參考使用wgd進(jìn)行全基因組復(fù)制分析 - 知乎 (zhihu.com)
大神寫過的我不贅述了。記錄下23年5月我在安裝時遇到的報錯
1.一連串安裝conda軟件的命令我拆分了笨奠。
conda create -n wgd
conda activate wgd
conda install -c bioconda prank
conda install -c conda-forge mpich
conda install -c conda-forge libpng
conda install -c conda-forge cmake
conda install -c bioconda fasttree
conda install -c bioconda paml
conda install -c bioconda mcl
conda install -c bioconda blast
conda install -c bioconda blast
conda install -c conda-forge python
pip install cython
pip install pandas
pip install numpy
pip install scikit-learn
2.我并不是安裝完激活環(huán)境就能使用wgd命令的袭蝗。
所以去下載的wgd文件夾里看唤殴，里面有個setup.py
然后運行一陣說缺模塊，所以就安裝了上面那四個到腥。
安裝了一會兒報錯眨八，說一個模塊sklearn改名字了，它現(xiàn)在找不到左电。
打開setup.py，然后找到sklearn页响，改成scikit-learn篓足。只需要改一處。
然后說joblib版本太低闰蚕。它原本安裝腳本里要安的是0.11版本栈拖，因為注釋說0.12版本會有問題，但是現(xiàn)在要求要至少1.1.1以上没陡。我直接把數(shù)字刪了涩哟，然后出來把原來安的也刪掉：pip uninstall joblib。
然后再安裝就沒啥報錯了盼玄。which wgd就能找到wgd命令贴彼。
wgd mcl命令可以運行
wgd ksd命令報錯 說numpy模塊有問題。我明天再看吧太累
OK 我來了埃儿。
他說找不到“ from numpy import double, empty, array, ndarray, var, cov, dot, bool,
ImportError: cannot import name 'bool' from 'numpy' (/jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/01.Software/Miniconda/envs/wgd/lib/python3.10/site-packages/numpy/init.py)”
然后我問chatgpt器仗，他說numpy1.14版本就刪掉這個bool了，所以我重新安了1.13版本的numpy童番。（真假存疑精钮，眾所周知chatgpt會瞎掰）然后回頭運行wgd ksd說軟件有問題。OK可以理解剃斧，那我重新安裝wgd就得了唄轨香。好家伙給你們看看這結(jié)果。氣不氣人：
Processing pyparsing-3.1.0b2-py3-none-any.whl
Installing pyparsing-3.1.0b2-py3-none-any.whl to /jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/0
Adding pyparsing 3.1.0b2 to easy-install.pth file
Installed /jdfsbjcas1/ST_BJ/P21H28400N0232/chengxin2/01.Software/Miniconda/envs/wgd/lib/pytho
error: numpy 1.19.5 is installed but numpy>=1.20 is required by {'matplotlib'}
他說幼东。wgd安裝的numpy版本要>=1.20臂容。我￥%￥&%&%&*!@&^.
這怎么玩
結(jié)論：教程是好教程，軟件他不行筋粗。下課策橘。
wgd軟件網(wǎng)站Issues · arzwa/wgd · GitHub
這個issue里面就有我經(jīng)歷的這種報錯。兩年沒人管了 娜亿。
可能有機會修好丽已，但是我的耐心不允許。
