序列比對(duì)原理
安裝
conda install STAR
建立索引
STAR?--runThreadN?6?\
--runMode?genomeGenerate?\#工作模式（建立索引）
--genomeDir?output_folder?\#索引文件存儲(chǔ)位置
--genomeSAindexNbases?12?\#報(bào)錯(cuò)，14太大寿烟，需要用12
--genomeFastaFiles?00ref/TAIR10_Chr.all.fasta?\?#參考基因組
--sjdbGTFfile?00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf?\?#注釋文件
--sjdbOverhang?149?#可變剪切的預(yù)測(cè)
進(jìn)行比對(duì)
STAR?--runThreadN?5?\
--genomeDir?output_folder?\
--readFilesCommand?zcat?\#解壓縮文件
--readFilesIn?02clean_data/output_forward_paired.fq.gz?\#輸入文件位置
?02clean_data/output_reverse_paired.fq.gz?\
--outFileNamePrefix?03align_out/sample2_?\?#結(jié)果文件
--outSAMtype?BAM?SortedByCoordinate?\?#輸出BAM文件并排序
--outBAMsortingThreadN?5?\
--quantMode?TranscriptomeSAM?GeneCounts?#定量分析每個(gè)基因上的reads數(shù)璧坟，為使用RSEM進(jìn)行定量分析做準(zhǔn)備
