[軟件原文地址：file:///C:/Users/ds0007/Desktop/consense.html]

consense簡(jiǎn)介

consense 是屬于phylip軟件的一個(gè)子程序嗡午，用于支持基因樹構(gòu)建物種樹师脂。consense讀取文件中的樹的集合并輸出一顆consensus tree。包括了strict consensus （嚴(yán)格共識(shí)）和majority rule consensus （多數(shù)共識(shí)）督惰。輸出的樹上每個(gè)叉都有一個(gè)數(shù)字枪眉，比如我們讀了15棵樹服球，然后在某一叉上顯示的數(shù)字是15 挖诸，代表這個(gè)物種在每一棵樹中都存在任柜。strict consensus 是指物種在genetree中出現(xiàn)的概率是100%。
the majority rule consensus tree 包括的物種是在genetree中出現(xiàn)超過50%的物種吨灭「照眨或分類單位OTU。所以出現(xiàn)概率在50%-100%的物種都被使用喧兄。所以選擇物種的gene時(shí)候无畔，不要選擇哪些只有35%的gene的物種，否則這些物種就不會(huì)出現(xiàn)在你的物種樹上吠冤。

input 浑彰，output，和options

input是tree file（默認(rèn)識(shí)別intree）包含了一系列的newick格式的genetree拯辙。每一行有一顆樹郭变，每棵樹可以有weight。參數(shù)的列表如下

image.png

options C

C（consensus method）：包括4種建樹的方法薄风。默認(rèn)的是extended majority rule method （eMRC）方法。每一次輸入C都換改變我們的選項(xiàng)拍嵌，比如我們想要第四種consensus method 我們就鍵入3次C就可以了遭赂。
strict ：輸入的物種必須出現(xiàn)在all input trees中，那么才會(huì)出現(xiàn)species 中横辆。
majority rule （extend）：出現(xiàn)在input trees 中超過50%撇他，剩余的species如果與后面的補(bǔ)充圖，也會(huì)被放進(jìn)物種樹中狈蚤。（The program then considers the other sets of species in order of the frequency with which they have appeared, adding to the consensus tree any which are compatible with it until the tree is fully resolved. This is the default setting. ）原文困肩，不是很懂。
M1：可以自己設(shè)置物種出現(xiàn)所占genetrees 的比例0.5-1之間就可以脆侮，strict consensus 和majority 分別是兩種極端的情況锌畸。可以自己設(shè)置靖避。
majority rule ：物種將會(huì)出現(xiàn)在consensus tree中如果在genetrees中出現(xiàn)的概率是大于50%的潭枣。

options R

R（rooted）：系統(tǒng)默認(rèn)輸入的樹是無根的樹，R用于改變默認(rèn)的參數(shù)幻捏。否則樹將會(huì)被重新定根盆犁，將第一顆樹上的第一出現(xiàn)的物種作為外群定根。

options O

O：外群定根的選項(xiàng)篡九，只有選擇R無效才會(huì)生效谐岁。就是如果選擇R參數(shù)，這參數(shù)就會(huì)消失，（Linux系統(tǒng)下伊佃，consense軟件是交互式運(yùn)行的）窜司。如果我們想選擇的物種是從左到右的第3 個(gè)，就輸入3就好了锭魔。

輸出是species 的列表（順序是他們出現(xiàn)的第一顆樹中的順序）例证，出現(xiàn)在consensus tree 中的列表。

consensus tree 的branch length

不是傳統(tǒng)意義上的branch length迷捧。而是每一個(gè)物種出現(xiàn)在input trees中的次數(shù)织咧？？不是非常懂漠秋。
（就是如果想要正確的分支長(zhǎng)度笙蒙，需要尋找其他的方法）