tǒng)發(fā)郵件給工作人員青责，回復(fù)速度還是很快的薯酝。
下一節(jié)，看一下主要數(shù)據(jù)集的下載爽柒。
