那什么McrBC ?
- McrBC是一種檢測基因組小部分區(qū)段的DNA甲基化情況的核酸內(nèi)切酶。只能降解甲基化的區(qū)域嘶卧，對未甲基化區(qū)域不起作用察藐。
- 酶切體系
DNA 0.5ug
McrBC (10U/ul) 4ul
10xBuffer2 5ul
100xBSA 0.5ul
100xGTP 0.5ul
發(fā)現(xiàn)其中有一個McrBC實驗的圖籍茧，當時還沒在意钞啸，到了這幾天自己要做的時候，才發(fā)現(xiàn)是如此的有用
西紅柿NC-McrBC酶切.png
圖片解析
- 首先在前文的WGCNA中的M6模塊中作者注意到了一個DNA去甲基化酶基因SlDML2(已經(jīng)被證明控制一些成熟相關基因(RIN等)的啟動子區(qū)域的DNA去甲基化)铸本，表明在水果成熟過程中肮雨，在M6模塊中，一些調(diào)節(jié)成熟的相關基因的啟動子區(qū)域的去甲基化可能調(diào)控組織時空特異表達模式箱玷。為了驗證這個假設怨规，于是作者拿RIN基因作為一個例子陌宿。由于已知RIN的啟動子區(qū)域是SIDML2靶向的DNA去甲基化區(qū)域。然后檢測了RIN基因的兩個啟動子區(qū)域(pRIN-1 and pRIN-2)的甲基化情況椅亚。
- pME 是一個已知的沒有甲基化的區(qū)域 (陽性對照)
- pCNR是一個高價基因區(qū)域 (陰性對照)
- GTP是McrBC酶切體系中起降解甲基化區(qū)域作用的成分限番，如果沒有此成分，酶將會結合到甲基化的DNA上呀舔，并不會引起降解
從b圖可以看出，作為陽性對照的pME由于是低甲基化區(qū)域扩灯，所以McrBC酶切幾乎不造成影響媚赖；而pCNR是高甲基化區(qū)域，所以可以看到珠插，加了GTP的惧磺，幾乎可以說是將該區(qū)域 ‘溶解’ 掉了。pRIN1捻撑、pRIN2分別在MG 和 Pk階段磨隘，lo 相對于 Pe DNA甲基化明顯的下降，仔細觀看pRIN2在RR階段顾患，lo 相對于Pe中 DNA甲基化也降低了番捂。
