對雙末端測序結(jié)果進行拼接止潮，我們常常會因為拼不上而煩惱
所以做了一個小工具，用來查看序列間是否存在overlap闻坚。
或者用來查看一條序列在母序列中的位置沽翔。
示例序列，R1是正向序列窿凤，R2是反向序列仅偎，merge是上兩條拼接結(jié)果。
>R1
CGCACCTTCTTGCCCTCGCTGATCAGTTTGGTATCCCCCTC
>R2
AAGGCAGAAGGAATGAAGCTCGAGGGGGAATCCAAACTGAT
>merge
CGCACCTTCTTGCCCTCGCTGATCAGTTTGGTTTCCCCCTCGAGCTTCATTCCTTCTGCCTT
導入序列雳殊，選擇fasta格式
參數(shù)選擇
- 可以對每條序列進行反向橘沥、互補、去除夯秃、截取操作
- 處理好后的序列進行對齊
- 查看對齊結(jié)果
image.png
檢查序列間的overlap
先去除 merge序列座咆，將R2序列反向互補，然后將剩余序列對齊仓洼，overlap就能從結(jié)果中看出來了介陶，
結(jié)果中還知道有兩個AT錯配。
如果序列比較長色建，可以截去R1的前端堿基再對齊
image.png
檢查一段序列在另一條序列中的位置
image.png
參考：http://www.bioinf.jku.at/software/msa/
工具更新地址：http://qplot.cn/Qplottools/?inputs&inputapp=%22fastaalign%22
建議下載本地版：https://www.yuque.com/qplot/qplottools/update
