單個群體的基因組選擇信號分析(pi分析)
- Pi值
- Tajima D;
Pi主要用來衡量每個site的nucleotide divergency.（π）
vcftools --vcf test.vcf --window-pi 3000 --out Tenera
test.vcf為輸入文件andTenera
Tajimi's D是一種統(tǒng)計檢驗。
它主要用來區(qū)分一個DNA sequence是random還是non-randon進化的菩貌，是不是directional selection样眠。T=0說明沒有進行選擇，T>0說明sudden population contraction颇玷，而<0則說明population expansion after a recent bottleneck植影。
vcftools --vcf test.vcf --TajimaD 3000 --out Tenera
<a target="_blank" style="text-decoration:none;"><img src="http://rescdn.qqmail.com/zh_CN/htmledition/images/function/qm_open/ico_mailme_01.png"/></a>
