今天小麥研究聯(lián)盟推了一篇新的文章（文章地址）。因?yàn)閷?duì)其中的ATAC-seq感興趣账阻，遂打開TBtools嘗試通過SRR號(hào)（SRR9647008）獲取ENA的下載地址。
結(jié)果程序報(bào)錯(cuò)泽本！錯(cuò)誤代碼為:
[Debug...All Standard Error Info will show as following:...]
Curr log file:/var/folders/x2/2fccg0vj49scz2l6slndcjl00000gn/T/TBtools.4065889472342426206.20200809172728.log
Curr java version:11.0.6
Curr TBtools version:1.049
Maxmum Memory for Curr TBtools: 4294967296
Funny....
srr.txt
Current Count: 1
Totally, 1 SRRnum to process...
Aug 09, 2020 5:31:02 PM biocjava.GUIexcutors.SRAtoolsGUI.SRR2ENALinksGUIPanel$3$1 run
SEVERE: null
java.io.IOException: Server returned HTTP response code: 500 for URL: https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport?accession=SRR9647008&result=read_run&fields=study_accession,sample_accession,secondary_sample_accession,experiment_accession,run_accession,tax_id,scientific_name,instrument_model,library_layout,fastq_ftp,fastq_galaxy,submitted_ftp,submitted_galaxy,sra_ftp,sra_galaxy,cram_index_ftp,cram_index_galaxy&download=txt
at java.base/sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream0(HttpURLConnection.java:1919)
at java.base/sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream(HttpURLConnection.java:1515)
at java.base/sun.net.www.protocol.https.HttpsURLConnectionImpl.getInputStream(HttpsURLConnectionImpl.java:250)
at toolsKit.HttpSgetData.getContent(HttpSgetData.java:71)
at biocjava.bioIO.SRAtools.GetENALinksOfSRR.getENAinfo(GetENALinksOfSRR.java:58)
at biocjava.bioIO.SRAtools.GetENALinksOfSRR.process(GetENALinksOfSRR.java:81)
at biocjava.GUIexcutors.SRAtoolsGUI.SRR2ENALinksGUIPanel$3$1.run(SRR2ENALinksGUIPanel.java:131)
很奇怪淘太，因?yàn)橹坝眠^不少次了頭一次運(yùn)行提示錯(cuò)誤。
看到瀏覽器響應(yīng)錯(cuò)誤代碼500。
嘗試把網(wǎng)址直接填入地址欄：
ENA地址點(diǎn)這里跳轉(zhuǎn)
瀏覽器提示：
Failed to convert value of type 'java.lang.String' to required type 'boolean'; nested exception is java.lang.IllegalArgumentException: Invalid boolean value [txt]
hmmm很怪了蒲牧，試著去看看ENA他家的導(dǎo)出到底是什么撇贺。
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SRR9647008
結(jié)果發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)的地址末尾是：&format=txt&download=true
返回的值：
study_accession sample_accession secondary_sample_accession experiment_accession run_accession tax_id scientific_name instrument_model library_layout fastq_ftp fastq_galaxy submitted_ftp submitted_galaxy sra_ftp sra_galaxy cram_index_ftp cram_index_galaxy
PRJNA552871 SAMN12219945 SRS5066040 SRX6408585 SRR9647008 4565 Triticum aestivum NextSeq 500 PAIRED ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR964/008/SRR9647008/SRR9647008_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR964/008/SRR9647008/SRR9647008_2.fastq.gz ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR964/008/SRR9647008/SRR9647008_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR964/008/SRR9647008/SRR9647008_2.fastq.gz ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR964/008/SRR9647008 ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/srr/SRR964/008/SRR9647008
而之前報(bào)錯(cuò)的鏈接末尾是：&download=txt
好像是這個(gè)地址末尾出問題所以ENA無法返回正確的文件了。對(duì)我來說問題就明了了：可能是ENA更改了返回?cái)?shù)據(jù)的參數(shù)冰抢，TBtools沒有更新所以無法獲取正確的參數(shù)松嘶。于是嘗試把這一問題反饋到群里。但是在反饋的時(shí)候溝通非常失敗挎扰〈涠總結(jié)下來就：
- 沒有正確的說出正在使用的功能。TBtools是一個(gè)有上百個(gè)功能的軟件遵倦，SRR獲取地址的功能就有兩個(gè)尽超。一個(gè)是SRA xml一個(gè)是SRR。如果一開始不說清楚是哪個(gè)功能梧躺，并且截圖的時(shí)候沒有截到對(duì)應(yīng)的功能就會(huì)造成別人的誤解似谁。
- 沒有明確并正確描述自己的問題，自己發(fā)信息到底是在請(qǐng)求幫助掠哥，還是提交bug巩踏，希望其他成員幫忙測(cè)試某個(gè)功能，還是提出意見建議续搀。所以一開始群友就誤解成使用上的錯(cuò)誤需要幫助了塞琼。
- 還有就是在提交問題的時(shí)候遺漏了必要的信息，例如軟件版本禁舷。
最后彪杉，我也需要認(rèn)真反思自己因?yàn)槌跗跍贤ú粫硨?dǎo)致后續(xù)一系列解釋，浪費(fèi)大家的時(shí)間榛了。一開始圖省事隨意描述一下問題在讶，覺得別人聽不懂打開試一試也就知道了。但其實(shí)別人一開始看你描述的不清不楚的就煩了霜大，不可能再仔細(xì)琢磨你到底想說什么……
溝通的最后就發(fā)現(xiàn)這問題好像只有我一個(gè)人遇到了……我還特意換了臺(tái)電腦又試了一次构哺，問題依舊……
好在問題不大，復(fù)制錯(cuò)誤里的地址改個(gè)尾綴就能下載了战坤。我想如果你看到這篇文多半也遇到了同樣的問題曙强。希望這篇文章能幫到你……（最好沒有人看到，因?yàn)檫@就意味著真的只有我遇到這個(gè)問題）
TBtools是個(gè)很全面也很好玩的工具途茫，希望每個(gè)做濕實(shí)驗(yàn)的研究者都能試試碟嘴！
我繼續(xù)去反省了。
8月10日更新
群主再次測(cè)試了功能確認(rèn)是ENA那邊的api接口換了囊卜。相信下一個(gè)版本就能修復(fù)娜扇。再次感謝陳大神的測(cè)試错沃。希望每個(gè)認(rèn)真負(fù)責(zé)、全身心付出的人都能有滿意的回報(bào)雀瓢。
說個(gè)題外話枢析，其實(shí)最早的一段時(shí)間我一直在黑TBtools。在我的角度刃麸，一個(gè)軟件示例做的不清楚醒叁，作者又標(biāo)榜服務(wù)費(fèi)一個(gè)小時(shí)360并推送自己的騰訊課堂，多少是市儈了點(diǎn)泊业。但在陳大神的群里待了一個(gè)月把沼，我不禁開始反思，現(xiàn)在的學(xué)生到底怎么看待開源軟件的吁伺。換位思考饮睬，如果你每天看到開源客戶每天都是重復(fù)問些巨嬰式的問題，多半你也不會(huì)有什么好心情的吧∠潋穑現(xiàn)在來看续捂，作者口中那個(gè)一小時(shí)360更像是鼓勵(lì)用戶獨(dú)立思考解決問題垦垂，鼓勵(lì)用戶群體建立一個(gè)在線互助平臺(tái)（自己解決了相當(dāng)于你省了360）宦搬。因?yàn)殛惔笊褚恢庇谢貞?yīng)用戶提出的問題的，雖然有時(shí)候是在勸退用戶（小黑粉+1）……并且?guī)缀趺刻焱砩?0點(diǎn)半都會(huì)在騰訊課堂在線解答用戶提出的問題劫拗、需求（課堂地址）间校。但目前課堂提問人數(shù)不是很多……這事很好理解，真去參加課堂的多半也是比較主動(dòng)的页慷，真懶的大概率也不愿意花自己晚上刷劇的時(shí)間去跟作者交流了憔足。
陳大神的愿景很好，希望TBtools能夠幫助那些專注于濕實(shí)驗(yàn)的科研人員酒繁，減少他們了解生物信息的門檻∽艺茫現(xiàn)在的趨勢(shì)也是這樣，生物信息挖掘和單純無腦的濕實(shí)驗(yàn)結(jié)合才是提升文章層次的最好方式州袒。前者能夠幫助科研人員提高研究精度和實(shí)驗(yàn)的可信度揭绑。后者的意義不用我多說了。尤其是那些沒有精細(xì)基因圖譜的非模式植物郎哭。
扯遠(yuǎn)了……總之他匪，陳大神確實(shí)選擇了一條最艱難、最不討好的路夸研。因?yàn)橐粋€(gè)人但凡有點(diǎn)代碼基礎(chǔ)或者有自己思考的人都不會(huì)跑去群里問些沒有深度的問題邦蜜。能夠@群主問問題的多數(shù)都是放棄了思考的人，這也是沒辦法的事亥至，一個(gè)是大家過于習(xí)慣被動(dòng)式學(xué)習(xí)悼沈，另一個(gè)是實(shí)驗(yàn)已經(jīng)消磨掉大部分人的精力贱迟。
希望能夠看到這里的專注于濕實(shí)驗(yàn)的朋友們能夠抽點(diǎn)時(shí)間多了解一下TBtools的其他功能，說不定未來就能幫到你呢絮供。謝謝关筒！
