自學(xué)生物信息學(xué)~進(jìn)化樹的學(xué)習(xí)(第一天)

homologene榆骚;blast-p
本科是生物技術(shù)辜窑,研究生是病原生物學(xué),血吸蟲免疫方向寨躁,博士仍然是病原生物學(xué)穆碎,血吸蟲遺傳發(fā)育。雖然都有著血吸蟲的大背景职恳,但是相差太大了所禀。我是小白,我不怕放钦!

首先進(jìn)入到課題組之后色徘,師兄師姐師弟師妹都是大拿,我從沒有見過的的引物設(shè)計(jì)操禀、blast褂策、進(jìn)化樹、Linux颓屑、R斤寂、、揪惦、遍搞、、器腋、溪猿,需要開始學(xué)起來了。

第一磅:進(jìn)化樹的學(xué)習(xí)纫塌,我寫的比較細(xì)诊县,想把我學(xué)的,都能拿出來措左,以“shh”基因?yàn)槔?br>1依痊、打開NCBI的HomoloGene,輸入shh

3媳荒、點(diǎn)擊左上角的download

4抗悍、點(diǎn)擊下載

8驹饺、下載比對(duì)結(jié)果點(diǎn)擊download

9、打開MEGA7

10缴渊、創(chuàng)建一個(gè)文檔

11赏壹、打開下載的比對(duì)序列

12、點(diǎn)擊Alignment –Align by ClustalW 衔沼,選擇所有序列蝌借,出現(xiàn)下圖,參數(shù)根據(jù)需求修改指蚁,在這我們就直接選擇默認(rèn)菩佑,點(diǎn)擊ok。

13凝化、點(diǎn)擊Data –Phylogenetic Analysis,選擇MaximumLikehood(最大似然法)稍坯、Neighbor-Joining(鄰接法)

14、進(jìn)化樹就出來了

進(jìn)化樹結(jié)束了搓劫,但是后續(xù)需要多個(gè)進(jìn)化樹的讀取的學(xué)習(xí)瞧哟,希望大家可以后期交流一下。

進(jìn)化樹結(jié)束了枪向,但是后續(xù)需要多個(gè)進(jìn)化樹的讀取的學(xué)習(xí)勤揩,希望大家可以后期交流一下。

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