組裝細菌基因組

1.上Genome Announcements網(wǎng)站(https://mra.asm.org/)找一篇細菌基因組文章映穗;找到文章記載的SRA號
這里找了一篇文章:
https://mra.asm.org/content/8/39/e01033-19

圖片.png

2.從SRA數(shù)據(jù)庫上用prefetch下載該文件

 prefetch SRR8869227

1.PNG

3.Fastq-dump解壓

fastq-dump --split-files SRR8869227.sra
1.PNG

4.Fastqc質控

fastqc SRR8869227_1.fastq
fastqc SRR8869227_2.fastq
1.PNG

5.trimmomatic去接頭

 java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR8869227_1.fastq SRR8869227_2.fastq ./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/sunzhe/Biosofts/Trimmomatic038/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75
1.PNG

5.Spades組裝基因組草圖

spades.py --careful --pe1-1 SRR8869227_1.fastq --pe1-2 SRR8869227_2.fastq -o ./output

1.PNG

6.Quast評價組裝的基因組效果

quast.py ~/Seqs/test/output/contigs.fasta -o ~/Seqs/test/quast_out
1.PNG

結果:

1.PNG

1.PNG

最后編輯于
?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末,一起剝皮案震驚了整個濱河市幕随,隨后出現(xiàn)的幾起案子蚁滋,更是在濱河造成了極大的恐慌,老刑警劉巖赘淮,帶你破解...
    沈念sama閱讀 211,496評論 6 491
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件辕录,死亡現(xiàn)場離奇詭異,居然都是意外死亡梢卸,警方通過查閱死者的電腦和手機走诞,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 90,187評論 3 385
  • 文/潘曉璐 我一進店門,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來低剔,“玉大人速梗,你說我怎么就攤上這事肮塞。” “怎么了姻锁?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 157,091評論 0 348
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵枕赵,是天一觀的道長。 經(jīng)常有香客問我位隶,道長拷窜,這世上最難降的妖魔是什么? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 56,458評論 1 283
  • 正文 為了忘掉前任涧黄,我火速辦了婚禮篮昧,結果婚禮上,老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己,他們只是感情好反肋,可當我...
    茶點故事閱讀 65,542評論 6 385
  • 文/花漫 我一把揭開白布蜒什。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上,一...
    開封第一講書人閱讀 49,802評論 1 290
  • 那天躏惋,我揣著相機與錄音,去河邊找鬼嚷辅。 笑死簿姨,一個胖子當著我的面吹牛,可吹牛的內容都是我干的簸搞。 我是一名探鬼主播扁位,決...
    沈念sama閱讀 38,945評論 3 407
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼攘乒!你這毒婦竟也來了贤牛?” 一聲冷哼從身側響起,我...
    開封第一講書人閱讀 37,709評論 0 266
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤则酝,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎殉簸,沒想到半個月后,有當?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體沽讹,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 44,158評論 1 303
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡般卑,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 36,502評論 2 327
  • 正文 我和宋清朗相戀三年,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了爽雄。 大學時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片蝠检。...
    茶點故事閱讀 38,637評論 1 340
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖挚瘟,靈堂內的尸體忽然破棺而出叹谁,到底是詐尸還是另有隱情饲梭,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 34,300評論 4 329
  • 正文 年R本政府宣布焰檩,位于F島的核電站憔涉,受9級特大地震影響,放射性物質發(fā)生泄漏析苫。R本人自食惡果不足惜兜叨,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,911評論 3 313
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望衩侥。 院中可真熱鬧国旷,春花似錦、人聲如沸茫死。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,744評論 0 21
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽峦萎。三九已至特漩,卻和暖如春,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間骨杂,已是汗流浹背。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,982評論 1 266
  • 我被黑心中介騙來泰國打工雄卷, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留搓蚪,地道東北人。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 46,344評論 2 360
  • 正文 我出身青樓丁鹉,卻偏偏與公主長得像妒潭,于是被迫代替她去往敵國和親。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子揣钦,可洞房花燭夜當晚...
    茶點故事閱讀 43,500評論 2 348