linux環(huán)境下裝程序和腳本
安裝
- 下載程序 wget 鏈接地址（鼠標(biāo)右鍵點(diǎn)擊putty粘貼已經(jīng)復(fù)制的東西，左鍵選中后點(diǎn)擊選中的區(qū)域復(fù)制選中的區(qū)域）
- bzip2的安裝 yum -install -y bzip2
- miniconda 的安裝痹仙。這其實(shí)是個(gè)腳本咨油，不需要安裝直接運(yùn)行的軟件状答。
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
這個(gè)色解。sh就是wget下載的文件
一路yes和enter就OK了 -
Snipaste_2018-08-22_19-05-22.png
記得激活惫周。雖然激活了按价。但是沒有什么提示反應(yīng)惭适。應(yīng)該是只要執(zhí)行了就沒反應(yīng)，如果錯(cuò)了就會報(bào)錯(cuò)吧俘枫。linux的邏輯也真是讓人不明覺厲啊曹丹 - 查看當(dāng)前所有軟件列表 conda list
- 搜索軟件 conda search fastqc 如果想安裝其他什么軟件是不是就search相應(yīng)的東西呢腥沽？嘿嘿。我有一個(gè)大膽的想法
- 安裝軟件 conda install fastqc -y
- 卸載軟件 conda remove fastqc -y
建立環(huán)境
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conda info --envs 前面帶*的就是現(xiàn)在的這個(gè)環(huán)境
image.png - 建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境鸠蚪，然后指定python版本是3今阳，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個(gè)可以一步完成）這個(gè)地方的幾個(gè)命令是什么意思呢茅信？不明白也沒查到盾舌。就查到了python、fastqc蘸鲸、trimmomatic分別是三個(gè)軟件妖谴。什么關(guān)系呢？
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
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source activate rna-seq 激活環(huán)境，*的位置換到了那個(gè)虛擬環(huán)境
image.png - 刪除環(huán)境 conda remove -n rna-seq fastqc -y
