DoRothEA是一種包含轉(zhuǎn)錄因子（TF）與其靶標相互作用的基因集資源拔妥。一個TF及其對應靶點的集合被定義為調(diào)節(jié)子（regulons）偷线。DoRothEA regulons 收集了不同類型的證據(jù)团赏，例如文獻，ChIP-seq peaks返干，TF結(jié)合位點基序以及從基因表達推斷相互作用等掠械。
image.png
DoRothEA regulon可以與幾種統(tǒng)計方法結(jié)合使用，從而產(chǎn)生一種功能分析工具汗盘，以從基因表達數(shù)據(jù)推斷TF活性凳谦。通過不考慮TF本身的基因表達，而是考慮其直接轉(zhuǎn)錄靶標的mRNA水平來計算活性衡未。
安裝以及代碼實現(xiàn)：https://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/vignettes/dorothea/inst/doc/single_cell_vignette
