一狭莱、寫在前面
初次接觸到生信星球是在2020年初奥裸，還記得當(dāng)時(shí)所拜讀的文章為《TCGA（轉(zhuǎn)錄組）差異分析三大R包及其結(jié)果對(duì)比》就轧，然后就持續(xù)關(guān)注了证杭，文章寫的很好，很適合生信零基礎(chǔ)的小白學(xué)習(xí)妒御。雖然自己有自學(xué)生信小半年解愤，但我的生信知識(shí)體系是混亂的，還需要繼續(xù)打磨乎莉。這次加入生信星球的學(xué)習(xí)小組主要是想系統(tǒng)學(xué)習(xí)一下生信入門送讲，補(bǔ)一下生信基礎(chǔ)。感謝生信星球的花花姐給予的學(xué)習(xí)機(jī)會(huì)以及指導(dǎo)惋啃。加油哼鬓！堅(jiān)持！
二边灭、太長(zhǎng)不看版
那就看思維導(dǎo)圖吧
Day1學(xué)習(xí)筆記.png
三异希、markdown學(xué)習(xí)實(shí)戰(zhàn)版
實(shí)戰(zhàn)就分析一個(gè)GEO數(shù)據(jù)集吧
GSE27447
該數(shù)據(jù)集總共包含19例乳腺癌樣品，其中14例為非三陰性乳腺癌绒瘦，5例為三陰性乳腺癌称簿。具體如下表：
| 樣品名 | 類型 |
|---|---|
| GSM678364 | non-TNBC |
| GSM678365 | non-TNBC |
| GSM678366 | non-TNBC |
| GSM678367 | non-TNBC |
| GSM678368 | non-TNBC |
| GSM678370 | non-TNBC |
| GSM678371 | non-TNBC |
| GSM678372 | non-TNBC |
| GSM678374 | non-TNBC |
| GSM678376 | non-TNBC |
| GSM678377 | non-TNBC |
| GSM678379 | non-TNBC |
| GSM678380 | non-TNBC |
| GSM678381 | non-TNBC |
| GSM678369 | TNBC |
| GSM678373 | TNBC |
| GSM678375 | TNBC |
| GSM678378 | TNBC |
| GSM678382 | TNBC |
R包加載
rm(list = ls ()) #魔幻的一鍵清空
library (annoProbe) #生信技能樹的福利R包，我最喜歡用來(lái)注釋
library(GEOquery) #下載GEO表達(dá)矩陣所用的包
library(ggplot2) # 萬(wàn)能的可視化畫圖包
library(ggstatsplot)
library(reshape2)
library(patchwork)
四椭坚、寫在最后
時(shí)間關(guān)系予跌，今天學(xué)習(xí)就到尾聲，明天繼續(xù)加油善茎！感謝生信星球券册！
