點(diǎn)擊以下鏈接 查看 FSL 功能介紹
介紹一款 MRI&CT 圖像預(yù)處理強(qiáng)大工具--FSL
這節(jié)主要介紹如何安裝 FSL 工具被丧。由于我 LINUX 服務(wù)器上早已安裝成功傅是，這次在 MacOs 系統(tǒng)上進(jìn)行安裝演示。其余系統(tǒng)基本一致，按照官方安裝說明一步一步來即可翠语。
預(yù)祝大家順利安裝整慎。
FSL 下載
-
下載地址
image
下載步驟
- 同意 FSL licence
- 勾選
- 填寫個人信息粱挡，信息隨意填寫，不用真實(shí)信息
- 選擇安裝系統(tǒng)
可以選擇的安裝系統(tǒng)很多衬衬，基本滿足需求。
- 點(diǎn)擊注冊
注冊后回跳轉(zhuǎn)到下載界面改橘。
- 點(diǎn)擊下載文件滋尉。此處下載的是一個 Python 文件（fslinstaller.py）
安裝 FSL
- 點(diǎn)擊查看 官網(wǎng) macOS 安裝說明
- 微信gzh 可查看安裝視頻
- 打開終端
- 切換到 fslinstaller.py 文件的路徑
我默認(rèn)下載到 Downloads
cd ~/Downloads
- 運(yùn)行下載的腳本
該 fslinstaller.py 腳本執(zhí)行FSL的安裝，配置環(huán)境等飞主，使用 Python2 運(yùn)行它狮惜，Python2一般系統(tǒng)都會自帶。不用特意安裝碌识。
為什么使用 python2, 問開發(fā)者去~~~~
python2 fslinstaller.py
運(yùn)行過程中會提示: 你希望安裝在此處嗎碾篡？
敲回車就可以了，敲‘yes'沒用
下載過程很慢筏餐，建議 翻個墻~~
我下載了一晚上开泽，最后成功了。早上起來輸了圖中所示的電腦密碼魁瞪，幾分鐘就可以安裝成功眼姐。安裝好后需要退出終端，重新再打開終端進(jìn)行下一步的檢驗(yàn)佩番。
- 檢驗(yàn)是否下載成功
通過執(zhí)行以下操作來測試環(huán)境和命令行工具是否設(shè)置正確：
- 啟動一個新的終端會話
- 通過鍵入以下內(nèi)容檢查您的環(huán)境是否正確：
echo $FSLDIR
這應(yīng)該顯示您安裝 FSL 的目錄的名稱墩虹。默認(rèn)在：/usr/local/fsl
- 通過鍵入以下內(nèi)容檢查您的路徑是否正確
flirt -version
應(yīng)該顯示：FLIRT version 6.0. 版本號可能不同
- 檢查 miniconda 環(huán)境安裝是否成功完成
which imcp
它應(yīng)該顯示如下一行：
/usr/local/fsl/bin/imcp
如果以上有不正確的地方瓦糟，點(diǎn)擊上面安裝教程去查看解決方案。
雖然我這些全部通過抡句，但是我敲 FSL 的命令時提示我：
DISPLAY is not set. Please set your DISPLAY environment variable!
這個問題出在哪其實(shí)很好找滩租，上面我安裝的時候有個【warning】赋秀，提示找不到 X11 window. 因此敲FSL的時候就打不開 GUI 界面，但是仍可以使用終端命令律想。比如猎莲，敲 fsleyes 就可以打開圖像瀏覽器工具。
遇到這個問題技即，我們下載 XQuartz著洼，安裝即可解決。
XQuartz 項(xiàng)目是一個開源項(xiàng)目而叼，旨在開發(fā)在 macOS 上運(yùn)行的X.Org X Window System版本身笤。它與支持的庫和應(yīng)用程序一起構(gòu)成了 Apple 隨 OS X 10.5 到 10.7 版一起提供的 X11.app。
下載好后葵陵，和平時安裝軟件一樣安裝好液荸，再打開終端 > 敲 fsl 就有界面了。
其實(shí)脱篙，平時根本不會用這個界面娇钱，需要做什么都直接終端敲命令做伤柄，如果裝不上界面也沒關(guān)系。
以上是一個官方的安裝教程文搂，安裝成功與否跟網(wǎng)絡(luò)有很大關(guān)系适刀。當(dāng)然，相信總有人不會這么一帆風(fēng)順细疚，總會遇到各種問題蔗彤。如有問題，可以參考以下兩個鏈接：
