1.上Genome Announcements網(wǎng)站（https://mra.asm.org/）找一篇細菌基因組文章映穗；找到文章記載的SRA號
這里找了一篇文章：
https://mra.asm.org/content/8/39/e01033-19
圖片.png
2.從SRA數(shù)據(jù)庫上用prefetch下載該文件
prefetch SRR8869227
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3.Fastq-dump解壓
fastq-dump --split-files SRR8869227.sra
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4.Fastqc質控
fastqc SRR8869227_1.fastq
fastqc SRR8869227_2.fastq
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5.trimmomatic去接頭
java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR8869227_1.fastq SRR8869227_2.fastq ./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/sunzhe/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75
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5.Spades組裝基因組草圖
spades.py --careful --pe1-1 SRR8869227_1.fastq --pe1-2 SRR8869227_2.fastq -o ./output
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6.Quast評價組裝的基因組效果
quast.py ~/Seqs/test/output/contigs.fasta -o ~/Seqs/test/quast_out
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結果：
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