一、查看Anaconda是否已安裝
MultiQC是一個(gè)基于Python的模塊芦岂，而Anaconda指的是一個(gè)開(kāi)源的Python發(fā)行版本瘪弓，其包含了conda、Python等180多個(gè)科學(xué)包及其依賴項(xiàng)禽最。
安裝MultiQC前可先安裝Anaconda腺怯，以達(dá)到安裝MultiQC所需要的環(huán)境。
在已經(jīng)安裝Anaconda的情況下川无，安裝MultiQC非常簡(jiǎn)單呛占，直接在shell命令面板中輸入以下命令：
conda install -c bioconda multiqc
以上引自>http://www.reibang.com/p/85da4dcc6020
因此，先查看虛擬機(jī)是否已經(jīng)安裝了Anaconda懦趋，輸入命令:
ls
more Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
發(fā)現(xiàn)晾虑，Anaconda已安裝：
查看conda：
conda --version
說(shuō)明conda已安裝。
二仅叫、MultiQC的安裝
輸入命令:
conda install -c bioconda multiqc # install multiqc
(等待...)
錯(cuò)誤：安裝環(huán)境有問(wèn)題
03-02.JPG
目前沒(méi)有解決帜篇。。
三诫咱、MultiQC運(yùn)行
fastqc文件上傳至Seqs目錄下
運(yùn)行直接指定MultiQC要分析的文件路徑坠狡，若數(shù)據(jù)在當(dāng)前目錄下，直接輸入multiqc .
multiqc .
multiqc data/
multiqc data/ ../proj_one/analysis/ /tmp/results
multiqc data/*_fastqc.zip
multiqc data/sample_1*
