在對JHU的WMlable模板使用fslview圖形界面點擊時顯示的總是雙側(cè),但是對于其他的模板則沒有此問題驰唬,經(jīng)查詢比被,這是fslview的一個bug可婶,替代的方法是使用fslmaths命令來借助于代碼制作mask蚊伞。
方法如下:
Step 1: 打開fslview席赂,然后打開一個模板作為背景(比如MNI_152模板),再打開一個想要選擇的atlas厚柳,保存為模板,然后使用下邊的命令把感興趣的區(qū)域設置一下沐兵,
fslmaths JuelichAtlas.nii.gz -thr 3 -uthr 5 CC.nii.gz
This zeroes out any number below 3 or above 5.
緊接著别垮,如果只是為了呈現(xiàn),就不需要二值化扎谎;如果想要制作mask碳想,再使用下面的命令二值化,
Lastly, we need to binarize the image, again using fslmaths:
fslmaths CC.nii.gz -bin CC_bin.nii.gz
參考鏈接:
https://www.andysbrainblog.com/andysbrainblog/2017/6/2/creating-masks-from-the-juelich-atlas
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=fsl;d81dd48a.1409
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind0903&L=FSL&P=R8638
20190822