生信筆記16-轉(zhuǎn)錄組下游分析之：GSEA

library(ReactomePA)
library(tidyverse)
library(data.table)
library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)
library(biomaRt)
library(enrichplot)


# 基因名轉(zhuǎn)換
gene_map <- select(org.Hs.eg.db, keys=rownames(Myo_DE), keytype="SYMBOL", columns=c("ENTREZID"))
Myo_DE$ENTREZID <- gene_map$ENTREZID
Myo_DE_select <- Myo_DE %>%
  arrange(desc(avg_log2FC)) %>%
  filter(avg_log2FC > 0.5)
geneList <- Myo_DE_select$avg_log2FC
names(geneList) <- Myo_DE_select$ENTREZID

#GSEA分析——GO
Go_gseresult <- gseGO(geneList, 'org.Hs.eg.db', keyType = "ENTREZID", ont="all", nPerm = 1000, 
                      minGSSize = 10, maxGSSize = 1000, pvalueCutoff=1)
#GSEA分析——KEGG
KEGG_gseresult <- gseKEGG(geneList, nPerm = 1000, minGSSize = 10, maxGSSize = 1000, pvalueCutoff=1)
#GSEA分析——Reactome
Go_Reactomeresult <- gsePathway(geneList, nPerm = 1000, minGSSize = 10, maxGSSize = 1000, pvalueCutoff=1)

#波浪圖
ridgeplot(Go_gseresult,10)
ridgeplot(KEGG_gseresult,10)
ridgeplot(Go_Reactomeresult,20)

gseaplot(Go_Reactomeresult,1,pvalue_table = TRUE)
gseaplot2(Go_Reactomeresult,1,pvalue_table = TRUE)
gseaplot2(Go_Reactomeresult, 1:4, pvalue_table = TRUE)

參考

https://zhuanlan.zhihu.com/p/373388304

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 人面猴
    序言：七十年代末雁佳，一起剝皮案震驚了整個濱河市园匹，隨后出現(xiàn)的幾起案子当宴，更是在濱河造成了極大的恐慌顽耳，老刑警劉巖髓堪，帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,126評論 6贊 481
  • 死咒
    序言：濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件兄墅，死亡現(xiàn)場離奇詭異，居然都是意外死亡绷雏，警方通過查閱死者的電腦和手機爽雄，發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,254評論 2贊 382
  • 救了他兩次的神仙讓他今天三更去死
    文/潘曉璐 我一進(jìn)店門蝠检，熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來，“玉大人挚瘟，你說我怎么就攤上這事叹谁。” “怎么了乘盖？”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,445評論 0贊 341
  • 道士緝兇錄：失蹤的賣姜人
    文/不壞的土叔 我叫張陵焰檩，是天一觀的道長。 經(jīng)常有香客問我订框，道長析苫，這世上最難降的妖魔是什么？ 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,185評論 1贊 278
  • ?港島之戀（遺憾婚禮）
    正文 為了忘掉前任穿扳，我火速辦了婚禮衩侥，結(jié)果婚禮上，老公的妹妹穿的比我還像新娘矛物。我一直安慰自己茫死，他們只是感情好，可當(dāng)我...
    茶點故事閱讀 64,178評論 5贊 371
  • 惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來的
    文/花漫 我一把揭開白布履羞。 她就那樣靜靜地躺著峦萎，像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪吧雹。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上骨杂，一...
    開封第一講書人閱讀 48,970評論 1贊 284
  • 城市分裂傳說
    那天，我揣著相機與錄音雄卷，去河邊找鬼。 笑死蛤售，一個胖子當(dāng)著我的面吹牛丁鹉，可吹牛的內(nèi)容都是我干的妒潭。 我是一名探鬼主播，決...
    沈念sama閱讀 38,276評論 3贊 399
  • 雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
    文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼揣钦，長吁一口氣：“原來是場噩夢啊……” “哼雳灾！你這毒婦竟也來了？” 一聲冷哼從身側(cè)響起冯凹，我...
    開封第一講書人閱讀 36,927評論 0贊 259
  • 萬榮殺人案實錄
    序言：老撾萬榮一對情侶失蹤谎亩，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎，沒想到半個月后宇姚，有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體匈庭，經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,400評論 1贊 300
  • ?護(hù)林員之死
    正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡，尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 35,883評論 2贊 323
  • ?白月光啟示錄
    正文 我和宋清朗相戀三年浑劳，在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了阱持。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片。...
    茶點故事閱讀 37,997評論 1贊 333
  • 活死人
    序言：一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡魔熏，死狀恐怖衷咽，靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出，到底是詐尸還是另有隱情蒜绽，我是刑警寧澤镶骗，帶...
    沈念sama閱讀 33,646評論 4贊 322
  • ?日本核電站爆炸內(nèi)幕
    正文 年R本政府宣布，位于F島的核電站躲雅，受9級特大地震影響卖词，放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏。R本人自食惡果不足惜吏夯，卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,213評論 3贊 307
  • 男人毒藥：我在死后第九天來索命
    文/蒙蒙 一此蜈、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望。 院中可真熱鬧噪生，春花似錦裆赵、人聲如沸。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,204評論 0贊 19
  • 一樁弒父案战授，背后竟有這般陰謀
    文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽。三九已至桨嫁，卻和暖如春植兰，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間，已是汗流浹背璃吧。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,423評論 1贊 260
  • 情欲美人皮
    我被黑心中介騙來泰國打工楣导， 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留，地道東北人畜挨。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,423評論 2贊 352
  • 代替公主和親
    正文 我出身青樓筒繁，卻偏偏與公主長得像噩凹，于是被迫代替她去往敵國和親。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子毡咏，可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點故事閱讀 42,722評論 2贊 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容