一，準(zhǔn)備文件：
1.hmp
rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLSID panel QCcode 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
rs2 A/C 105 1 + NA NA NA NA NA NA CC NN CC CC CC CC CC CC NN CC CC CC CC CC CC CC
rs3 C/T 105 2 + NA NA NA NA NA NA CC NN CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
rs4 A/C 105 3 + NA NA NA NA NA NA CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
rs5 C/G 105 4 + NA NA NA NA NA NA CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
12列后接樣本
2.表型形狀
<Trait> sex
1 0
2 1
3 1
4 0
5 0
6 0
7 1
8 0
9 0
第一列是樣本編號(hào)慌盯，第二列開(kāi)始接表型形狀
二抓半，啟動(dòng)tassel
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三翰苫，導(dǎo)入數(shù)據(jù)
hmp文件
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導(dǎo)入性狀數(shù)據(jù)
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轉(zhuǎn)化成tassel可以識(shí)別的格式
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四育拨，關(guān)聯(lián)分析
GLM模型
選擇hmp文件和轉(zhuǎn)化后的性狀文件合并谨履，生成表格。
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選擇合并后的表
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結(jié)果文件
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MLM模型
先生成K-ship表
圖片.png
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選擇兩個(gè)表進(jìn)行分析
圖片.png
結(jié)果文件
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四熬丧，結(jié)果文件后處理
截取第一二七列笋粟，對(duì)第七列p求-log(p)。
結(jié)果如下
圖片.png
