今天學習的內(nèi)容是在linux環(huán)境下安裝軟件沽瘦。

了解conda

conda——linux的應(yīng)用商店

conda是啥

簡單說就是應(yīng)用很廣的軟件包管理器煮岁，我們下載conda的精華版miniconda就好。

下載miniconda

1. 瀏覽器搜索“miniconda清華”（清華的conda鏡像網(wǎng)站）荒揣，進去看到好多版本
2. 在xshell中輸入命令uname -a，查看服務(wù)器是多少位的
3. 在鏡像網(wǎng)站找到最新版本的
4. 右鍵焊刹，復制鏈接地址（miniconda的鏈接地址）

• 登錄服務(wù)器
• 新建空目錄mkdir biosoft
• 進入biosoftcd biosoft
• 用到wget命令wegt https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh（就是wget 后加剛復制的鏈接地址系任。注意對于Windows，在服務(wù)器的復制粘貼變了虐块，選中俩滥，鼠標左邊點一下是復制，右邊點一下是粘貼）贺奠，enter
  那么就把miniconda的安裝包下載到biosoft目錄了

安裝miniconda

bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh 然后enter
安裝就開始了霜旧，一直enter，直到出現(xiàn)Do you accept the license terms? [yes|no]這句儡率，按yes挂据，然后根據(jù)程序提示按enter或者yes
當看到Thank you for installing Miniconba3，說明安裝成功儿普。

激活conda

輸入命令source ~/.bashrc激活conda
出現(xiàn)滿屏信息就成功了崎逃。

添加鏡像

添加清華鏡像（下面的四行代碼來源生信星球公眾號），將下面的代碼復制到命令行

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

使用conda安裝fastqc軟件
（1）查看當前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表conda list眉孩，可見有滿屏信息
（2）搜素conda軟件conda search fastqc
（3）安裝軟件conda install fastqc -y（-y是yes个绍，安裝過程中，conda問的問題全都yes）
（4）卸載軟件conda remove fastqc -y

了解conda 環(huán)境

圖片來源生信星球微信公眾號

查看當前conda有哪些環(huán)境conda info --envs

當前的conda環(huán)境

（前面帶* 就是默認）

舉例

建立一個名為rnaseq的conda環(huán)境浪汪，指定python版本是3巴柿，安裝軟件fastqc、trimmomatic
輸入命令conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看conda環(huán)境conda info --envs

當前conda環(huán)境

當前的conda環(huán)境

退出當前環(huán)境殃姓，conda deactivate此時conda環(huán)境又回到了原來的環(huán)境

當前的conda環(huán)境

linux環(huán)境下的軟件安裝的思維導圖

跟著豆花小姐姐的教程袁波，操作完成，但是出了問題還是很懵圈蜗侈。要多學多練篷牌。