如何正確使用基因/蛋白質(zhì)的名稱格式(大寫與斜體的使用)

(美國LetPub編輯 : SCI論文寫作系列6)

1 一般規(guī)則

· 在你的文章中使用大家都認可的基因/蛋白質(zhì)的名稱和符號(見下文)

· 有時認可的基因/蛋白質(zhì)的名稱或符號已經(jīng)不再有效枕荞。這種情況下袒炉,第一次提到的基因/蛋白質(zhì),需要先列出經(jīng)批準的名稱泛范,然后再添加 括號說明(以前被稱為XXX)。例如谍夭,“我們使用抗POU5F1蛋白的抗體(以前稱為OCT-4)...”黑滴。注意使用正確的符號,而不是以往的名稱紧索。

2 不同物種有不同的規(guī)則

  1. 小鼠 / 大鼠 / 雞

(1)一般命名規(guī)則(適用于小鼠袁辈,大鼠和雞):

· 基因的全名不用斜體,也不用希臘字母

例如:insulin-like growth factor 1(胰島素樣生長因子1)

· 基因符號不用希臘字母和連字符珠漂,使用斜體晚缩,第一個字母大寫,其余小寫

例如:Igf1 (斜體)(胰島素樣生長因子1)

· 蛋白質(zhì)的名稱和基因符號相同媳危,但不用斜體荞彼,并全部大寫

例如:IGF1

· mRNA和cDNA的基因符號和規(guī)定的格式

例如: "... levels of* Igf1* (italicized) mRNA increased when..."

· 首次提到的突變等位基因應該詳細列出

例如:Igf1tm1Arge/Igf1tm1Arge (italicized) is one of several knockout alleles of Igf1 (italicized)

· 所有字母和數(shù)字用斜體,等位基因的符號(tm1Arge)要用上標

· 經(jīng)前面詳細描述之后待笑,敲除的純合子可表示為Igf1-/- (所有字母均用斜體鸣皂,并且- / -用上標);雜合子為*Igf1 + / - *等暮蹂。

(2)對于這些命名規(guī)定的詳細信息寞缝,請參閱:

· (小鼠,大鼠椎侠,雞) http://www.informatics.jax.org/

· (專門針對大鼠) http://rgd.mcw.edu/

· MGI命名:http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/index.shtml

· 基因的MGI快速指南:

http://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/short_gene.shtml

  1. 人類/非人類靈長類動物/家畜/ 除了小鼠第租、大鼠、魚我纪、昆蟲慎宾、蒼蠅外默認的其他物種

· 完整的基因名稱不用斜體和希臘字母

例如:insulin-like growth factor 1(胰島素樣生長因子1)

· 基因符號不使用希臘字母和連字符,基因符號用斜體浅悉,所有的字母用大寫

例如:IGF1(斜體)

· 蛋白質(zhì)的名稱與基因符號相同趟据,但不用斜體,并全部大寫

例如:IGF1

· mRNA和cDNA的基因符號和規(guī)定的格式

例如:"... levels of IGF1 (italicized) mRNA increased when..."

更多關于此類物種基因(突變的等位基因)命名規(guī)則和符號的網(wǎng)站:

http://www.genenames.org/

  1. 魚(適用于所有的魚)

· 完整的基因名稱用斜體表示术健,全部用小寫字母汹碱,不要用希臘字母

例如:cyclops(斜體)

· 基因符號用斜體,全部小寫

例如:cyc(斜體)

· 蛋白質(zhì)命名與基因符號相同荞估,但僅首字母大寫咳促,也不用斜體

例如:Cyc

更多關于此類物種基因(突變的等位基因)命名規(guī)則和符號的網(wǎng)站:

http://zfin.org/cgi-bin/webdriver?MIval=aa-ZDB_home.apg

  1. 其他有用的網(wǎng)站:

· ExPASy(特殊蛋白質(zhì)分析系統(tǒng)):是瑞士生物信息學研究所(SIB)提供的蛋白質(zhì)組學服務系統(tǒng),可對蛋白質(zhì)序列和結(jié)構(gòu)以及二維PAGE進行分析:(http://au.expasy.org / )

· OMIM -孟德爾人類遺傳學數(shù)據(jù)庫:

(www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM )

· NCBI - Entrez Gene:提供了一個按序列和/或在NCBI's Map Viewer中查詢基因的統(tǒng)一環(huán)境勘伺。您可以查詢名稱跪腹,符號,加入飞醉,出版物冲茸,GO條款,染色體數(shù)目,EC號碼轴术,和許多其他相關基因及它們的編碼產(chǎn)物难衰。 (www.ncbi.nlm.nih.gov/gene )

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