2019 年過去了户辞，我把自己的 GitHub 倉庫清理了一遍泌类，總結(jié)過去一年自己的收獲和思考。
參與發(fā)表的文獻(xiàn)
2019 年我參與發(fā)表了 5 篇科學(xué)文獻(xiàn)底燎，其中 4 篇 SCI刃榨，另 1 篇是我將去年開發(fā)的 UCSCXenaTools 投到了 JOSS。
我心里最滿意的是 UCSCXenaTools 經(jīng)過 rOpenSci 的代碼審查后快速被 JOSS 收錄并發(fā)表双仍，這一年我一直保證良好的維護(hù)狀態(tài)枢希，目前有上萬次的下載安裝，希望未來能夠幫助更多的癌癥研究人員朱沃。
其他 4 篇有 3 篇是研究型文章苞轿，我通過它們成長了很多茅诱，包括課題的分析思路、代碼的實(shí)現(xiàn)等搬卒。但個(gè)人仍感覺不夠深入和
細(xì)致瑟俭，自己對(duì)于研究背景知識(shí)的理解還大有欠缺，希望新的一年有更多的成長契邀。
- The predictive power of tumor mutational burden in lung cancer immunotherapy response is influenced by patients’ sex, IJC
- The UCSCXenaTools R package: a toolkit for accessing genomics data from UCSC Xena platform, from cancer multi-omics to single-cell RNA-seq, JOSS
- Sex Differences in Cancer Immunotherapy Efficacy, Biomarkers, and Therapeutic Strategy, Molecules
- Ras Downstream Effector GGCT Alleviates Oncogenic Stress, iScience
- Antigen presentation and tumor immunogenicity in cancer immunotherapy response prediction, eLife
遺憾的是憑借前 4 篇文章和去年發(fā)表的一篇 Oncogene摆寄，我仍然未能入選 2019 年的國家獎(jiǎng)學(xué)金的評(píng)選，
可能以后再也不會(huì)像去年那樣有心去爭取了坯门。
開發(fā)和維護(hù)的工具包或腳本
2019 年我開發(fā)和維護(hù)了一系列的工具或腳本椭迎，既是為了幫助自己，也希望能夠幫助他人田盈。
- ezcox - 批量實(shí)現(xiàn) Cox 分析
- metawho - 實(shí)現(xiàn)亞組元分析
- UCSCXenaTools - 獲取 UCSC Xena 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)集
- UCSCXenaShiny - 以 Shiny 應(yīng)用的方式查看和下載 UCSC Xena 數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)集
- contribution - 貢獻(xiàn)表格的 ggplot2 實(shí)現(xiàn)（興趣所致）
- DoAbsolute - 并行調(diào)用 ABSOLUTE 實(shí)現(xiàn)拷貝數(shù)分析
- sigminer - 基因組變異 Signature 分析（已開發(fā)一年畜号，希望新的一年發(fā)表）
- loon - 懶人工具箱，用于本地操作遠(yuǎn)程主機(jī)實(shí)現(xiàn)一些通用任務(wù)允瞧、PBS 計(jì)算和批處理等（目前接近 18K 下載安裝）
- yq - 語雀的 R API简软，興趣所致，實(shí)現(xiàn)了簡單的一些功能述暂，目前沒有繼續(xù)整了
- flymaps - VSCode 快捷鍵插件痹升，用于數(shù)據(jù)分析（現(xiàn)在還非常簡單）
- install_GISTIC - 一鍵安裝 GISTIC2.0 用于拷貝數(shù)分析
貢獻(xiàn)的工具
我還貢獻(xiàn)了一些已有的項(xiàng)目，包括增加特性畦韭、修復(fù) bug疼蛾、回答問題等等。
- copynumber - 支持 hg38
- maftools - 修了一些 bug 和新增了一些特性
- forestmodel - 修了一些 bug 和新增了一些特性
翻譯
2019 年我做了一些翻譯工作艺配，包括 R 和 Python察郁。
- Cookbook for R 中文版 - 一本很不錯(cuò)的 R 語言學(xué)習(xí)和參考手冊(cè)
- 使用Bioconda輔助生物信息學(xué)軟件安裝：一個(gè)簡短的教程
- 利用Python進(jìn)行數(shù)據(jù)分析（第二版） - 這個(gè)我是搬運(yùn)工，后續(xù)需要進(jìn)一步修改
展望與計(jì)劃
過去一年安然度過转唉，累也充實(shí)皮钠。新的一年，我希望能夠嘗試更多可能赠法。
課題和研究內(nèi)容
- neopeptides - 嘗試開發(fā)工具用于腫瘤新抗原一些屬性的解讀
- sigminer - 這個(gè)工具在今年能夠順利發(fā)表并成為領(lǐng)域的標(biāo)準(zhǔn)工具之一嗎麦轰？
- ImmuneDR - 免疫組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)集的收集和整理，希望有更多相關(guān)人員參與
興趣
- UCSCXenaShiny - 很久之前就有重構(gòu)的打算砖织，一些設(shè)計(jì)也已經(jīng)經(jīng)過討論款侵。接下來會(huì)花更多的時(shí)間帶領(lǐng) XenaShiny 小隊(duì)完成目標(biāo)。
- pyshields - Python README 能否肆意添加和轉(zhuǎn)換 badge 呢侧纯？
- flymaps - 維護(hù)和拓展相關(guān)的快捷鍵
- GoArduino - 嘗試學(xué)習(xí)下硬件相關(guān)編程和設(shè)計(jì)
學(xué)習(xí)
- shinyshining - 學(xué)習(xí) Shiny新锈，并將它應(yīng)用于 UCSCXenaShiny 的開發(fā)
- Pythonshining - 學(xué)習(xí) Python 和項(xiàng)目開發(fā)
-
SnakeFlow - 學(xué)習(xí) Snakemake，收集整理目前已有的流程茂蚓，編寫一些有用的
分析流程
翻譯
- shiny-book - 嘗試翻譯 Shiny 官方書籍
- gentle-ggplot2 - 向大家系統(tǒng)的介紹 ggplot2
- mlr3-book - 學(xué)習(xí)使用 R 進(jìn)行機(jī)器學(xué)習(xí)并嘗試翻譯
- tidy-eval - 向大家系統(tǒng)介紹非標(biāo)準(zhǔn)計(jì)算
最后希望新的一年自己和家人身體健康壕鹉，愛情美滿剃幌。
