??GATK是生信行業(yè)內(nèi)核心工具之一疤苹，目前版本已經(jīng)更新到4.2以上。GATK4和GATK3相比踪栋，用法有較大變化焙格，因?yàn)樽錾a(chǎn)追求穩(wěn)定，比較忌諱頻繁的變動(dòng)夷都，相信還有不少人依舊在使用GATK3（這不是懶眷唉，絕對(duì)不是）。
??GATK3.8作為GATK3最后的穩(wěn)定版本囤官，基本可以滿(mǎn)足絕大部分需求冬阳。在使用GATK3.8.0的過(guò)程中，我發(fā)現(xiàn)有時(shí)候會(huì)有進(jìn)程卡住的情況党饮，明明這臺(tái)服務(wù)器運(yùn)行沒(méi)有問(wèn)題肝陪，換另外一臺(tái)服務(wù)器就是運(yùn)行不出結(jié)果，連中間文件和日志都沒(méi)有產(chǎn)生刑顺，起初我一度認(rèn)為是服務(wù)器自身原因见坑。
??經(jīng)過(guò)多方查詢(xún)發(fā)現(xiàn)這是GATK3.8.0的版本bug，其依賴(lài)的GKL(Genomics Kernel Library), 主要用于運(yùn)行前檢查CPU是否兼容AVX指令集, 在GATK3.8.0中捏检，使用的GKL版本是v0.5.5荞驴，該版本僅在部分CentOS系統(tǒng)下測(cè)試過(guò), 對(duì)于高內(nèi)核版本CentOS會(huì)hang(掛起或者卡住)，導(dǎo)致GATK無(wú)法執(zhí)行下一步任務(wù)贯城，而且沒(méi)有任何日志和報(bào)錯(cuò)信息熊楼，導(dǎo)致問(wèn)題排查困難。
??從官方的更新日志上來(lái)看能犯，這個(gè)問(wèn)題在發(fā)生后鲫骗，官方一直在更新GKL的版本。
??2017年11月踩晶，官方又發(fā)布了一個(gè)小版本: GATK3.8.1执泰，解決了這個(gè)問(wèn)題。鑒于官網(wǎng)已經(jīng)下載不到GATK3系列的版本渡蜻，我在此提供一個(gè)GATK3.8.1打包好的jar包下載鏈接术吝，希望給有需求的人能提供些幫助。
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