人骨髓和臍血單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組揭示紅細(xì)胞連續(xù)分化的調(diào)控因子

原創(chuàng) Resister [單細(xì)胞天地]2020-09-21 22:00

文章信息

今天介紹的文獻(xiàn)于2020年5月26號(hào)發(fā)表在PNAS雪隧。文章題目是：Putative regulators for the continuum of erythroid differentiation revealed by single-cell transcriptome of human BM and UCB cells.

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摘要

了解成年人類造血干細(xì)胞（HSC）參與紅細(xì)胞生成的的精細(xì)分化軌跡對(duì)于理解人類紅細(xì)胞生成的動(dòng)態(tài)發(fā)育變化至關(guān)重要。使用原代人類終末紅系細(xì)胞對(duì)直接從成人骨髓（BM）和臍帶血（UCB）中分離出來(lái)的細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）（CD34 - CD235a +）库北，本研究以前所未有的分辨率記錄了最終分化的人類成紅細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組萍倡。這些見(jiàn)解使我們能夠區(qū)分處于發(fā)育早期和晚期的多色成紅細(xì)胞（PolyEs）道偷，以及正色成色細(xì)胞（OrthoEs）的不同發(fā)育階段。本研究通過(guò)監(jiān)測(cè)細(xì)胞分化和凋亡，進(jìn)一步鑒定出一套終端紅系分化調(diào)節(jié)劑帜篇，并在功能上驗(yàn)證了已鑒定的三個(gè)基因AKAP8L彻舰，TERF2IP和RNF10伐割。本研究記錄了AKAP8L的敲低抑制了造血干細(xì)胞對(duì)紅系譜系和細(xì)胞增殖的命運(yùn)候味，并抑制了紅系集落（CFU-E）到成紅細(xì)胞期（ProE）的分化。相比之下隔心，敲低TERF2IP和RNF10延遲PolyE分化為OrthoE階段白群。總而言之硬霍，在單細(xì)胞分辨率下轉(zhuǎn)錄連續(xù)體的收斂和發(fā)散突顯了人類胎兒和成人終末紅系分化基礎(chǔ)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)帜慢。

樣本數(shù)據(jù)

從六個(gè)年輕的健康男性供體中收集了10毫升的BM樣品，從六個(gè)健康的新生兒臍帶中收集了20毫升的UCB樣品唯卖×涣幔基于10x Genomics Chromium協(xié)議構(gòu)建單細(xì)胞測(cè)序文庫(kù)，并在Illumina X 10平臺(tái)上生成轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拜轨。經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量控制（QC）抽减，最后獲得了來(lái)自三個(gè)BM樣品的8,668個(gè)細(xì)胞和來(lái)自三個(gè)UCB樣品的17,692個(gè)細(xì)胞的數(shù)據(jù)。在這項(xiàng)研究中生成的scRNA-seq原始數(shù)據(jù)集存放在Gene Expression Omnibus（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE150774）中撩轰。

數(shù)據(jù)分析

測(cè)序后胯甩，使用Cell Ranger通過(guò)基因條形碼矩陣獲得了基因表達(dá)的UMI計(jì)數(shù)。為了訪問(wèn)無(wú)偏倚的基因表達(dá)堪嫂，即使轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)不受稱為零丟失事件（過(guò)量零或接近零計(jì)數(shù)）的影響偎箫，應(yīng)用了由Li描述的R軟件包scImpute（(https://github.com/Vivianstats/scImpute)）恢復(fù)可進(jìn)行下游分析的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。研究假設(shè)根據(jù)先驗(yàn)知識(shí)有五個(gè)亞群皆串，并設(shè)置k= 5估算淹办。假設(shè)后，使用scanner包的cyclone函數(shù)進(jìn)行細(xì)胞周期階段的判斷恶复×基因表達(dá)值≥0并且≥10個(gè)細(xì)胞中表達(dá)的基因被保留，表達(dá)200個(gè)基因的細(xì)胞被保留谤牡。此外副硅，線粒體基因表達(dá)的百分比低于0.05，且2個(gè)SDs內(nèi)的細(xì)胞文庫(kù)大小均在平均值附近翅萤。下一步恐疲，對(duì)過(guò)濾后的數(shù)據(jù)執(zhí)行全局縮放歸一化方法“ LogNormalize”。在基因動(dòng)力學(xué)分析中套么，將標(biāo)準(zhǔn)化的細(xì)胞表達(dá)數(shù)據(jù)輸入到CellRouter中培己，以構(gòu)建復(fù)雜的單細(xì)胞軌跡，并鑒定參與紅系末端分化的調(diào)節(jié)子和基因胚泌∈∽桑可從Github（https://github.com/SMU-medicalgenetics/Single_cell）獲得代碼。

分析結(jié)果以及實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證

人類終末紅細(xì)胞生成的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組

平均而言玷室，本研究在每個(gè)BM細(xì)胞中檢測(cè)到377個(gè)表達(dá)基因和5,870個(gè)mRNA分子零蓉。相比之下笤受，在每個(gè)UCB紅細(xì)胞中都記錄了602個(gè)表達(dá)基因和8,133個(gè)mRNA分子，研究者們根據(jù)先前描述的標(biāo)準(zhǔn)（ De novo prediction of stem cell identity using single-cell transcriptome data. Cell Stem Cell 19, 266–277 (2016).）對(duì)每種細(xì)胞類型進(jìn)行了注釋壁公，并排除了非類紅細(xì)胞單核細(xì)胞感论。使用R包scImpute對(duì)缺失數(shù)據(jù)進(jìn)行了插補(bǔ)，然后進(jìn)行了Pearson相關(guān)分析紊册。這三個(gè)BM樣品的表達(dá)模式高度一致（Pearson系數(shù)R > 0.97，P <0.01）快耿，但具有高異質(zhì)性的UCB樣品卻有顯著差異（Pearson系數(shù)R <0.76囊陡，P <0.01; 圖S3 AB）。無(wú)監(jiān)督聚類表明掀亥，三個(gè)樣本中的人BM細(xì)胞均勻分布在大多數(shù)細(xì)胞集群中撞反，除了BM1樣本特有的一個(gè)集群(圖 S3 C),UCB1細(xì)胞簇、UCB2和UCB3細(xì)胞群體搪花，是高度一致不同的簇遏片，表示人類胎兒紅細(xì)胞生成（的樣本間異質(zhì)性特征 圖 S3D）。在進(jìn)行生物信息學(xué)分析之前撮竿，研究者將三個(gè)BM派生的數(shù)據(jù)集或三個(gè)UBC派生的數(shù)據(jù)集合并在一起吮便。

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BM樣品中的異質(zhì)性和終末紅系細(xì)胞分群

通過(guò)CellRanger軟件包，研究者鑒定出284個(gè)簽名基因[簇之間的log 2（UMI計(jì)數(shù)變化的倍數(shù)）幢踏，稱為log 2 FC髓需，> 1.0；FDR <0.05]房蝉，可將8668個(gè)細(xì)胞分類為7個(gè)群僚匆，包括6個(gè)群（群1–6）和一個(gè)單獨(dú)的群7；(圖1A）,群7的細(xì)胞大部分來(lái)自BM1樣品搭幻∵掷蓿基于簇之間的差異表達(dá)基因（DEG）和圖1 B中所示熱圖分析，群集3檀蹋、4和5與其他群集不同松申，而群集1、2和6共享相似的DEG（圖 1 B）.因此续扔，群1攻臀、2和6被識(shí)別為同一組細(xì)胞。為了確定細(xì)胞分化進(jìn)程的順序纱昧，研究者用Monocle（19)(https://www.pnas.org/content/117/23/12868#ref-19）重構(gòu)了細(xì)胞分化軌跡刨啸，結(jié)果表明簇中細(xì)胞分化的順序?yàn)椋?→4→5→（1,2,3 6）→7（圖1 C）。即群3在分化的最早階段屬于一組細(xì)胞识脆，而群7在分化的很晚期屬于細(xì)胞设联。此外善已，GYPA的 mRNA表達(dá)，是成紅細(xì)胞的獨(dú)特標(biāo)志物离例，沿著細(xì)胞的成熟途徑被下調(diào)换团。比較這些簇中GYPA mRNA 的表達(dá)水平時(shí)，簇7的值最低（圖1 D）宫蛆，這表明簇7最有可能代表分化的最后階段（OrthoE或晚網(wǎng)狀細(xì)胞）艘包。

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研究者，基于之前的研究鑒定的人終端紅細(xì)胞分化各細(xì)胞的分化階段（基于以前報(bào)道的基因耀盗，找到對(duì)應(yīng)的ProE的想虎，BasoE，PolyE和OrthoE分化階段的細(xì)胞）叛拷。研究者們注意到舌厨，67.1％的細(xì)胞屬于OrthoE，24.9％的細(xì)胞屬于PolyE忿薇，而ProE和BasoE細(xì)胞也很少被識(shí)別到（圖 1 E）裙椭。細(xì)胞在不同分化階段的分布與先前報(bào)道的結(jié)果一致，并且符合人類在骨髓中的類紅細(xì)胞發(fā)育計(jì)劃署浩。當(dāng)將不同簇中細(xì)胞的基因表達(dá)模式映射到先前報(bào)道的不同發(fā)育階段的成紅細(xì)胞表達(dá)譜時(shí)（圖 1 A和E）揉燃，ProE和BasoE細(xì)胞都屬于簇3，而不是分成兩個(gè)不同的簇瑰抵。這可能是由于屬于這兩個(gè)階段的細(xì)胞數(shù)量不足和/或在這兩個(gè)發(fā)育階段的基因表達(dá)模式高度相似所致你雌。因此，研究者選擇不專注于這兩個(gè)早期細(xì)胞階段二汛，以免過(guò)度解釋關(guān)于這些特定發(fā)育階段的發(fā)現(xiàn)婿崭。PolyE細(xì)胞分為群4和5以及群3（其中的一部分），我們將這3個(gè)群分別指定為transit-PolyE（群3的一部分）肴颊，early-PolyE（群4）和late-PolyE（群5）氓栈。研究者們還注意到，核內(nèi)MALAT1基因在OrthoE晚期的表達(dá)水平低于其他階段（圖1D）婿着。因此授瘦，研究者推測(cè)OrthoE晚期將是一個(gè)過(guò)渡狀態(tài)，具有高度致密的核竟宋，并準(zhǔn)備去核提完。綜上所述，這些發(fā)現(xiàn)表明丘侠，常規(guī)定義的分化階段徒欣，PolyE和OrthoE，可以基于基因表達(dá)模式沿其成熟狀態(tài)進(jìn)一步細(xì)分蜗字。

研究基于四組（ProE / BasoE / transit-PolyE打肝，early/late-PolyE脂新，early-OrthoE和late-OrthoE）中差異表達(dá)的基因進(jìn)行了基因本體論（GO）分析，并確定了相關(guān)的GO富集術(shù)語(yǔ)以深入了解生物過(guò)程（圖1 BF）粗梭。在群3中鑒定出一組207個(gè)簽名基因争便，分別代表ProE，BasoE和transit-PolyE細(xì)胞断医，并且該簇的GO術(shù)語(yǔ)顯著富集（FDR <0.01）在表達(dá)與核糖體發(fā)生滞乙，蛋白質(zhì)靶向和RNA分解代謝過(guò)程。early/late 的PolyE細(xì)胞共享相似的差異表達(dá)基因鉴嗤，其中只有13個(gè)差異表達(dá)基因（| logFC |> 0.5酷宵，F(xiàn)DR <0.01）被識(shí)別出來(lái)（圖 1B），GO 術(shù)語(yǔ)富集在細(xì)胞分裂躬窜，細(xì)胞器裂變和細(xì)胞周期。

研究者們注意到炕置，在所分析的8,668例BM成紅細(xì)胞中荣挨，S期為1,103個(gè)細(xì)胞，G2 / M期為1,712個(gè)細(xì)胞朴摊，G0 / G1期為5,853個(gè)細(xì)胞默垄。進(jìn)一步的分析表明，ProE / BasoE細(xì)胞主要處于S期甚纲，early/late-PolyE細(xì)胞主要處于G2 / M期,early/late-OrthoE細(xì)胞主要處于G0 / G1期（圖1 G）口锭。由于early/late-OrthoE細(xì)胞的核濃縮，我們推測(cè)這些細(xì)胞處于G0期而不是G1期介杆。

UCB樣品的異質(zhì)性和終末紅系細(xì)胞分群

使用與之前相同的分層策略鹃操，在UCB的紅系細(xì)胞中還鑒定出七個(gè)細(xì)胞群及其分化階段和細(xì)胞周期階段。當(dāng)與BM成紅細(xì)胞相比時(shí)春哨，它們之間最顯著的差異是細(xì)胞的分化階段荆隘。UCB樣品中的大多數(shù)是OrthoE細(xì)胞（87％），而B(niǎo)M樣品中OrthoE的比例為67％赴背。通過(guò)流式細(xì)胞儀分析驗(yàn)證了這一顯著的發(fā)育階段差異（圖 S5 C）椰拒。注意到的另一個(gè)差異是γ-和β-血紅蛋白基因的表達(dá)水平。雖然HBB和HBG1 / G2在UCB成紅細(xì)胞中均高表達(dá)凰荚，但只有HBB在BM成紅細(xì)胞中表達(dá)（圖S4 B）燃观。有趣的是，對(duì)三個(gè)UCB樣品的scRNA-seq分析顯示便瑟，在OrthoE階段缆毁，細(xì)胞周期具有復(fù)雜的異質(zhì)性，其中大部分處于G0 / G1階段胳徽，而S期則占一小部分积锅。

人類終末紅系細(xì)胞分化過(guò)程中的表達(dá)基因動(dòng)力學(xué)

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研究者通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組解析人類末端紅系分化不同階段的基因表達(dá)動(dòng)力學(xué)爽彤，把基因表達(dá)模型分為了三組（圖2 A）.第一組包括一組1,145個(gè)基因，它們的表達(dá)在紅系分化的非常早期就很高缚陷，但隨著紅系分化的進(jìn)行而迅速下調(diào)适篙。該組包括編碼轉(zhuǎn)錄因子KLF1和BCL11A的基因，這在類紅細(xì)胞分化的早期至關(guān)重要箫爷。第二個(gè)小組包括一組647個(gè)基因嚷节，它們的表達(dá)始于分化的早期階段，并隨著分化的進(jìn)行而持續(xù)虎锚，隨后在很晚的階段被下調(diào)硫痰。第三組是一組674個(gè)基因，它們?cè)诩t系終末分化階段的早期以低水平表達(dá)窜护，而在分化后期則表達(dá)逐漸增加效斑。有趣的是，研究者在第三組中注意到了不同的基因表達(dá)模式：在PolyE階段特異富集的基因第一子集柱徙，在OrthoE早期階段高表達(dá)的第二子集和標(biāo)志OrthoE晚期的第三子集缓屠。為了驗(yàn)證從的scRNA-seq分析中的差異基因表達(dá)模式，進(jìn)行了成年BM CD34 +細(xì)胞的體外培養(yǎng)护侮，以在分化的各個(gè)階段生成成紅細(xì)胞敌完，并使用定量PCR（qPCR）監(jiān)測(cè)TERF2IP，SOX6羊初，IFIT1B滨溉，CFL1和ARL4A基因的表達(dá)模式，其驗(yàn)證涵蓋了這三種的表達(dá)模式（圖2 A）Wright's-Giemsa染色后的形態(tài)學(xué)檢查顯示长赞，ProE在第7天占主導(dǎo)地位晦攒，BasoE在第9天和第11天占據(jù)優(yōu)勢(shì)，PolyE在第13天和第15天占據(jù)優(yōu)勢(shì)涧卵，而OrthoE在第17天占據(jù)優(yōu)勢(shì)（圖 2 B）勤家。有趣的是，研究觀察到NFE2L1柳恐，NDEL1伐脖，EPB41，USO1乐设，MARK2讼庇，LGALS9，NEK1和AXIN1的表達(dá)下降（圖 S6 B）近尚；然而蠕啄，最近的一項(xiàng)研究使用CD34培養(yǎng)的細(xì)胞直至OrthoE階段，細(xì)胞表現(xiàn)出增加的表達(dá)。因此歼跟，原代分離細(xì)胞的基因表達(dá)譜似乎可能與體外分化實(shí)驗(yàn)不同和媳。

人類終末紅系細(xì)胞分化的調(diào)節(jié)

研究者應(yīng)用CellRouter來(lái)重建單細(xì)胞軌跡，其中可以通過(guò)降維來(lái)構(gòu)建k近鄰（kNN）細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)哈街。CellRouter的關(guān)鍵算法利用一種計(jì)分方案（稱為基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)評(píng)分（GRN））留瞳，通過(guò)其對(duì)預(yù)測(cè)靶基因的激活狀態(tài)來(lái)識(shí)別轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子。通過(guò)計(jì)算GRN（從ProE到OrthoE晚期）骚秦，研究者可以記錄出在晚期紅系分化過(guò)程中的連續(xù)調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)她倘，包括正調(diào)節(jié)和負(fù)調(diào)節(jié)靶基因的表達(dá)；圖3作箍∮擦海基于的GRNs，研究者確定了一組排名第一的基因包括已知紅細(xì)胞的調(diào)控因子胞得，NFE2荧止，HMGB2，YBX1阶剑，SOX6罩息，FOXO3，和SNCA以及其他的候選調(diào)節(jié)基因目前个扰，關(guān)于它們?cè)诮K末紅系分化中的作用的信息很少（表S2）。要注意的是GATA1和KLF1 在研究者的預(yù)測(cè)性調(diào)節(jié)劑列表中葱色，但具有較低的預(yù)測(cè)能力递宅，這可能是由于它們?cè)诩t系分化后期的mRNA表達(dá)下降。

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在終末紅細(xì)胞分化苍狰，研究者指出办龄，對(duì)于GRN分?jǐn)?shù)SNCA，FOXO3淋昭，NFE2俐填，NFIX，RNF10翔忽，TERF2IP和AKAP8L大幅上升英融，同時(shí)的GRN分?jǐn)?shù)SOX6和YBX3持續(xù)下降。終末紅系分化過(guò)程中GRN分?jǐn)?shù)增加的基因可能比GRN分?jǐn)?shù)降低的基因與調(diào)節(jié)紅細(xì)胞分化更相關(guān)歇式。此外驶悟，研究者注意到，不同的正調(diào)控子在終末紅系分化的不同階段增加了它們的表達(dá)水平材失，這意味著它們將在分化過(guò)程中的特定階段起作用痕鳍。為了驗(yàn)證這一假設(shè)，研究者選擇了TERF2IP，AKAP8L和RNF10進(jìn)行使用CD34 +細(xì)胞的敲低實(shí)驗(yàn)笼呆，因?yàn)橐郧吧形磋b定它們?cè)诩t系分化過(guò)程中的功能熊响。選擇這些調(diào)節(jié)因子的依據(jù)是它們的高GRN評(píng)分和它們?cè)诓煌只A段的上調(diào)表達(dá)模式

為了探索AKAP8L，TERF2IP和RNF10在不同發(fā)育階段調(diào)節(jié)紅系分化中的作用诗赌，研究者使用shRNA介導(dǎo)的敲低方法汗茄，并通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)監(jiān)測(cè)體外細(xì)胞分化。在分化的所有階段對(duì)敲低效率進(jìn)行了定量境肾。在培養(yǎng)的第7天剔难，AKAP8L -shRNA，TERF2I P-shRNA和RNF10 -shRNA 的敲低效率分別為58％奥喻，79％和72％（圖 4A和SI附錄偶宫，圖S7）(https://www.pnas.org/lookup/suppl/doi:10.1073/pnas.1915085117/-/DCSupplemental)）。紅細(xì)胞生成可以在功能上分為兩個(gè)階段：早期紅細(xì)胞生成环鲤，這包括從HSC到CFU-E的轉(zhuǎn)變纯趋，以及ProE到OrthoE的終末紅系分化。使用基于流式細(xì)胞術(shù)的策略冷离，根據(jù)CD34和CD36的表面表達(dá)水平比較了對(duì)照組和基因敲低組之間的BFU-E和CFU-E群體吵冒。在第7天，對(duì)照組的BFU-E群體為19％西剥，而在AKAP8L -shRNA組中痹栖，其BFU-E群體顯著更高，為37％（P <0.01）瞭空。相反揪阿，對(duì)照組中的CFU-E群體為46％，高于AKAP8L -shRNA的13％（P <0.01）咆畏。因此南捂，AKAP8L敲低導(dǎo)致紅系祖細(xì)胞延遲成熟。敲低TERF2IP和RNF10后旧找，在BFU-E或CFU-E中均未見(jiàn)到此類影響溺健。在TERF2IP -shRNA和RNF10 -shRNA中，BFU-E群體分別為27％和28％（對(duì)照組為19％）钮蛛，而CFU-E細(xì)胞分別為40％和41％（對(duì)照組為46％）（圖4 B）鞭缭。這些發(fā)現(xiàn)表明，敲除AKAP8L會(huì)延遲HSC先紅系譜系發(fā)育魏颓，而敲除TERF2IP和RNF10不會(huì)影響該過(guò)程缚去。

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接下來(lái)，研究者驗(yàn)證了AKAP8L琼开，TERF2IP和RNF10敲低對(duì)最終紅系分化的影響易结。已有文獻(xiàn)證明，CFU-E向ProE的轉(zhuǎn)變以GYPA（CD235a）的表達(dá)為特征。流式細(xì)胞儀顯示搞动，在培養(yǎng)的第7天躏精，AKAP8L敲低細(xì)胞中只有22％的是CD235a陽(yáng)性，而對(duì)照組的43％的細(xì)胞是CD235a陽(yáng)性鹦肿，這表明AKAP8L的敲低將延遲CFU-E向ProE的分化矗烛。敲低RNF10或TERF2IP后未觀察到此類延遲。（圖 4 C）.此外箩溃，監(jiān)測(cè)細(xì)胞表面α4整合素和帶3的表達(dá)水平瞭吃，以評(píng)估終末紅細(xì)胞分化表明AKAP8L敲低延遲紅系細(xì)胞分化的第13天的進(jìn)展，TERF2IP在第15天擊倒涣旨，和RNF10第17天敲低（ 圖4 D） 歪架。用Wright's-Giemsa在不同時(shí)間點(diǎn)培養(yǎng)的細(xì)胞染色表明，BasoE是第11天的優(yōu)勢(shì)種群霹陡，第13天是早期PolyE和蚪，第15天是晚期PolyE，第17天是OrthoE（圖 2 B）烹棉。因此攒霹，敲除AKAP8L可以抑制細(xì)胞增殖，并延緩CFU-E分化為末期成紅細(xì)胞階段浆洗，而敲除TERF2IP延遲了PolyE早期到晚期PolyE的分化催束，而敲低的RNF10延遲了PolyE晚期到OrthoE早期的分化。

研究者還檢查了AKAP8L伏社，TERF2IP和RNF10敲低對(duì)細(xì)胞生長(zhǎng)的影響泣崩。生長(zhǎng)曲線顯示，對(duì)照組和基因敲除組之間的細(xì)胞數(shù)只有很小的差異洛口，直到第7天，AKAP8L基因敲除的細(xì)胞數(shù)顯示從9天開(kāi)始減少凯沪，一直持續(xù)到培養(yǎng)期結(jié)束第焰。研究者還注意到，在第9天妨马，TERF2IP和RNF10*敲低組的細(xì)胞數(shù)量略有減少挺举，然后在第11天出現(xiàn)了激增（[圖4 E]）。在培養(yǎng)結(jié)束時(shí)烘跺，類紅細(xì)胞最終輸出的減少很可能是由于凋亡引起的湘纵。

總結(jié)

使用scRNA測(cè)序，確定了在紅細(xì)胞分化末端過(guò)程中的動(dòng)態(tài)基因表達(dá)譜滤淳。最近的研究揭示了源自人類胎兒臍帶血和成年骨髓的人類干細(xì)胞的造血分化過(guò)程中各個(gè)發(fā)育階段的表達(dá)特征梧喷。然而，紅細(xì)胞生成的轉(zhuǎn)錄動(dòng)力學(xué)仍然難以捉摸。在這里铺敌，研究者通過(guò)對(duì)從人臍帶血和骨髓細(xì)胞中分離出的成紅細(xì)胞的scRNA-seq分析了從ProE到OrthoE的基因表達(dá)動(dòng)力學(xué)汇歹。研究者將人類紅細(xì)胞生成分為PolyE和OrthoE分別分為early/late-PolyE和early/late-OrthoE。研究者還預(yù)測(cè)了紅系分化末期過(guò)程中的調(diào)控因子偿凭，并進(jìn)行了體外分化實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證調(diào)控因子作用产弹。