Porechop是個(gè)簡(jiǎn)單的過(guò)濾小工具躬柬，主要是由C++和Python語(yǔ)言開(kāi)發(fā)。
地址：https://github.com/rrwick/Porechop
雖然從2018年開(kāi)始抽减，工具的作者已經(jīng)停止開(kāi)發(fā)允青，但是作為一個(gè)比較實(shí)用工具，還被許多生信人員所使用卵沉。
功能簡(jiǎn)述
1. 它可以從Oxford Nanopore讀長(zhǎng)中獲取和刪除接頭颠锉；
2. 讀長(zhǎng)尾部的接頭會(huì)被刪除，中間的接頭會(huì)被分割史汗；
3. 相似性較低的情況下琼掠，它也會(huì)利用算法進(jìn)行接頭的有效對(duì)比；
4. 如果使用了Native Barcoding Kit停撞、PCR Barcoding Kit瓷蛙、Rapid Barcoding Kit悼瓮，還可以支持讀長(zhǎng)拆分；
安裝(通過(guò)源代碼安裝)
前置條件：
1. Linux or MacOS艰猬，Window系統(tǒng)也可以
2. Python 3.4+
3. C++編譯器 4.9.1+
下載： wget -c?https://codeload.github.com/rrwick/Porechop/zip/refs/tags/v0.2.4 -O porechop-0.2.4.zip
~不推薦使用master分支下的內(nèi)容
解壓：unzip porechop-0.2.4.zip
安裝(生成cpp_functions.so横堡，并把相應(yīng)的文件復(fù)制到系統(tǒng)對(duì)應(yīng)的目錄下)：cd Porechop-0.2.4 && ./setup.py install
~專家型、或者搗鼓型可以根據(jù)需要姥宝，調(diào)整Makefile文件
運(yùn)行命令：./porechop-runner.py -h
或者運(yùn)行命令：porechop -h
安裝(使用conda安裝)
前置條件：
1. conda正確安裝翅萤；
2. 添加了bioconda源；
3. 假定有虛擬環(huán)境test腊满，如果有其它虛擬環(huán)境套么，則下面的相應(yīng)字符需要替換；
激活虛擬環(huán)境：conda activate test
安裝：conda install -c porechop
運(yùn)行命令：porechop -h
~默認(rèn)安裝的虛擬環(huán)境對(duì)應(yīng)目錄的bin目錄下碳蛋。
