041 | 生信SCI-生信分析后惊完,實驗該如何驗證僵芹?

常規(guī)3個驗證思路:

1)高通量的生信數(shù)據(jù)挖掘的結(jié)果,用低通量的實驗技術(shù)去驗證小槐,也就是我們常規(guī)說的拇派,qCPR,WB/IHC簡單驗證下篩選出hub gene或者單基因的表達(dá)水平(mRNA+protein level)

2)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行驗證,常規(guī)的篩選數(shù)據(jù)集和驗證數(shù)據(jù)集凿跳,GEO和TCGA等相互驗證等

3)更多比例的基礎(chǔ)實驗驗證件豌,如第1點的實驗驗證,你選取的對象是細(xì)胞拄显,那么再補充臨床樣本或者動物水平苟径,再進(jìn)行qCPR,WB/IHC檢測,樣本類型之間的多重驗證躬审,比光一類細(xì)胞的樣本會可信很多棘街。

更進(jìn)一步,如你最后篩選的單基因承边,可增加對它進(jìn)行敲低/過表達(dá)遭殉,開展功能實驗,與生信分析的功能富集進(jìn)行結(jié)果驗證博助。

以上驗證思路险污,其中第3點的驗證量比較大,常規(guī)基礎(chǔ)實驗有這樣的實驗量富岳,都可以發(fā)2分水平了蛔糯,大家要衡量好生信分析 vs 實驗驗證量的比例,目標(biāo)是幾分窖式,對應(yīng)生信分析的比例多大蚁飒?——充分利用資源

發(fā)現(xiàn)很多臨床的學(xué)生,連qPCR都不是特別明白萝喘,以下幾個實驗是大家最好了解的淮逻。

1.mRNA表達(dá):qPCR

2.蛋白表達(dá)類:WB琼懊,IHC,ELISA

3.敲低/過表達(dá)(質(zhì)粒-轉(zhuǎn)染等)

4.功能實驗

細(xì)胞增殖:cck-8/MTT

細(xì)胞遷移:劃痕

細(xì)胞侵襲/轉(zhuǎn)移:transwell,invasion

周期/凋亡:流式細(xì)胞儀

克隆形成:soft-agar等

...

這些都是基礎(chǔ)實驗2分水平的常規(guī)實驗爬早,再3+以上哼丈,就需要更細(xì)致了

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