今天的推文內(nèi)容是模仿論文 Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents 中的Figure3A
R語言里circlize這個包應(yīng)該可以實現(xiàn)，最近在學習ggtreeExtra匆赃，對應(yīng)的論文里有一個圖
最內(nèi)圈基本是一樣的朴上，實現(xiàn)這個內(nèi)圈的函數(shù)是ggtree包的geom_taxalink()函數(shù)坤候，這里我用4.0.3版本的R和2.4.1版本的ggtree會遇到報錯 Error in numnotnull("fontsize") : object '.pt' not found,暫時不知道是什么原因吨拗，我安裝了4.1.0版本的R和3.0.2版本的ggtree就沒有這個報錯
下面介紹代碼
首先是自己準備一個newick格式的樹文件
同一個組的數(shù)據(jù)用括號括起來箕慧，中間逗號分隔检柬，不同組之間用逗號分隔献联，最后一個括號將所有內(nèi)容括到一起，最后是一個分號
畫一個樹形圖展示一下
library(ggtree)
library(treeio)
tree<-read.tree("example.txt")
ggtree(tree,layout = "circular")+
geom_tiplab()
接下來是一個分組文件用來給tip映射顏色
代碼
df1<-read.delim("tip_group.txt")
head(df1)
tree<-full_join(tree,df1,by="label")
col<-c("#f04334","#99ca67","#994da5")
ggtree(tree,layout = "circular")+
geom_tiplab(aes(color=group))+
scale_color_manual(values = col )
接下來是連線的數(shù)據(jù)
代碼
ggtree(tree,layout = "inward_circular",
xlim = c(40,NA),
alpha=0)+
geom_tiplab(aes(color=group),show.legend=F)+
scale_color_manual(values = col )+
ggnewscale::new_scale_color()+
geom_taxalink(data=df2,
mapping=aes(taxa1=taxa1,
taxa2=taxa2,
color=group1),
hratio=3)+
scale_color_manual(values = c("#2398c5","#febf68"))
最終結(jié)果
這里還用到了ggnewscale這個包厕吉，如果是第一次使用需要安裝
示例數(shù)據(jù)和代碼放到了今天 次條推文的留言區(qū) 次條推文是一個廣告
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