WEGO是華大基因公司的一個(gè)在線GO注釋的網(wǎng)站坯门，根據(jù)網(wǎng)站的介紹：WEGO(網(wǎng)絡(luò)基因本體注釋圖)是一個(gè)簡單但有用的工具，用于可視化，比較和繪制基因本體注釋結(jié)果把沼。隨著圍棋詞匯越來越流行，WEGO在許多研究中被廣泛采用和使用吁伺，最新一次的更新是在2018年
地址： http://wego.genomics.org.cn/
GO簡介
所謂的基因本體論Gene Ontology（GO）饮睬，是生物學(xué)功能注釋的一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)詞匯表術(shù)語，目的就是將特定的基因產(chǎn)物(蛋白質(zhì)篮奄、非編碼RNA或大分子復(fù)合物捆愁，為簡單起見，我們通常將其稱為“基因”)與特定的本體術(shù)語關(guān)聯(lián)起來的基于證據(jù)的陳述基因本體論定義了一系列與基因功能相關(guān)的概念(“GO terms”)窟却，以及這些功能之間是如何相互關(guān)聯(lián)的(“關(guān)系”)昼丑。隨著生物知識和數(shù)據(jù)庫的不斷更新，它不斷地被修訂和擴(kuò)充夸赫。GO注釋可以從三個(gè)方面描述功能:分子功能Molecular Function(由基因產(chǎn)物執(zhí)行的分子水平活動)矾克、細(xì)胞成分Cellular Component(基因產(chǎn)物執(zhí)行功能的相對于細(xì)胞結(jié)構(gòu)的位置)和生物過程Biological Process(由多個(gè)分子活動完成的較大過程或“生物程序”)。其實(shí)大多文獻(xiàn)中生物過程的注釋結(jié)果一般比較常用憔足。
Wego使用
wego的使用很簡單胁附，該網(wǎng)站最常用的倆個(gè)圖就是主頁上顯示的這倆個(gè)，使用前建議大家先去看下官網(wǎng)上的Documentation文檔滓彰。點(diǎn)進(jìn)去之后會有個(gè)快速指引的文檔控妻，大致介紹了WEGO輸入，使用揭绑，輸出弓候，查詢等郎哭。
首先看下WEGO的輸入文件格式：
就是第一列基因ID，后面的對應(yīng)的GO號菇存，如果有多個(gè)GO號就以Tab分割夸研，沒有GO注釋的基因就顯示空白，我們在Input of WEGO部分會發(fā)現(xiàn)一個(gè)下載demo數(shù)據(jù)的鏈接here依鸥，我們先下載示例數(shù)據(jù)到本地上傳WEGO中去演示一下亥至，這里下載后會有倆個(gè)文件demo1和demo2。此時(shí)我們返回到主頁上贱迟，直接將剛剛下載的文件拖到圖中灰色框中姐扮，注意選擇文件的格式與數(shù)據(jù)庫的版本，然后點(diǎn)擊Submit即可衣吠。
我們稍等一會茶敏，會看到網(wǎng)站出現(xiàn)以下結(jié)果，首先會看到Summary的一個(gè)總結(jié)表缚俏，統(tǒng)計(jì)了倆個(gè)文件基因的注釋基因惊搏，分別注釋到了生物進(jìn)程，分子功能忧换，細(xì)胞成分三個(gè)部分的基因數(shù)目和總的基因數(shù)目胀屿，往下看就是一個(gè)GO Tree，對應(yīng)的是每層 的GO注釋信息包雀，可以選擇Show Go Level選擇注釋等級宿崭，對于這塊內(nèi)容大家去看文檔說明有一part是專門說GO Tree的。
最主要的內(nèi)容當(dāng)然是Graph圖形部分了才写，我們點(diǎn)擊之后葡兑，看到倆種形式的圖，看到第一個(gè)圖有沒有很熟悉的感覺赞草，沒錯(cuò)這種圖在生信公司的結(jié)題報(bào)告中經(jīng)常出現(xiàn)讹堤，我們把demo1和demo2文件換成轉(zhuǎn)錄組分析中的差異基因上調(diào)和下調(diào)的注釋文件，之后這圖就可以表示為上下調(diào)基因在GO三個(gè)部分中的注釋情況了厨疙。顏色及名字可以自定義洲守，保存的話對應(yīng)有svg,png,jepg三種格式，根據(jù)需要保存即可沾凄。
其他問題
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注意一點(diǎn)梗醇，一般公司給的注釋表中都會給這種形式的，復(fù)制到記事本里撒蟀，把分隔符換成Tab分割叙谨，NA都替換為空值即可，這點(diǎn)大家應(yīng)該都會的保屯，總之是要確保和輸入文件的格式一致手负，上傳文件時(shí)候選擇Native Format格式即可涤垫。
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頁面中還有個(gè)Tools的功能也挺常用的，如果想快速知道某GO號對應(yīng)的功能竟终，這個(gè)功能也是不錯(cuò)的選擇蝠猬。
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引用文章(WEGO):
Ye J, Fang L, et al. Nucleic. Acids Res., 2006, 34(Web service issue), 293-297.
Ye J, Zhang Y, et al. Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W71-W75.
