LDBlockShow安裝報錯
使用conda安裝了LDBlockShow之后，在使用過程中出現(xiàn)以上報錯坛吁，提示“Can't locate SVG.pm in @INC xxx /bin/ShowLDSVG line 24”劳殖，這個報錯的原因是缺少Perl語言的SVG模塊，本篇筆記提供一個方法拨脉，解決LDBlockShow安裝和使用的過程中的問題哆姻。
使用conda安裝LDBlockshow
在Linux系統(tǒng)中，先使用conda創(chuàng)建一個新的環(huán)境玫膀，然后激活環(huán)境矛缨，運行安裝命令。
conda install -c bioconda ldblockshow
## Package Plan ##
environment location: /home/zhaojiwen/data_HD/miniconda3/envs/GWAS
added / updated specs:
- ldblockshow
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
ldblockshow-1.40 | pl5262h9a82719_0 105 KB bioconda
openssl-3.0.12 | h7f8727e_0 5.2 MB http://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
perl-5.26.2 | h36c2ea0_1008 15.4 MB http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
perl-svg-2.84 | pl526_0 37 KB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 20.8 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
ldblockshow bioconda/linux-64::ldblockshow-1.40-pl5262h9a82719_0
perl anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::perl-5.26.2-h36c2ea0_1008
perl-svg bioconda/linux-64::perl-svg-2.84-pl526_0
The following packages will be UPDATED:
openssl 3.0.11-h7f8727e_2 --> 3.0.12-h7f8727e_0
Proceed ([y]/n)?
Downloading and Extracting Packages
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
安裝完成后，可以通過以下命令進行查詢箕昭，如果顯示如下內(nèi)容誉简，表示安裝成功。
$ LDBlockShow
Usage: LDBlockShow -InVCF <in.vcf.gz> -OutPut <outPrefix> -Region chr1:10000-20000
-InVCF <str> Input SNP VCF Format
-OutPut <str> OutPut File of LD Blocks
-Region <str> In One Region to show LD info svg Figure
-SeleVar <int> Select statistic for deal. 1: D' 2: R^2 3/4:Both [1]
-SubPop <str> SubGroup Sample File List[ALLsample]
-BlockType <int> method to detect Block [beta] [1]
1. Block by PLINK (Gabriel method)
2. Solid Spine of LD RR/D' 3. Blockcut with self-defined RR/D'
4. FixBlock by input blocks files 5. No Block
-InGWAS <str> InPut GWAS Pvalue File(chr site Pvalue)
-InGFF <str> InPut GFF3 file to show Gene CDS and name
-BlockCut <float> 'Strong LD' cutoff and ratio for BlockType3[0.85:0.90]
-FixBlock <str> Input fixed block region
-MerMinSNPNum <int> merger color grids when SNPnumber over N[50]
-help Show more Parameters and help [hewm2008 v1.40]
使用LDBlockShow遇到報錯
剛剛安裝完成后盟广，如果直接使用闷串，有可能就會出現(xiàn)“Can't locate SVG.pm in @INC ”報錯，需要使用cpan安裝SVG模塊筋量。
安裝CPAN
如果系統(tǒng)中沒有安裝perl和cpan烹吵，需要先安裝上cpan，方法如下：
- 對于Debian/Ubuntu系統(tǒng)：
bashCopy code
sudo apt-get install cpanminus
- 對于Red Hat/CentOS系統(tǒng)：
bashCopy code
sudo yum install perl-App-cpanminus
安裝完成后桨武，使用CPAN安裝SVG模塊肋拔，方法如下：
首先，打開終端并運行以下命令：
cpan
然后在CPAN提示符號中呀酸，輸入以下命令來安裝SVG模塊：
install SVG
CPAN將下載凉蜂、編譯和安裝SVG模塊及其依賴項。
cp lib/SVG/DOM.pm blib/lib/SVG/DOM.pm
cp lib/SVG/Extension.pm blib/lib/SVG/Extension.pm
cp lib/SVG/XML.pm blib/lib/SVG/XML.pm
cp lib/SVG/Element.pm blib/lib/SVG/Element.pm
cp lib/SVG.pm blib/lib/SVG.pm
過程中會出現(xiàn)以下提示信息：
安裝成功后性誉，提示如下信息：
此時再重新使用LDBlockShow命令窿吩，則不會出現(xiàn)剛剛的報錯信息，可以正常使用错览。
LDBlockShow使用方法
需要的輸入文件是vcf格式纫雁，有了輸入文件之后，運行如下代碼即可繪制LD倒三角熱圖
LDBlockShow -InVCF file.vcf \
-OutPut re5 -Region 1:49670000:50680000\
-OutPng -SeleVar 1
如果有GWAS的數(shù)據(jù)結(jié)果倾哺，想在倒三角和上面加上SNP位點的顯著性（小曼哈頓圖）轧邪，直接使用-InGWAS參數(shù)即可。
所需GWAS示例結(jié)果如下：
$ head gwas.pvalue
chr11 24142640 0.00009
chr11 24142660 1.02e-9
chr11 24142669 1e-9
執(zhí)行命令如下：
LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz \
-OutPut re2 -Region \
chr11:24100000:24200000 \
-InGWAS gwas.pvalue \
-OutPng -SeleVar 1
以上就是關(guān)于LDBlockshow使用的簡單示例羞海，更多內(nèi)容請查看官方幫助文檔。
參考資料：
https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/blob/main/LDBlockShow_Manual_Chinese.pdf
https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/127498536
https://anaconda.org/bioconda/ldblockshow
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