Emsenbl的BioMart工具： http://asia.ensembl.org/biomart/martview/db73e9d48b0fb03717654a65c72012c4
文章目錄
0 數(shù)據(jù)輸入格式與輸出要求
1 選擇人類基因數(shù)據(jù)庫
（1）-> Emsenbl
（2）-> 點BioMart
（3）-> 點Dataset
（4）-> 選擇輸入的基因來自什么庫
2 輸入的ID列表
（1）-> 點Fliters(過濾器)
（2）-> 勾選Input ereferences ID list
（3）-> 選擇輸入的基因ID類別
（4） 文本框內(nèi)輸入Gene Name列表
3 輸出的屬性選項
（1）-> Attributes(屬性)
（2）-> GENE -> Ensembl 選擇輸出格式
（3）-> External References
4 結(jié)果的輸出及下載保存
（1）-> （網(wǎng)頁左上角）點Results
（2）-> 下載格式選 XLS
（3）-> GO
下面開始BioMart的技術(shù)總結(jié)
附 Excel分列小技巧
數(shù)據(jù)輸入格式與輸出要求
首先，看一下我們的例子芝雪，我們的數(shù)據(jù)是人類的miRNA的Gene name侮邀，目的是轉(zhuǎn)換得到 Gene ID庆寺、Transcript ID、miRBase ID雄人。
1 選擇人類基因數(shù)據(jù)庫
（1）-> Emsenbl
? Emsenbl 網(wǎng)址：http://asia.ensembl.org/index.html
（2）-> 點BioMart
（3）-> 點Dataset
（4）-> 選擇輸入的基因來自什么庫
人類基因選擇：選擇 Ensembl Genes 92和Human genes(GRCh38.p12)
2 輸入的ID列表
（1）-> 點Fliters(過濾器)
（2）-> 勾選Input ereferences ID list
（3）-> 選擇輸入的基因ID類別
? 我們的數(shù)據(jù)是miRNA的Gene Name傅联，如圖選Gene Name(s)
（4） 文本框內(nèi)輸入Gene Name列表
如果數(shù)據(jù)是Gene ID：ENSG12345678910這樣的撒妈，選Gene stable ID(s)。以此類推运褪。
? 根據(jù)自己數(shù)據(jù)的類型惊楼，選擇對應(yīng)的ID格式。（注意看選項后括號里給出的例子秸讹，要和自己的數(shù)據(jù)完全對應(yīng)上）
3 輸出的屬性選項
（1）-> Attributes(屬性)
（2）-> GENE -> Ensembl 選擇輸出格式
? 注意檀咙，所有要顯示在結(jié)果里的輸出格式都要選（包括我們輸入的是Gene name格式，那么“Gene name”選擇一樣要選璃诀。否則弧可，結(jié)果里不會顯示輸入的數(shù)據(jù)，只有一堆轉(zhuǎn)換后的ID劣欢，無法輸入輸出一一對應(yīng)）棕诵。
? 所以裁良，我們選擇了Gene stable ID（輸出）、Transcript stable ID（輸出）校套、Gene name(輸入）价脾。
如果需要其他格式，比如ENTRREZID笛匙，選擇External鏈接侨把。
（3）-> External References
? 同樣還在Attributes下GENE里的子選項，下拉妹孙。在External References 中座硕，其它的輸出格式按需求選擇。我們選擇了miRBase ID（輸出）涕蜂。此處最多能選擇3項华匾。
4 結(jié)果的輸出及下載保存
（1）-> （網(wǎng)頁左上角）點Results
? 得到結(jié)果，包括了我們的輸入列Gene name机隙，輸出列 Gene stable ID蜘拉、Transcript stable ID和miRBase ID。
（2）-> 下載格式選 XLS
（3）-> GO
? 然后就可以下載到這個表格的xls版本啦有鹿。
下面開始BioMart的技術(shù)總結(jié)
流程就是以上這么個流程旭旭，步驟做一遍就清晰了。
關(guān)鍵是輸入格式要選對葱跋，注意BioMart所給的ID例子持寄，一定要完全對應(yīng)，否則無法識別娱俺。
輸出選項里稍味，注意要把輸入格式也選上，否則輸入選項并不會顯示在結(jié)果里荠卷。
例子里一共選了4個屬性選項模庐，所以得到4個輸出列。合理運用BioMart油宜，按需選擇輸入格式和輸出格式掂碱，就能對多種RNA做多種ID轉(zhuǎn)換了。
附 Excel分列小技巧
之前同學(xué)的同學(xué)問我怎么把帶版本號的mRNA的Gene ID轉(zhuǎn)換成mRNA的Gene name慎冤。
一開始他是在NCBI一個一個查疼燥，我覺得吧，可以是可以蚁堤，沒必要是真的沒必要醉者，這時BioMart就很好用啦。
他的原數(shù)據(jù)是這樣的（第一列）：
由于他的原始數(shù)據(jù)中mRNA Gene ID 是帶小數(shù)的，而這個小數(shù)并不影響轉(zhuǎn)換得到對應(yīng)Gene name湃交，直接把放入BioMart作為Gene stable ID又無法被識別熟空。可以選擇用excel的分列功能搞莺，批量將小數(shù)刪去息罗。（當然還有很多種刪掉小數(shù)的方法，這里只是示范一種簡單的方法才沧，來讓我們的數(shù)據(jù)和BioMart的要求對應(yīng)上迈喉。）
操作如下：
用Excel打開數(shù)據(jù) -> 全選我們的數(shù)據(jù) -> 工具欄[數(shù)據(jù)] -> [分列] -> 選[分隔符號] -> [下一步]
-> 選[其它] -> 輸入“.” -> [下一步] -> [完成]
結(jié)果如下圖。
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