Image J是由National Institutes of Health（NIH）開發(fā)的基于java的免費(fèi)開源軟件，用于處理和分析圖像昂勉。在生物及醫(yī)學(xué)圖像分析中起著非常重要的作用岗照。
很多科研人員都是用它來處理圖片數(shù)據(jù)的攒至。但很不幸的是躁劣，這款軟件對于小白來說账忘，并不容易上手。
想想還有大量的圖像要分析梧却，so不學(xué)也得學(xué)放航。先從軟件安裝開始广鳍，下載地址直接百度ImageJ進(jìn)官網(wǎng)，點(diǎn)擊Downloads赊时，進(jìn)入界面選擇你需要的版本祖秒。可下載的副本適用于Windows房维，Linux和Mac OSX咙俩。
下載后直接解壓安裝就行阿趁，so easy~
打開之后的界面就是介個樣子啦~
震驚脖阵！這些ICON都是什么鬼独撇！莫慌~?小編第一次打開的時候也想直接關(guān)掉，但是學(xué)習(xí)這個東西吧卵史，學(xué)一學(xué)總是會的以躯。
第一步，當(dāng)然是查看官方幫助文檔刁标。入口在這里：
當(dāng)然膀懈，幫助文檔鏈接是全英文的启搂，語言障礙這種小問題就自行解決吧~
Image J是一個基于java的公共圖像處理軟件胳赌，具備多種圖像處理和分析功能，支持圖像棧（stack）功能疑苫，即可在一個窗口里以多線程的形式層疊多個圖像捍掺，同時并行處理，在醫(yī)學(xué)影像學(xué)診斷領(lǐng)域的應(yīng)用非常廣泛阔加。
同時满钟，Image J是一個開放結(jié)構(gòu)的軟件湃番，通過使用宏和插件，用戶可以自動執(zhí)行任務(wù)并創(chuàng)建自定義工具來完成許多常規(guī)的圖像處理和編輯任務(wù)尊惰。ImageJ打開以下文件格式：TIFF（默認(rèn)格式）泥兰、JPEG鞋诗、PNG削彬、GIF、BMP壶笼、DICOM雁刷、PGM和FITS。借助插件可以打開其他格式墩崩。
ImageJ是一個多功能軟件鹦筹，在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域主要應(yīng)用于Western blot(蛋白印跡)的定量分析铐拐、細(xì)胞計數(shù)、免疫組化分析吹害、Sholl?分析它呀、傅里葉分析棒厘、定性表達(dá)共定位奢人、三維圖像的共定位、矩形范圍內(nèi)熒光強(qiáng)度變化...
現(xiàn)就ImageJ在Western blot(蛋白印跡)的定量分析句惯、細(xì)胞計數(shù)抢野、免疫組化分析中的應(yīng)用進(jìn)行闡述分析蒙保。
1欲主、Image J軟件分析蛋白相對表達(dá)量（Western blot）扁瓢。
首先引几，打開圖片：
選擇矩形工具伟桅，并且選擇要分析的條帶區(qū)域：
通過選擇?Analyze -- Gels -- Select First Lane楣铁，看到選擇區(qū)出現(xiàn)1/2/3/4:
通過Ctrl+3或選擇?Analyze--Gels--Plot Lanes，出現(xiàn)對應(yīng)峰圖赫冬。每個峰的面積代表一條帶的灰度值劲厌。使用直線工具听隐，將每個峰連成封閉雅任。
首先椿访，激活直線工具，然后在峰圖窗口中利用直線將兩個峰之間的谷底畫一條線到底部加酵，這樣就形成了一個封閉的單峰了猪腕。（注意钦勘，直線一定要連接著峰的谷底彻采，另外肛响，在畫線時候，我們可以按住shift剃浇，這樣線就是垂直的了）虎囚。
使用魔棒工具圃伶，點(diǎn)擊每個峰內(nèi)部适揉，彈出面積結(jié)果窗口嫉嘀，并保存。黃色的框框面積大小即代表膠圖中每個條帶的蛋白量的多少：
最后得出的數(shù)據(jù)與條帶的順序一致拭宁，計算出每個數(shù)據(jù)與相應(yīng)的內(nèi)參蛋白數(shù)據(jù)的比例杰标，即為每個蛋白的相對表達(dá)量彩匕。當(dāng)然腔剂，避免不了重復(fù)操作的問題（一般為3次重復(fù)），這樣能盡量減少由于操作帶來的誤差驼仪。
2掸犬、Image J軟件在細(xì)胞計數(shù)中的應(yīng)用
確定圖像中有多少個細(xì)胞是圖像分析中的常見需求，而ImageJ可以很好的解決這個問題绪爸⊥逅椋基于ImageJ軟件進(jìn)行細(xì)胞計數(shù)（需要插件）。
1）首先奠货，您必須安裝Cell Counter插件介褥，該插件可在~ImageJ—plugins—1?analysis下的顯微鏡服務(wù)器上使用。要安裝插件（plugins）递惋，請將整個“1 analysis”文件夾復(fù)制到計算機(jī)上ImageJ文件夾中的plugins文件夾中。安裝插件后，必須在包含Cell Counter插件的1 analysis文件夾中重新啟動ImageJ才能顯示在插件菜單下。
2）打開要計算的圖像卵迂。單元格計數(shù)器僅適用于單個圖像，而不適用于棧（stacks）改览。 您可以使用圖像—棧—棧到圖像庆揩，將.tiff棧或.stk轉(zhuǎn)換為單個.tif文件。
3）選擇插件—1分析—細(xì)胞計數(shù)（或插件—細(xì)胞計數(shù)）奕枢。將打開兩個新窗口，一個計數(shù)窗口，其中您的圖像位于一行按鈕的頂部壳贪，以及一個結(jié)果窗口，其中單元格將相互關(guān)聯(lián)磕蒲。
4）要開始計數(shù)，請單擊計數(shù)窗口底部的其中一個按鈕坊萝。?然后直接單擊要計數(shù)的單元格/對象。在對象上留下白色方塊惦积，并在結(jié)果窗口中開始計數(shù)伦乔。
5）完成計數(shù)后爱只，單擊“結(jié)果”按鈕。您將獲得每個單元格類型的總計以及“結(jié)果”窗口底部所有單擊的總計训柴。結(jié)果日志可以復(fù)制并粘貼和/或保存為.xls Excel電子表格越锈。圖像保存方法為：在ImageJ中使用文件??à新建??à系統(tǒng)剪貼板（Cntl + Shift + V）打開它并將其保存為.tif或.jpg文件。
3德撬、Image J軟件在免疫組化中的應(yīng)用
ImageJ是定量免疫組化分析的有效軟件。為了使用ImageJ評估免疫組化載玻片，將圖像捕獲到工作站計算機(jī)的硬盤驅(qū)動器上。此后菊霜，在NIH Image/ImageJ中打開捕獲的圖像司训，用于評估免疫組化載玻片上的陽性指數(shù)以及熒光圖像勾徽。
如果研究人員希望計算染色或發(fā)熒光的細(xì)胞圖譜咒钟，可以通過點(diǎn)擊鼠標(biāo)將不同顏色的標(biāo)記放在正核和負(fù)核上，直接從屏幕計算這些。然后ImageJ將自動生成免疫組化指數(shù)。
以下信息基于奧克蘭大學(xué)提供的指南贯卦。需要打開圖像辙芍，然后應(yīng)用以下步驟：
1）選擇“圖像調(diào)整閾值”。可以選擇自動設(shè)置或手動移動滑塊，直到選擇了所有染色區(qū)域。顯示直方圖以提供幫助。
2）選擇“深色背景”作為熒光干花。
3）單擊“設(shè)置”以設(shè)置圖像的閾值。
4）選擇“Analyze-Set Measurements”并選擇要測量的參數(shù)致盟。確保選擇所有灰度級測量杯道。還應(yīng)選擇“限制閾值”選項(xiàng)，否則將測量整個圖像，而不是選定的區(qū)域吗购。
5）選擇“分析-測量”。將出現(xiàn)結(jié)果表，然后可以保存。“Analyze-Analyze Particles”可用于測量各個特征配置文件。
選擇偏差問題
為了檢查特定器官，組織或細(xì)胞類型膜宋，應(yīng)選擇顯微切片以提供整個樣品的代表性樣品学辱。選擇特定樣本或部分未能提供平等的分析機(jī)會，并忽略了區(qū)域異質(zhì)性的影響。這導(dǎo)致了有偏見的結(jié)論。應(yīng)使用包括所有區(qū)域的采樣方案以避免選擇偏差挥下。
希望今天的分享對大家有所幫助现斋。
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