由OrthoFinder軟件可產(chǎn)生大量的分析結(jié)果，用于多種分析碌秸，下面介紹用產(chǎn)生的文件畫系統(tǒng)發(fā)育樹。
1.基因樹(Gene Trees)
根據(jù)每個直系同源群推斷的系統(tǒng)發(fā)育樹。
基因樹：指基于單個同源基因差異構建的系統(tǒng)發(fā)生樹净响。這種樹代表的僅僅是單個基因的進化歷史，而不是它所在物種的進化歷史喳瓣。
Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt：用來看畫基因樹應該選擇哪一個直系同源群的文件馋贤。該文件中每個物種正好包含一個基因的直系同源群列表，即它們包含一對一的直系同源物畏陕。它們非常適合進行種間比較和種樹推斷配乓。
下面以OG0000065_tree.txt(一對一的直系同源物)為例畫基因樹：
畫進化樹在線網(wǎng)站:https://itol.embl.de/personal_page.cgi
導入文件(upload tree files)：OG0000065_tree.txtimage
圖形處理：
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2.解析的基因樹(Resolved Gene Trees)
為每個直系同源群推斷出有根的系統(tǒng)發(fā)育樹，使用OrthoFinder復制損失合并模型進行解析惠毁。
以Resolved_Gene_Trees文件夾中的OG0000065_tree.txt文件為例：
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3.物種樹(Species Tree)
物種樹：反映物種實際種系發(fā)生的樹犹芹。
以Species_Tree文件夾中的SpeciesTree_rooted.txt文件為例。
SpeciesTree_rooted.txt：從所有直系同源群推斷出的STAG物種樹鞠绰，包含內(nèi)部節(jié)點上的STAG支持值腰埂，并以STRIDE為根。
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