2022年11月16日驶兜，Nature發(fā)表了弗雷德·哈欽森癌癥研究中心 (Fred Hutchinson Cancer Research Center)的研究者們的最新微生物空間轉(zhuǎn)錄組研究成果！
【摘要】
腫瘤相關(guān)菌群是人類癌癥類型的腫瘤微環(huán)境的固有組成部分屠凶。迄今為止蝇狼，腫瘤內(nèi)宿主菌群的研究主要依賴于大塊組織分析，這模糊了腫瘤內(nèi)微生物群的空間分布和局部效應(yīng)贱枣。
在這里颤专，通過(guò)將原位空間譜分析技術(shù)和單細(xì)胞RNA測(cè)序應(yīng)用于口腔鱗狀細(xì)胞癌和結(jié)直腸癌，我們揭示了宿主-微生物在空間春塌、細(xì)胞和分子上的相互作用簇捍。
我們采用10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)來(lái)確定患者組織內(nèi)腫瘤內(nèi)微生物群落的身份和原位位置。利用GeoMx數(shù)字空間輪廓吼句，我們發(fā)現(xiàn)細(xì)菌群落在微微孔中分布事格，這些微孔血管化程度較低，具有高度免疫抑制作用远搪，與細(xì)菌陰性腫瘤區(qū)域相比逢捺，與Ki-67水平較低的惡性細(xì)胞相關(guān)。我們開(kāi)發(fā)了一種單細(xì)胞rna測(cè)序方法倘潜，我們將其命名為INVADEseq(入侵-粘附定向表達(dá)測(cè)序)，并將其應(yīng)用于患者腫瘤窍荧，識(shí)別細(xì)胞相關(guān)細(xì)菌和與它們相互作用的宿主細(xì)胞蕊退，并發(fā)現(xiàn)與炎癥、轉(zhuǎn)移瓤荔、細(xì)胞休眠和DNA修復(fù)有關(guān)的轉(zhuǎn)錄通路的改變输硝。通過(guò)功能研究，我們發(fā)現(xiàn)被細(xì)菌感染的癌細(xì)胞以單細(xì)胞的形式侵入周圍環(huán)境橘荠，并將髓系細(xì)胞招募到細(xì)菌區(qū)郎逃。
總的來(lái)說(shuō)，我們的數(shù)據(jù)揭示了腫瘤內(nèi)微生物群的分布不是隨機(jī)的褒翰；相反优训，它在微細(xì)胞中高度組織，具有促進(jìn)癌癥的免疫進(jìn)展和上皮細(xì)胞的功能揣非。
下載鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05435-0.pdf
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