? ? ? 最近文章被拒氧枣，原因是使用了錯(cuò)誤的統(tǒng)計(jì)方法涡尘。我在文章中使用的是One-Way ANOVA辜昵，而編輯指出應(yīng)該改用Orthogonal contrast才更合適。對(duì)于單因素實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)症见，One-Way ANOVA（即單因素方差分析）是很常用的一種檢測(cè)顯著性的方法。而在我身邊殃饿，這種常用已經(jīng)有發(fā)展為濫用的趨勢(shì)谋作，一些小伙伴只要見到單因素試驗(yàn)設(shè)計(jì)，拿來就是一套One-Way乎芳，更有甚者將雙因素試驗(yàn)拆開做兩個(gè)One-Way遵蚜。正所謂“萬物皆可One-Way”.....

? ? ? 先來看一下我說的這套One-Way ANOVA的流程，百度中搜索“SPSS 單因素方差分析”秒咐，即可看到如下流程：

1谬晕、打開SPSS，輸入數(shù)據(jù)

2携取、選擇One-Way ANOVA

3攒钳、將自變量和應(yīng)變量放入對(duì)應(yīng)的框中

Fig1 圖片來自百度經(jīng)驗(yàn)

4、點(diǎn)Post Hoc選項(xiàng)雷滋，選擇一種比較方法不撑，通常是LSD, Bonferroni，Duncan等

Fig2 圖片來自百度經(jīng)驗(yàn)

5晤斩、運(yùn)行后查看結(jié)果焕檬，首先需要看ANOVA的結(jié)果，P值是否<0.05

Fig3 圖片來自百度經(jīng)驗(yàn)

6澳泵、如果ANOVA的P值<0.05实愚， 則繼續(xù)看Post Hoc的檢測(cè)結(jié)果，在同一欄里的組沒有顯著性差異兔辅，在不同欄里的組存在顯著性差異腊敲。

Fig4 圖片來自百度經(jīng)驗(yàn)

? ? ? 相信很多小伙伴對(duì)這套流程并不陌生，但是需要說明的是维苔，由于SPSS對(duì)功能進(jìn)行了整合碰辅，其實(shí)這套流程里包括了三個(gè)步驟

? ? ? 1、方差齊性檢驗(yàn)

? ? ? 2介时、ANOVA

? ? ? 3没宾、Post Hoc Multiple comparison (事后檢驗(yàn)凌彬，多重比較法)

? ? ? 來看一下用R怎么實(shí)現(xiàn)以上三個(gè)步驟

? ? ? 1、導(dǎo)入數(shù)據(jù)

? ? library(readxl) #第一次使用readxl包前需要安裝? ? ?

? ? example<-read_excel('OneWay ANOVA范例.xlsx') ? #這里我編了一個(gè)名字叫OneWay ANOVA范例的excel表循衰，內(nèi)容如下

Fig5 OneWay ANOVA范例.xlsx

? ? ? 2铲敛、方差齊性檢驗(yàn)，按標(biāo)準(zhǔn)流程其實(shí)還應(yīng)該做正態(tài)性檢驗(yàn)羹蚣，但是由于One-Way ANOVA對(duì)正態(tài)性并不敏感原探，因此省略了。

? ? ? library(car)? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

? ? ? leveneTest(BW~group,data=example)? ? ? #Levene's Test檢驗(yàn)顽素，p>0.05則方差齊

? ? ? 3咽弦、當(dāng)方差齊時(shí)，進(jìn)行ANOVA

? ? ? BW.aov<-aov(BW~group,data=example)? ? ? #ANOVA分析

? ? ? summary(BW.aov)? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? #Summary

? ? ? One-Way ANOVA 其實(shí)只有這兩行代碼胁出，他的輸出結(jié)果類似Fig3型型。當(dāng)One-Way ANOVA檢測(cè)到組間存在顯著性差異后，則需要進(jìn)一步搞清楚差異來自哪里

? ? ? 4全蝶、Post Hoc Multiple comparison

? ? ? BW_posthoc<-TukeyHSD(BW.aov)? ? ? ? ? ? ? #TukeyHSD事后檢驗(yàn)

? ? ? BW_posthoc? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? #輸出TukeyHSD分析結(jié)果

? ? ? 此處我用的是TukeyHSD闹蒜，當(dāng)然也可以改用別的多重比較方法。

? ? ? 可以看到抑淫，SPSS中的One-Way 流程其實(shí)包括了One-Way ANOVA 和 Multiple comparison兩個(gè)分析绷落。我身邊的一些小伙伴往往把他們視作一個(gè)統(tǒng)一的流程，只要是單因素試驗(yàn)始苇，打開SPSS就按這個(gè)流程來砌烁。但是事實(shí)上， Multiple comparison并不適用于所有的單因素試驗(yàn)催式，只有當(dāng)試驗(yàn)設(shè)計(jì)為非計(jì)劃的（unplanned）時(shí)函喉，才可以使用 Multiple comparison。 而如果你的試驗(yàn)設(shè)計(jì)為事先計(jì)劃好的（planned）荣月，則應(yīng)該選擇Orthogonal contrast進(jìn)行后續(xù)分析管呵。

總結(jié)一下，One-Way ANOVA的正確流程

1哺窄、判斷方差齊性

2捐下、方差齊的情況下，進(jìn)行ANOVA分析

3萌业、如果ANOVA分析的P值<0.5蔑担，認(rèn)為存在顯著性差異，需要進(jìn)行進(jìn)一步分析

4咽白、如果試驗(yàn)是unplanned，選擇 Multiple comparison

? ? 如果試驗(yàn)是planned鸟缕，選擇Orthogonal contrast

一點(diǎn)小吐槽

? ? ? 關(guān)于文章被拒稿這件事晶框，其實(shí)在寫文章時(shí)也考慮過ANOVA+Multiple comparison的統(tǒng)計(jì)方法是否合適排抬。我去下載了一篇打算投稿的雜志今年剛發(fā)的文章，試驗(yàn)設(shè)計(jì)與我一樣授段，統(tǒng)計(jì)方法采用的就是ANOVA+Multiple comparison蹲蒲，似乎這樣也是可以發(fā)表的嘛。加上以之前讀文獻(xiàn)的經(jīng)驗(yàn)來看侵贵，我目前所在的領(lǐng)域似乎對(duì)統(tǒng)計(jì)方法是否科學(xué)并沒那么關(guān)注届搁，于是就偷懶用了ANOVA+Multiple comparison。然后就杯具了.....

? ? ? 在得知由于統(tǒng)計(jì)方法的原因被拒后窍育，就對(duì)該雜志最近5期的所有文獻(xiàn)進(jìn)行了搜索卡睦，挑出了試驗(yàn)設(shè)計(jì)和我相同的文章，查看了他們的統(tǒng)計(jì)方法漱抓，結(jié)果發(fā)現(xiàn)Multiple comparison和Orthogonal contrast基本上是對(duì)半開的表锻，還有一些則兩種方法同時(shí)用上了。所以這就證明：統(tǒng)計(jì)方法用錯(cuò)了乞娄，也不是百分百會(huì)被拒稿瞬逊，否則已發(fā)表的文章都該是Orthogonal contrast的方法。那么仪或，問題就來了：為什么我被拒稿了确镊？

? ? ? 為了搞清楚這個(gè)問題，也為了順便鍛煉一下我的數(shù)據(jù)處理能力范删，我打算開展以下研究（有時(shí)間的話）：

? ? 1蕾域、 盡量搜集更多該雜志上和我試驗(yàn)設(shè)計(jì)一樣的文章，然后獲得文章的各種信息：例如作者國(guó)籍瓶逃，作者的科研界地位（可以量化成文章數(shù)量束铭、IF、被引次數(shù)等等）厢绝，投稿月份等等契沫。

? ? 2、嘗試做一個(gè)PCA分析昔汉，看看能否將采用了不同統(tǒng)計(jì)方法的文章在PCA圖上分開懈万。

? ? 3、假如可以的話靶病，進(jìn)一步挑出關(guān)鍵因子会通。

? ? 想來這樣就可以知道我被拒稿的真正原因了...emmmmm（認(rèn)真臉?_?）