寫在前面
IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中迈嘹。
下面我以windows下的IGV為例衔憨，介紹一下IGV在查看基因組變異方面的應(yīng)用。

一.下載

下載鏈接如下：https://software.broadinstitute.org/software/igv/download
和一般的軟件下載情況類似席舍，不同的是，需要在電腦上安裝JAVA妄田，這個(gè)應(yīng)該難不倒各位看官老爺，因此不再贅述驮捍。

二.用戶使用手冊(cè)

官網(wǎng)的使用手冊(cè)包含以下18個(gè)方面疟呐，我主要關(guān)注的是 Viewing Data和Viewing Alignments。

• User Interface
• Navigating the View
• Loading a Genome
• External Control of IGV
• Viewing the Reference Genome
• Loading Data and Attributes
• Viewing Data
• Viewing Alignments
• Viewing Variants
• Multi-Locus View
• Regions of Interest
• Sample Attributes
• Sorting, Grouping, and Filtering
• Saving and Restoring Sessions
• Server Configuration
• Motif Finder
• igvtools
• BLAT search

1. Viewing Data

1.1 Default Display

IGV的一條track代表一個(gè)樣本或試驗(yàn)东且，每條track启具，IGV都會(huì)展示track identifier，一個(gè)或多個(gè)屬性珊泳，和track數(shù)據(jù)鲁冯，如圖所示。

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當(dāng)導(dǎo)入文件時(shí)色查，IGV會(huì)根據(jù)文件的后綴名自動(dòng)識(shí)別文件薯演。如下圖所示。

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1.2 Changing the Display

1.3 Segmented Data

1.4 GWAS Data

IGV可以像曼哈頓圖那樣展示GWAS數(shù)據(jù)秧了。

1.5 RNA Secondary Structure

2. Viewing Alignments

看的最多的比對(duì)文件就是下機(jī)數(shù)據(jù)比對(duì)到基因組的sam/bam文件跨扮。
導(dǎo)入IGV的bam要附帶著它的索引文件，這個(gè)可以由samtools生成验毡。
Tracks
當(dāng)你導(dǎo)入bam文件時(shí)衡创，IGV會(huì)自動(dòng)搜索該路徑下的索引文件。
導(dǎo)入bam文件后晶通，會(huì)生成3個(gè)相關(guān)的tracks璃氢。

• Alignment Track(看單條比對(duì)reads)
• Coverage Track(看測(cè)序覆蓋的深度)
• Splice Junction Track(提供跨越剪接連接的讀取的另一種視角)
  默認(rèn)情況下展示Alignment Track和Coverage Track。

Coverage Track
如果一個(gè)核苷酸與參考序列的差異大于20%的加權(quán)質(zhì)量reads, IGV會(huì)根據(jù)每個(gè)堿基的reads數(shù)的比例賦予染色狮辽。

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• 通過(guò)右鍵單擊跟蹤并選擇設(shè)置等位基因頻率閾值來(lái)覆蓋單個(gè)覆蓋track的默認(rèn)閾值一也。

• 要更改所有覆蓋軌跡的默認(rèn)值巢寡，請(qǐng)?jiān)谝晥D> Preferences下的Alignments選項(xiàng)卡中設(shè)置覆蓋等位基因-分?jǐn)?shù)閾值。
  將鼠標(biāo)懸停在覆蓋欄上查看計(jì)數(shù)細(xì)節(jié)塘秦。從右鍵菜單中復(fù)制計(jì)數(shù)細(xì)節(jié)到計(jì)算機(jī)的剪貼板讼渊。

  
  
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Alignment Track
默認(rèn)情況下，匹配參考基因組的堿基展示為灰色尊剔。堿基的插入用紫色表示爪幻，堿基的刪除用黑色橫線表示。

• Transparency for Mapped Reads
  注意须误，如屏幕截圖所示挨稿，以淺灰色邊框和透明或白色填充顯示的對(duì)齊，其映射質(zhì)量為零京痢。
  在這種情況下奶甘，reads也映射到另一個(gè)同樣好的位置。
  也有可能reads不能被唯一地放置祭椰，但其他的放置不一定能帶來(lái)同樣高質(zhì)量的得分臭家。

  
  
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• Insertions
  IGV用紫色或紅色表示堿基的插入，鼠標(biāo)懸浮能夠看到該堿基的詳細(xì)信息方淤。

  
  
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• Deletions
  在有g(shù)ap的reads中钉赁，IGV用黑色短線表示相對(duì)于參考基因組的刪除。
  

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  Paired-End Alignments

• View As Pairs
  默認(rèn)情況下携茂，IGV顯示單獨(dú)的reads你踩，因?yàn)樗鼈兙o密地打包在一起。
  從右鍵菜單中選擇View as pairs讳苦，以如下圖所示的方式顯示連接兩端的成對(duì)带膜。鼠標(biāo)懸停(2)也會(huì)顯示在普通視圖(左)的單個(gè)reads或成對(duì)讀取視圖(右)的成對(duì)reads。

  
  
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2.1 Interpreting Color by Insert Size

IGV使用不同的顏色來(lái)標(biāo)志異常的插入鸳谜。當(dāng)你在彈出菜單中通過(guò)插入大小選擇顏色對(duì)齊>時(shí)膝藕，默認(rèn)的著色方案是：

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• Deletions
  單端的缺失。

  
  
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  雙端的缺失咐扭。

  
  
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  在IGV中展示的結(jié)果束莫。
  
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• Insertions
  單端示意圖。

  
  
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雙端示意圖草描。

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檢測(cè)到異常插入大小受片段大小的限制览绿。讀長(zhǎng)必須足夠長(zhǎng)，以跨越插入位置穗慕，并包含兩端映射到參考基因組的序列饿敲，能檢測(cè)到的最大插入大小為：fragment length - (2x read length)。
IGV示意圖逛绵。

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• Inter-chromosomal Rearrangement
  下面這個(gè)例子中怀各，reads一端在染色體1上倔韭，另一端在染色體6上。

  
  
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2.2 Interpreting Color by Pair Orientation

成對(duì)reads的方向可用于檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異事件瓢对，包括染色體倒置寿酌，復(fù)制和易位。
綠色硕蛹、藍(lán)綠色和深藍(lán)色的陰影表示倒置醇疼、復(fù)制和易位的結(jié)構(gòu)事件；不同的顏色取決于不同的平臺(tái)法焰。

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Inversions
染色體上的倒置秧荆。

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當(dāng)一大段DNA被復(fù)制并插入到基因組中原始序列的旁邊時(shí)傻丝，這被稱為串聯(lián)復(fù)制甘有。

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2.3 Interpreting Color by Bisulfite Mode

2.4 Splice Junctions

2.5 Sashimi Plot

未完待續(xù)~

參考鏈接：
http://software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide