通常我們會使用比對好的fasta文件構(gòu)建進(jìn)化樹定续，fasta文件中大于號后的內(nèi)容就是最終進(jìn)化樹上的文字標(biāo)簽。如果拿到進(jìn)化樹文件后你想替換掉其中的一些內(nèi)容幼东，那該怎么辦呢颖系？本篇推文介紹一下使用R語言的ggtree包實(shí)現(xiàn)這個目的
這個問題是來源于公眾號的一位讀者的提問
Snipaste_2021-01-14_10-32-30.png
大家可以關(guān)注我的公眾號 小明的數(shù)據(jù)分析筆記本 留言相關(guān)問題，如果我恰巧會的話忆蚀，我會抽出時間介紹對應(yīng)的解決辦法
首先你已經(jīng)有了構(gòu)建好的進(jìn)化樹文件
(Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus:0.1403183720,Synophromorpha:0.0325185390)93:0.0313182375,(Xestophanes:0.0275715134,(Diastrophus:0.0456139475,Gonaspis:0.1146402107)97:0.0603746476)86:0.0275523221)91:0.0396704245,Ibalia:0.1295291852)93:0.0678466304,(((Liposthenes_ker:0.0568838340,Rhodus:0.4243267334)73:0.0825510697,Plagiotrochus:0.0778290252)71:0.0457931797,Phanacis_2:0.1416544135)42:0.0142517743)48:0.0209026386,(((Liposthenes_gle:0.1641119081,((((Antistrophus:0.1098867540,Hedickiana:0.2313789580)73:0.0566918206,Neaylax:0.1747090949)53:0.0027850349,(Isocolus:0.0980216531,Aulacidea:0.1315344980)40:0.0147148853)54:0.0123010924,((Andricus:0.0479556214,Neuroterus:0.0392025403)95:0.0395094917,Biorhiza:0.0640188941)87:0.0159496082)20:0.0000025961)50:0.0194234721,((((Panteliella:0.0792235900,Diplolepis:0.3184402599)84:0.0461941800,Phanacis_1:0.1153410113)66:0.0099961323,(Eschatocerus:0.2548694740,Parnips:0.0000022831)64:0.0802390069)34:0.0241704495,((Barbotinia:0.0731026287,Aylax:0.0957869567)87:0.0269932737,Iraella:0.0390833327)95:0.0797807340)18:0.0000021284)23:0.0095262346,Timaspis:0.0585073936)19:0.0170106400)57:0.0526944283,(Ceroptres:0.1057541047,(Pediaspis:0.1932340906,Paramblynotus:0.1711455809)28:0.0000021043)48:0.0416999011);
也準(zhǔn)備好了需要替換的數(shù)據(jù)
image.png
- 第一列x就是進(jìn)化樹中原本的序列名稱
- 第二列y是想要替換成的id名稱
讀入進(jìn)化樹文件
library(treeio)
tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile",
node.label = "support")
使用ggtree進(jìn)行可視化展示
ggtree(tree)+
geom_tiplab()+
xlim(NA,0.8)
讀入已經(jīng)準(zhǔn)備好打算替換內(nèi)容
df<-read.csv("pra.csv",header=T)
替換內(nèi)容
df<-read.csv("pra.csv",header=T)
tree1<-tree
tree1@phylo$tip.label<-
df[match(tree1@phylo$tip.label,df$x),]$y
這樣就替換過來了
接下來可視化展示一下新的進(jìn)化樹
ggtree(tree1)+
geom_tiplab()
image.png
把這個新的進(jìn)化樹寫出到文件里
write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk")
這樣就達(dá)成目的了
這里導(dǎo)出的進(jìn)化樹文件沒有了最初的支持率的信息矾利，我們再通過一行代碼給他加上就好了
tree1@phylo$node.label<-tree1@data$support
write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk")
這樣就沒有問題了
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