1.下載
進入清華大學開源軟件鏡像站侧甫，點擊獲取下載鏈接糜颠，在應用軟件種選擇最新版本的Miniconda3，點擊下載。
miniconda安裝.gif
2.安裝與配置
安裝minicongda并添加相關(guān)源。
cd miniconda3 下載目錄
mkdir -p ~/tools/
bash Miniconda3-py37_4.9.2-Linux-x86_64.sh
# 隨后進入安裝界面副瀑，安裝過程中有關(guān)選項全選 yes
# 添加 bioconda 、R 以及相關(guān)源
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
3.環(huán)境與軟件(后續(xù)補充)
cd ~
ln -s ~/tools/miniconda3/bin/activate ./conda_ac
. ./conda_ac
mkdir -p ~/tools/NGStools/
# depend python 2
conda creat -n py3 python=3.8
conda activate py3
conda install -y sra-tools fastqc multiqc fastp samtools bedtools deeptools trinity hisat2 stringtie subread star rsem star-fusion bwa snpEFF vcftools bcftools macs meme homer rseqc jellyfish
cd ~/tools/NGStools/
which 程序名 #1.查找程序路徑
ln -s which返回的結(jié)果 ./ #2.建立軟連接 #重復以上兩步
conda deactivate
# depend python 2
conda creat -n py2 python=2.7
conda activate py2
conda install -y tophat cufflinks rmats rmats2sashimiplot eggnog-mapper qualimap
cd ~/tools/NGStools/
which 程序名 #1.查找程序路徑
ln -s which返回的結(jié)果 ./ #2.建立軟連接 #重復以上兩步
conda deactivate
# eggnog database download
nohup wget http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog.db.gz &
nohup wget http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.0/eggnog_proteins.dmnd.gz &
# Manual install
## GATK4
cd ~/tools/
wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.2.0.0/gatk-4.2.0.0.zip
unzip gatk-4.2.0.0.zip
cd ~/tools/NGStools/
which 程序名 #1.查找程序路徑
ln -s which返回的結(jié)果 ./ #2.建立軟連接
## VEP
