Clindex多樣同測試劑盒在實驗過程中會構建一個轉錄組文庫和一個tags文庫焕盟，因此數(shù)據(jù)分析也就分為兩個環(huán)節(jié)：
(1) 單細胞轉錄組分析
(2) tags文庫分析
本篇文章只介紹 tags文庫數(shù)據(jù)分析沙郭，celescope分析單細胞轉錄組數(shù)據(jù)的教程鏈接 點擊這里肄满。
1. tag 文件配置（mapfile+run.sh）
1.1 配置mapfile
#tag_fastq_ID tag_datapath tag_sample_name rna_sample_analysis_Path
R211013006X1 /fastqs/tag_dir tag_1 /xxx/sample1/06.analysis
R211013007X1 /fastqs/tag_dir tag_2 /xxx/sample2/06.analysis
# 第一列 tag_fastq_ID：對應 tag_fastq文件的名稱前綴
# 第二列 tag_datapath：對應 tag_fastq文件的路徑
# 第三列 tag_sample_name：對應質(zhì)控報告的名稱
# 第四列：對應與其“配對的”單細胞轉錄組分析 “06.analysis” 路徑
轉錄組分析截圖
1.2 配置barcode.fa文件
因為在實驗操作中羡宙，我們使用 不同的標簽試劑（含有不同的sample barcode）標記樣本烁登，所以一定要記錄每個樣本使用的標簽試劑所對應sample barcode序列（不然無法準確還原到對應樣本）贫导！
如下為 barcode.fa 的一個示例文本：其中smk 對應 樣本名稱
>SMK0
GGGCGTCTGTGACCGCGTGATACTGCATTGTAGACCGCCCAACTC
>SMK1
TTCCTCCAGAGGAGACCGAGCCGGTCAATTCAGGAGAACGTCCGG
>SMK2
AGGGCTAGGCGTGTCATTTGGCGAGGTCCTGAGGTCATGGAGCCA
>SMK3
CACTGGTCATCGACACTGGGAACCTGAGGTGAGTTCGCGCGCAAG
1.3 編輯運行腳本run.sh
multi_tag\
--mapfile ./tag.mapfile\
--linker_fasta ./linker.fasta\
--barcode_fasta ./barcode.fasta\
--chemistry scopeV2.2.1\
--dim 1\
--fq_pattern L25C15
--mod shell #
2. 生成“命令文件”
（1）激活celescope的環(huán)境conda activate celescope
（2）運行run.sh sh run.sh
很快運行完成抱完，主要生成一個shell文件夾贼陶，其中會有一個以tag_1命名的shell腳本
tag_1.sh的每行指令：對應每一步分析（質(zhì)控報告的每一部分數(shù)據(jù)）
3. 投遞“命令文件”
sh tag_1.sh
運行方式和轉錄組類似
運行獲得的文件夾：
運行獲得的文件夾
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